PDB-6q7f: Crystal Structure of Ephrin A2 (EphA2) Receptor Protein Kinase wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q7f

タイトル

Crystal Structure of Ephrin A2 (EphA2) Receptor Protein Kinase with the NVP-BHG712 derivative ATDL18

要素

Ephrin type-A receptor 2

キーワード

TRANSFERASE / Inhibitor / Complex / Protein Tyrosine Kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

notochord cell development / notochord formation / lens fiber cell morphogenesis / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / axial mesoderm formation / pericyte cell differentiation / cAMP metabolic process / positive regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of blood vessel endothelial cell migration ...notochord cell development / notochord formation / lens fiber cell morphogenesis / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / axial mesoderm formation / pericyte cell differentiation / cAMP metabolic process / positive regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of blood vessel endothelial cell migration / ephrin receptor activity / leading edge membrane / negative regulation of chemokine production / post-anal tail morphogenesis / bone remodeling / response to growth factor / tight junction / activation of GTPase activity / regulation of lamellipodium assembly / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / EPH-Ephrin signaling / neural tube development / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / mammary gland epithelial cell proliferation / RHOV GTPase cycle / EPHA-mediated growth cone collapse / growth factor binding / regulation of cell adhesion mediated by integrin / lamellipodium membrane / RHOU GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / vasculogenesis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / regulation of angiogenesis / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of angiogenesis / keratinocyte differentiation / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of protein localization to plasma membrane / osteoclast differentiation / cell chemotaxis / skeletal system development / molecular function activator activity / protein localization to plasma membrane / cell motility / receptor protein-tyrosine kinase / ruffle membrane / neuron differentiation / osteoblast differentiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / virus receptor activity / cell migration / lamellipodium / receptor complex / cell adhesion / positive regulation of cell migration / defense response to Gram-positive bacterium / cadherin binding / inflammatory response / focal adhesion / cell surface / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

Ephrin type-A receptor 2, ligand binding domain / : / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.204 Å

データ登録者

Kudlinzki, D. / Troester, A. / Witt, K. / Linhard, V.L. / Gande, S.L. / Saxena, K. / Schwalbe, H.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Effects of NVP-BHG712 chemical modifications on EPHA2 binding and affinity
著者: Troester, A. / Kudlinzki, D. / Saxena, K. / Gande, S. / Schwalbe, H.

履歴

登録	2018年12月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6q7f.cif.gz	133 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6q7f.ent.gz	102.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6q7f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/6q7f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/6q7f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hesC 6hetC 6heuC 6hevC 6hewC 6hexC 6heyC 6q7bC 6q7cC 6q7dC 6q7eC 6q7gC 6fnfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5i9z-d 6q7e-d 6hew-d 6heu-d 5nki-d 5nk4-d 5ia3-d 6hey-d 6hev-d 5nk5-d 5nk7-d 6q7g-d 5i9y-d 5nk1-d 5nk9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (4) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (4) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (6)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (4)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (4)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ephrin type-A receptor 2

ヘテロ分子

35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.671, 107.062, 40.524
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ephrin type-A receptor 2 / Epithelial cell kinase / Tyrosine-protein kinase receptor ECK 分子量: 34462.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHA2, ECK 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P29317, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-HNZ / 3-[(4-imidazol-1-yl-6-piperazin-1-yl-1,3,5-triazin-2-yl)amino]-4-methyl-~{N}-[3-(trifluoromethyl)phenyl]benzamide 分子量: 523.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₄F₃N₉O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.02 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 37.5 % MPD_PEG1000_PEG3350, 125 mM Morpheus Carboxylic Acids Mix, 100 mM Morpheus Buffer System 3 (Tris/Bicine)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.204→38.355 Å / Num. obs: 76625 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 6.98 % / B_iso Wilson estimate: 19.71 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 6.84
反射シェル	解像度: 1.204→1.28 Å / 冗長度: 6.74 % / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 11339 / CC_1/2: 0.104 / % possible all: 86.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_3318: ???)	精密化
XDS	XDSapp 2.0	データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FNF

6fnf

解像度: 1.204→38.355 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.92

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2104	2099	2.74 %
R_work	0.1868	-	-
obs	0.1872	76605	94.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.204→38.355 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2131	0	38	285	2454

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2353
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.062	3196
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.288	1449
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.352	337
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	407

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2035-1.2315	0.3753	114	0.4072	4058	X-RAY DIFFRACTION	77
1.2315-1.2623	0.3609	138	0.3829	4891	X-RAY DIFFRACTION	93
1.2623-1.2965	0.3886	138	0.3678	4908	X-RAY DIFFRACTION	94
1.2965-1.3346	0.3733	138	0.3496	4887	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3346-1.3777	0.3436	140	0.3262	4985	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3777-1.4269	0.3444	140	0.3011	4962	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4269-1.4841	0.3152	140	0.2835	4946	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4841-1.5516	0.2646	142	0.2487	5040	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5516-1.6334	0.2254	142	0.221	5049	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6334-1.7358	0.1959	142	0.1976	5050	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7358-1.8698	0.2175	144	0.1782	5098	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8698-2.0579	0.2047	142	0.1698	5053	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0579-2.3557	0.1801	146	0.1537	5177	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3557-2.9677	0.1641	147	0.1664	5203	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9677-38.3746	0.186	146	0.1432	5199	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.146	0.0345	-0.1208	0.874	-0.025	0.3116	0.0011	-0.2275	-0.0495	-0.0423	0.1167	-0.0637	0.1831	0.1008	0.0016	0.254	-0.0196	0.001	0.2557	-0.0914	0.2706	-83.3402	-29.1828	82.7303
2	0.2653	0.1893	-0.2338	0.5064	0.2307	0.5791	-0.0319	0.021	0.0017	-0.2217	0.2489	-0.2015	0.2931	0.2666	0.0037	0.3067	-0.009	0.0206	0.1851	-0.033	0.2118	-85.1698	-29.5722	84.5052
3	0.1083	0.0635	0.1339	0.0326	0.041	0.2394	0.0468	-0.0383	0.0923	0.3128	0.2362	0.4662	-0.4408	0.045	0.0568	0.3035	0.0489	0.0229	0.1696	0.0364	0.3396	-93.199	-25.4965	94.2585
4	0.0406	-0.0187	-0.1147	0.1413	0.154	0.1666	-0.0033	0.047	-0.0617	-0.1957	0.0221	0.3782	0.1039	-0.0697	0.0002	0.1914	-0.0154	-0.0145	0.1279	-0.0017	0.1894	-91.7818	-22.2884	83.5534
5	0.4848	-0.0896	-0.1605	0.0376	0.0155	0.0177	-0.0554	0.0089	-0.031	-0.1888	0.0344	-0.0611	0.1468	0.0685	-0.0008	0.1691	-0.0135	-0.0018	0.1475	-0.0042	0.1423	-76.9834	-12.2185	82.1737
6	0.6358	0.0513	-0.0669	0.5319	0.305	0.1985	-0.006	0.0038	-0.008	-0.0516	0.0103	0.052	0.0443	-0.0094	0.0006	0.1197	-0.0039	0.0079	0.143	0.0032	0.1174	-86.306	-6.0195	87.1601
7	0.6154	0.1785	0.1039	0.2918	-0.1085	0.0945	0.0356	-0.1133	-0.0525	0.0399	-0.0218	-0.0256	0.0432	-0.0049	0	0.1689	-0.0046	0.0025	0.1734	0.0188	0.1236	-84.8878	-8.2222	101.8362
8	0.234	0.1014	-0.123	0.3619	-0.0499	0.4117	-0.0171	-0.0504	0.0169	-0.0111	-0.0023	-0.061	0.0064	0.0621	-0	0.111	-0.0025	0.0052	0.162	0.011	0.139	-76.5412	-0.9977	95.5633
9	0.5026	-0.1705	0	0.7816	0.2904	0.1155	-0.0246	-0.1154	0.0611	0.2342	-0.0249	-0.145	-0.2051	0.0407	-0.0001	0.1567	-0.0038	-0.0204	0.206	0.0039	0.1641	-74.1628	3.8357	102.7132
10	0.0999	0.0228	0.1231	0.1498	-0.0933	0.2439	-0.0582	-0.1291	0.117	-0.0112	-0.0116	0.0031	-0.0614	-0.0399	-0.0002	0.1406	0.0027	-0.0121	0.1621	-0.0074	0.1585	-86.2273	6.8117	99.0007
11	0.0476	-0.0369	0.0346	0.088	0.0434	0.103	0.0196	0.0681	0.1433	-0.1308	0.0035	0.2501	-0.0603	-0.0451	0.0005	0.1827	-0.0029	-0.0223	0.1525	0.0249	0.1836	-89.3141	8.2541	84.1004
12	0.272	0.0885	-0.121	0.0593	-0.1324	0.1313	-0.1181	-0.0287	-0.136	-0.1085	0.0652	-0.2929	-0.035	0.1226	-0.0015	0.254	-0.0068	0.0184	0.2231	0.0228	0.3594	-64.3841	15.0155	91.033

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 605 through 632 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 633 through 653 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 654 through 669 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 670 through 687 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 688 through 712 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 713 through 752 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 753 through 795 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 796 through 822 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 823 through 843 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 844 through 863 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 864 through 881 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 882 through 896 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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