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- PDB-6pyr: Human PI3Kdelta in complex with Compound 2-10 ((3S)-3-benzyl-3-me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pyr
タイトルHuman PI3Kdelta in complex with Compound 2-10 ((3S)-3-benzyl-3-methyl-5-[5-(2-methylpyrimidin-5-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl]-1,3-dihydro-2H-indol-2-one)
要素
  • Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
  • Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PI3Kdelta kinase / transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell chemotaxis / mast cell differentiation / mast cell chemotaxis / natural killer cell differentiation / perinuclear endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of epithelial tube formation / natural killer cell chemotaxis / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / neutrophil extravasation / positive regulation of neutrophil apoptotic process ...B cell chemotaxis / mast cell differentiation / mast cell chemotaxis / natural killer cell differentiation / perinuclear endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of epithelial tube formation / natural killer cell chemotaxis / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / neutrophil extravasation / positive regulation of neutrophil apoptotic process / phosphatidylinositol kinase activity / respiratory burst involved in defense response / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / IRS-mediated signalling / positive regulation of focal adhesion disassembly / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / interleukin-18-mediated signaling pathway / PI3K events in ERBB4 signaling / myeloid leukocyte migration / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / neurotrophin TRKA receptor binding / Activated NTRK2 signals through PI3K / T cell chemotaxis / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / Activated NTRK3 signals through PI3K / cis-Golgi network / ErbB-3 class receptor binding / kinase activator activity / natural killer cell activation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / RHOF GTPase cycle / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / RHOD GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / phosphatidylinositol 3-kinase complex / enzyme-substrate adaptor activity / Nephrin family interactions / Signaling by LTK in cancer / Costimulation by the CD28 family / RND1 GTPase cycle / Signaling by LTK / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / MET activates PI3K/AKT signaling / positive regulation of leukocyte migration / PI3K/AKT activation / RND2 GTPase cycle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / positive regulation of filopodium assembly / RND3 GTPase cycle / growth hormone receptor signaling pathway / vascular endothelial growth factor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase / negative regulation of stress fiber assembly / insulin binding / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / natural killer cell mediated cytotoxicity / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / RHOV GTPase cycle / negative regulation of cell-matrix adhesion / Signaling by ALK / RHOB GTPase cycle / GP1b-IX-V activation signalling / PI-3K cascade:FGFR2 / mast cell degranulation / PI-3K cascade:FGFR3 / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / negative regulation of osteoclast differentiation / intracellular glucose homeostasis / B cell activation / phosphatidylinositol-mediated signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / PI3K events in ERBB2 signaling / PI3K Cascade / RET signaling / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / T cell differentiation / RHOG GTPase cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / GAB1 signalosome / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Interleukin receptor SHC signaling / phosphatidylinositol 3-kinase binding / positive regulation of lamellipodium assembly / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants
類似検索 - 分子機能
PI3Kdelta, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Rho GTPase-activating protein domain ...PI3Kdelta, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Rho GTPase activation protein / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / C2 domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P5J / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Lesburg, C.A. / Augustin, M.A.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Design of selective PI3K delta inhibitors using an iterative scaffold-hopping workflow.
著者: Fradera, X. / Methot, J.L. / Achab, A. / Christopher, M. / Altman, M.D. / Zhou, H. / McGowan, M.A. / Kattar, S.D. / Wilson, K. / Garcia, Y. / Augustin, M.A. / Lesburg, C.A. / Shah, S. / ...著者: Fradera, X. / Methot, J.L. / Achab, A. / Christopher, M. / Altman, M.D. / Zhou, H. / McGowan, M.A. / Kattar, S.D. / Wilson, K. / Garcia, Y. / Augustin, M.A. / Lesburg, C.A. / Shah, S. / Goldenblatt, P. / Katz, J.D.
履歴
登録2019年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月13日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
B: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,9273
ポリマ－137,4802
非ポリマー4471
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area52530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.471, 108.078, 142.346
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / PtdIns-3-kinase subunit delta / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic ...PtdIns-3-kinase subunit delta / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit delta / p110delta


分子量: 116600.633 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 17-1034 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CD
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O00329, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit ...PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit p85-alpha


分子量: 20879.555 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 131-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3R1, GRB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P27986
#3: 化合物 ChemComp-P5J / (3S)-3-benzyl-3-methyl-5-[5-(2-methylpyrimidin-5-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl]-1,3-dihydro-2H-indol-2-one


分子量: 446.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H22N6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 12-14% PEG6000, 100 mM MES/NaOH, pH 5.75, 5 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月13日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→86.08 Å / Num. obs: 70018 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 69.395 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rrim(I) all: 0.045 / Χ2: 0.982 / Net I/σ(I): 19.31
反射 シェル解像度: 2.21→2.46 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.598 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique obs: 19050 / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.042 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.21→86.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 17.152 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.206
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2591 1467 2.1 %RANDOM
Rwork0.2207 ---
obs0.2216 68550 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 195.26 Å2 / Biso mean: 78.765 Å2 / Biso min: 39.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.72 Å20 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.21→86.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8953 0 34 67 9054
Biso mean--57.97 61.17 -
残基数----1096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.028785
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026150
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0581.96311899
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.948314738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.11551085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.78223.88384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.951151493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8371552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219717
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021807
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.267 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.476 85 -
Rwork0.344 4717 -
all-4802 -
obs--99.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.84091.5653-2.33713.7711-1.04744.8818-0.0552-0.13760.0910.18570.0997-0.1054-0.07220.1138-0.04460.3773-0.07890.01520.4317-0.02510.094743.40117.251-11.225
21.56240.673-0.22363.84852.23634.73990.2091-0.03710.5661-0.00220.122-0.0782-0.8930.1216-0.33110.5959-0.0120.10530.46570.05930.393622.71834.11617.198
31.24270.0638-0.42212.76720.37871.5988-0.15710.1665-0.2726-0.21470.03060.34760.4862-0.2730.12650.6895-0.110.03320.5764-0.07210.27655.631-8.5856.989
42.9907-0.1837-0.51251.5390.1941.3951-0.05750.109-0.2770.00280.06470.49510.1715-0.5195-0.00730.3927-0.0232-0.01140.46570.05950.2486-0.18810.5617.289
53.00270.4454-1.61871.2595-0.07344.529-0.0166-0.1436-0.13310.0522-0.0339-0.372-0.12190.70050.05040.3687-0.036-0.02570.46050.01740.219935.53215.90523.233
62.61470.94020.82511.6110.09414.85380.1031-0.3434-0.18960.3966-0.1174-0.1294-0.16170.30580.01420.5126-0.0238-0.0320.36760.0430.151321.90212.60145.426
72.37151.8639-4.22441.7065-3.64079.0111-0.154-0.1024-0.2149-0.1354-0.0842-0.16460.26330.33140.23810.5377-0.02220.06820.4634-0.03510.255529.998-8.1856.189
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A17 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2A109 - 278
3X-RAY DIFFRACTION3A279 - 474
4X-RAY DIFFRACTION4A475 - 675
5X-RAY DIFFRACTION5A676 - 830
6X-RAY DIFFRACTION6A831 - 1032
7X-RAY DIFFRACTION7B431 - 599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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