PDB-6q3o: PROTEIN-AROMATIC FOLDAMER COMPLEX CRYSTAL STRUCTURE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q3o

タイトル

PROTEIN-AROMATIC FOLDAMER COMPLEX CRYSTAL STRUCTURE

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / PROTEIN-FOLDAMER COMPLEX QUINOLINE OPROTEIN-FOLDAMER INTERACTIONSLIGOAMIDE FOLDAMER BENZENE SULFONAMIDE MODIFIED INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.23 Å

データ登録者

Zeberko, C. / Langlois d'Estaintot, B. / Fischer, L. / Granier, T. / Kauffmann, B. / Huc, I.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: PROTEIN-AROMATIC FOLDAMER COMPLEX CRYSTAL STRUCTURE
著者: Zeberko, C.

履歴

登録	2018年12月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.1	2024年1月24日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6q3o.cif.gz	444.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6q3o.ent.gz	364.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6q3o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/6q3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/6q3o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ks3 PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6g5u-d 1q8a-2 3apy-4 1q85-2 4qjp-d 3wio-d 1q7z-2 1q8a-1 2fcu-d 6nj2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

C: Carbonic anhydrase 2

D: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

124 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbonic anhydrase 2

C: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Carbonic anhydrase 2

D: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.106, 76.478, 81.417
Angle α, β, γ (deg.)	66.10, 86.83, 73.60
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 260 / Label seq-ID: 3 - 259

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29157.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / プラスミド: PET11D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase

#1: タンパク質

Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II

分子量: 29157.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / プラスミド: PET11D / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 7種, 740分子

#2: 化合物	... ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-QNL / ~{N}-[2-methanoyl-4-(2-methylpropoxy)quinolin-8-yl]ethanamide 分子量: 286.326 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₈N₂O₃
#4: 化合物	ChemComp-QZS / ~{N}-[[3-[3-[4-[2-(8-azanyl-2-methanoyl-quinolin-4-yl)oxyethyl]-1,2,3-triazol-1-yl]propoxy]phenyl]methyl]-4-sulfamoyl-benzamide 分子量: 629.686 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₃₁N₇O₆S
#5: 化合物	ChemComp-QUK / 8-azanyl-4-(3-azanylpropoxy)quinoline-2-carboxylic acid / 8-アミノ-4-(3-アミノプロポキシ)-2-キノリンカルボン酸分子量: 261.276 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₅N₃O₃
#6: 化合物	ChemComp-QVE / 8-azanyl-4-(2-hydroxy-2-oxoethyloxy)quinoline-2-carboxylic acid 分子量: 262.218 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₀N₂O₅
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.46 % / 解説: plate
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Zn acetate 0.2 M, Na cacodylate 0.1 M, PEG 8000 18%, NaN3 3mM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月9日 / 詳細: Mirrors Osmic Varimax
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.23→28.29 Å / Num. obs: 60589 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 1.89 % / B_iso Wilson estimate: 30.3 Å² / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 7.88
反射シェル	解像度: 2.23→2.33 Å / 冗長度: 1.76 % / Num. unique obs: 7450 / R_sym value: 0.398 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2KS3

2ks3
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.23→28.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 13.587 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.231 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25291	2994	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21196	-	-	-
obs	0.21397	57539	99.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.611 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	-0.12 Å²	0.82 Å²
2-	-	0.03 Å²	-0.12 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.23→28.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8124	0	447	694	9265

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	8895
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.018	0.018	7830
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.696	1.711	12087
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.807	1.634	18199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.818	5	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.474	23.534	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.234	15	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.656	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	9918
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.983	1.599	4136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.982	1.598	4129
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.328	2.393	5142
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.329	2.392	5140
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.019	1.697	4759
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.019	1.697	4760
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.368	2.513	6944
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	1.821	18.456	10394
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.82	18.304	10243
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8502	0.06
1	2	B	8502	0.06
2	1	A	8477	0.07
2	2	C	8477	0.07
3	1	A	8531	0.06
3	2	D	8531	0.06
4	1	B	8575	0.05
4	2	C	8575	0.05
5	1	B	8489	0.06
5	2	D	8489	0.06
6	1	C	8527	0.06
6	2	D	8527	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.23→2.288 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.361	229	-
R_work	0.317	4235	-
obs	-	-	99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1419	-0.102	0.0556	2.0462	0.2012	1.2346	-0.0002	-0.0304	0.0366	0.1528	0.0154	0.0564	-0.0542	-0.0616	-0.0151	0.1968	-0.0201	-0.1166	0.0108	0.0104	0.0992	-0.051	-0.241	-0.002
2	1.6889	0.6414	0.133	1.8242	-0.042	1.347	-0.0956	0.0644	0.0523	-0.0975	0.0487	0.1381	0.0385	-0.037	0.0469	0.1921	-0.0457	-0.1327	0.0213	0.009	0.1511	-13.247	-43.759	-22.007
3	1.3262	-0.1765	0.2987	1.9993	0.2156	2.1344	-0.0121	-0.1967	-0.0578	0.4034	0.0934	-0.1149	0.2282	0.0397	-0.0813	0.3229	0.0138	-0.161	0.0368	-0.0004	0.1156	18.933	-31.05	14.207
4	1.2953	-0.1893	-0.3864	1.6164	0.6504	2.9174	0.0398	0.0395	0.1268	-0.3433	0.1861	-0.1355	-0.3687	0.2606	-0.2259	0.2898	-0.1286	-0.0567	0.0974	-0.0284	0.1354	16.139	-22.702	-35.475

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 260
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	314
4	X-RAY DIFFRACTION	1	E	4
5	X-RAY DIFFRACTION	1	E	7
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	312
7	X-RAY DIFFRACTION	1	E	9
8	X-RAY DIFFRACTION	1	A	311
9	X-RAY DIFFRACTION	1	A	313
10	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 260
11	X-RAY DIFFRACTION	2	B	301
12	X-RAY DIFFRACTION	2	E	5
13	X-RAY DIFFRACTION	2	B	312
14	X-RAY DIFFRACTION	2	E	8
15	X-RAY DIFFRACTION	2	B	311
16	X-RAY DIFFRACTION	2	B	313
17	X-RAY DIFFRACTION	2	B	314
18	X-RAY DIFFRACTION	2	B	315
19	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 260
20	X-RAY DIFFRACTION	3	C	301
21	X-RAY DIFFRACTION	3	E	6
22	X-RAY DIFFRACTION	3	C	311
23	X-RAY DIFFRACTION	3	C	313
24	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 260
25	X-RAY DIFFRACTION	4	D	301
26	X-RAY DIFFRACTION	4	D	314
27	X-RAY DIFFRACTION	4	E	3
28	X-RAY DIFFRACTION	4	E	10
29	X-RAY DIFFRACTION	4	D	311
30	X-RAY DIFFRACTION	4	D	313

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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