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- PDB-6pml: Crystal Structure of EcDsbA in complex benzyl ether 23 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pml
タイトルCrystal Structure of EcDsbA in complex benzyl ether 23
要素Thiol:disulfide interchange protein DsbA
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR COMPLEX / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / [6-(benzyloxy)-1-benzofuran-3-yl]acetic acid / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Thiol:disulfide interchange protein DsbA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J.
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2019
タイトル: The Fragment-Based Development of a Benzofuran Hit as a New Class of Escherichia coli DsbA Inhibitors.
著者: Duncan, L.F. / Wang, G. / Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J. / Heras, B. / Abbott, B.M.
履歴
登録2019年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7625
ポリマ－42,3102
非ポリマー4523
水6,305350
1
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5433
ポリマ－21,1551
非ポリマー3882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2192
ポリマ－21,1551
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.540, 63.740, 96.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 140.850, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Thiol:disulfide interchange protein DsbA


分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / プラスミド: B0013 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-OR4 / [6-(benzyloxy)-1-benzofuran-3-yl]acetic acid


分子量: 282.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.53 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 11-13 % PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 100mM Na Cacodylate pH6.1, 1mM CuCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月1日
放射モノクロメーター: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→53.1 Å / Num. obs: 29762 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 25.68 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.617 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4161 / CC1/2: 0.675 / Rpim(I) all: 0.394 / Rrim(I) all: 0.736 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3211精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FVK

1fvk


解像度: 2→34.84 Å / SU ML: 0.252 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.6782
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2207 1618 5.44 %
Rwork0.1823 --
obs0.1846 29756 97.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2881 0 29 350 3260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00293021
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53164108
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0376451
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034538
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.10682414
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.060.30451130.2642251X-RAY DIFFRACTION93.59
2.06-2.130.28841070.24462304X-RAY DIFFRACTION95.22
2.13-2.20.23551100.22982308X-RAY DIFFRACTION96.1
2.2-2.290.25711350.21962295X-RAY DIFFRACTION97.01
2.29-2.390.24181410.21012349X-RAY DIFFRACTION98.03
2.39-2.520.23381410.1942340X-RAY DIFFRACTION98.65
2.52-2.680.23121360.19792374X-RAY DIFFRACTION98.35
2.68-2.880.23381440.19782350X-RAY DIFFRACTION98.85
2.88-3.170.22481280.1872390X-RAY DIFFRACTION99.09
3.17-3.630.20931460.17162355X-RAY DIFFRACTION98.93
3.63-4.580.19011820.13812377X-RAY DIFFRACTION99.19
4.58-34.840.21251350.15922445X-RAY DIFFRACTION98.7
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8354165367270.0115323266884-0.6221064384391.931099042-1.395618906771.574445674940.0277022717860.1763234975280.100358879545-0.350103259871-0.00588541040978-0.05876132207150.196366586388-0.0022171012857-0.004561698318270.267598429305-0.01762863732460.02340828499090.2475920378960.007798990559340.17514020247927.49056421559.213946056411.28309333744
20.8312221133440.469660251764-0.2669708381911.856484824-0.8557302784730.873725713432-0.07770245691420.01367751507070.0151167920109-0.08002290715650.03966444097240.02643652629170.0639209780512-0.121116138220.04199006794730.182648975558-0.02937545103620.03013380527480.224728059473-0.01673520538520.13210426290924.82003816264.778338779589.68283986639
30.9726291751810.7534446993630.09098230794832.11722372294-0.7686931551041.563763814340.0391872539120.0878489281591-0.171823638624-0.0705076770562-0.0340840826004-0.3717766778220.1894546362180.266090849649-0.01253978228820.1868992064670.019319471081-0.03193055455720.245870289232-0.02941620324420.27855221465553.41931211398.9088924020217.0675016342
42.776507301011.59870150281-0.6435394733385.136966572550.575169692616.310371906380.04515352107550.0173738936281-0.205808321357-0.0958927487355-0.043311936845-0.05370847053650.346933423253-0.1325194606490.009962189048910.374584439421-0.00480898220044-0.2045074728590.1882536341990.02208350153160.41676626317348.8571942172-5.3982507029429.7073557263
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 65 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 66 through 188 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 2 through 161 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 162 through 188 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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