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万見
- PDB-6pel: Crystal structure of bovine opsin with citronellol bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pel
タイトルCrystal structure of bovine opsin with citronellol bound
要素
  • ILENLKDVGLF G alpha peptide CT2
  • Rhodopsin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Olfactory Receptor / Odorant
機能・相同性
機能・相同性情報


Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / rod bipolar cell differentiation / sperm head plasma membrane / absorption of visible light / opsin binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / G protein-coupled opsin signaling pathway / 11-cis retinal binding / podosome assembly ...Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / rod bipolar cell differentiation / sperm head plasma membrane / absorption of visible light / opsin binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / G protein-coupled opsin signaling pathway / 11-cis retinal binding / podosome assembly / G protein-coupled photoreceptor activity / photoreceptor inner segment membrane / cellular response to light stimulus / rod photoreceptor outer segment / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / thermotaxis / Activation of the phototransduction cascade / outer membrane / detection of temperature stimulus involved in thermoception / response to light intensity / photoreceptor cell maintenance / arrestin family protein binding / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / response to light stimulus / phototransduction, visible light / phototransduction / G-protein alpha-subunit binding / photoreceptor outer segment / visual perception / guanyl-nucleotide exchange factor activity / microtubule cytoskeleton organization / cell-cell junction / photoreceptor disc membrane / sperm midpiece / gene expression / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi membrane / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / Rhodopsin / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx ...Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / Rhodopsin / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(3R)-3,7-dimethyloct-6-en-1-ol / PALMITIC ACID / Rhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.186 Å
データ登録者Eger, B.T. / Morizumi, T. / Ernst, O.P.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)Canada Research Excellence Chair カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Odorant-binding site in visual opsin
著者: Morizumi, T. / Kuroi, K. / Eger, B.T. / Ou, W.L. / Van Eps, N. / Tsukamoto, H. / Furutani, Y. / Ernst, O.P.
履歴
登録2019年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhodopsin
B: ILENLKDVGLF G alpha peptide CT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7476
ポリマ－40,2932
非ポリマー1,4544
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area16740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)243.412, 243.412, 108.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Rhodopsin


分子量: 39031.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02699
#2: タンパク質・ペプチド ILENLKDVGLF G alpha peptide CT2


分子量: 1261.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ)

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 2種, 2分子

#4: 化合物 ChemComp-ODM / (3R)-3,7-dimethyloct-6-en-1-ol / citronellol / (+)-シトロネロ-ル


分子量: 156.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 84.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 3.1-3.3M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate buffer, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.186→39.756 Å / Num. obs: 20603 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 3.186→3.197 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Num. unique obs: 207 / CC1/2: 0.927 / Rpim(I) all: 0.229 / Rrim(I) all: 0.596 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CAP

3cap


解像度: 3.186→39.756 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 31.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 1047 5.09 %
Rwork0.2121 --
obs0.2139 20585 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.186→39.756 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2673 0 98 0 2771
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052872
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8343907
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3581730
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006473
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1863-3.35420.3141460.28162778X-RAY DIFFRACTION100
3.3542-3.56420.26611400.22822760X-RAY DIFFRACTION100
3.5642-3.83920.23951540.19672776X-RAY DIFFRACTION100
3.8392-4.22520.23051530.18742767X-RAY DIFFRACTION100
4.2252-4.83560.22561560.17032790X-RAY DIFFRACTION100
4.8356-6.08890.23471440.22512805X-RAY DIFFRACTION100
6.0889-39.75870.26261540.22912862X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.90821.41610.15843.5676-0.00251.2172-0.04640.02820.0553-0.25960.0231-0.6726-0.10550.04850.00040.67580.0589-0.04290.65560.06570.721520.032841.594639.3316
20.83971.0035-0.29810.40980.15830.0512-0.40741.2914-2.089-0.8880.26830.11851.2988-0.35280.02171.1207-0.11020.07580.58480.02881.26647.119626.040624.1755
33.03530.7759-0.09460.3723-0.18312.7884-0.21750.41331.6918-0.64630.214-0.6318-0.88850.50080.13960.86450.0614-0.11840.64750.15430.796810.564549.554829.7779
44.7967-2.4273-1.03242.1766-1.14483.75530.10260.00790.51780.5064-0.31180.70860.0112-0.2334-0.00160.59120.0534-0.12970.71020.01740.7108-1.821835.018141.2007
51.6620.16552.2452-0.02480.15211.2128-0.16070.01350.08530.47040.18030.5187-0.2089-0.341901.03780.0178-0.07620.8448-0.02371.296313.236127.454446.0492
60.00590.0041-0.03750.0055-0.04460.0933-0.46481.7841-1.1236-0.88850.0037-0.78920.61851.8265-0.00011.5376-0.01360.0561.36250.28942.0462-2.771613.874536.6946
70.0410.02990.01130.0376-0.05150.03660.1416-0.8594-0.44250.05520.8034-0.05761.21760.5963-01.3309-0.1635-0.0591.18930.00221.39091.544116.83939.4239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:139 )A2 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 140:168 )A140 - 168
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 169:222 )A169 - 222
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 223:287 )A223 - 287
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 288:326 )A288 - 326
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 340:344 )B340 - 344
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 345:350 )B345 - 350

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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