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- PDB-6pvy: E.coli DsbA in complex with benzofuran compound 26 ([6-(3-methoxy... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6pvy | ||||||
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Title | E.coli DsbA in complex with benzofuran compound 26 ([6-(3-methoxyphenoxy)-1-benzofuran-3-yl]acetic acid) | ||||||
![]() | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Inhibitor / complex / disulfide oxidoreductase / fragments / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, G. / Heras, B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The Fragment-Based Development of a Benzofuran Hit as a New Class of Escherichia coli DsbA Inhibitors. Authors: Duncan, L.F. / Wang, G. / Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J. / Heras, B. / Abbott, B.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 132.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 338.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 1.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 6.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6pmfC ![]() 6pmlC ![]() 6pohC ![]() 6poiC ![]() 6poqC ![]() 6pvzC ![]() 1fvkS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 21155.025 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: K12 / Gene: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 269 molecules ![](data/chem/img/OZG.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-OZG / [ | ||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PEG / | #5: Chemical | ChemComp-CU / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 11-13% PEG8000, 5-7.5% glycerol, 1 mM copper(II) chloride, 100 mM sodium cacodylate PH range: 6.0-6.3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Mar 23, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95366 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.74→48.45 Å / Num. obs: 45582 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 33.17 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 161630 / Scaling rejects: 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 1FVK Resolution: 1.74→34.63 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 27.33
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 130.67 Å2 / Biso mean: 47.3 Å2 / Biso min: 22.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.74→34.63 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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