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- PDB-6p89: E.coli LpxD in complex with compound 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p89
タイトルE.coli LpxD in complex with compound 7
要素UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / lps synthesis / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-(R-3-hydroxymyristoyl)-glucosamine N-acyltransferase activity / UDP-3-O-(3-hydroxyacyl)glucosamine N-acyltransferase / N-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process / response to antibiotic / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase LpxD / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, non-repeat region / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, LpxD / MurE/MurF, N-terminal domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat ...UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase LpxD / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, non-repeat region / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, LpxD / MurE/MurF, N-terminal domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O3V / Chem-O4A / UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase / UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Ma, X. / Shia, S.
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Structural and Biological Basis of Small Molecule Inhibition ofEscherichia coliLpxD Acyltransferase Essential for Lipopolysaccharide Biosynthesis.
著者: Ma, X. / Prathapam, R. / Wartchow, C. / Chie-Leon, B. / Ho, C.M. / De Vicente, J. / Han, W. / Li, M. / Lu, Y. / Ramurthy, S. / Shia, S. / Steffek, M. / Uehara, T.
履歴
登録2019年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
B: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
C: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,5098
ポリマ－108,3043
非ポリマー1,2055
水20,9151161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18810 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area38010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.793, 96.793, 216.305
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase / UDP-3-O-(3-OHC14)-GlcN N-acyltransferase / UDP-3-O-(3-hydroxytetradecanoyl)glucosamine N-acyltransferase


分子量: 36101.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: lpxD, lpxD_1, lpxD_2, A8C65_17800, A9R57_04450, AC789_1c01770, ACN002_0184, ACN77_17005, ACN81_28485, ACU57_18525, ACU90_26495, AM270_18210, AML07_22885, AML35_22825, APZ14_11060, AUQ13_ ...遺伝子: lpxD, lpxD_1, lpxD_2, A8C65_17800, A9R57_04450, AC789_1c01770, ACN002_0184, ACN77_17005, ACN81_28485, ACU57_18525, ACU90_26495, AM270_18210, AML07_22885, AML35_22825, APZ14_11060, AUQ13_07450, AUS26_23195, AW059_09890, AW106_08805, B1K96_12940, B7C53_01310, BANRA_00558, BANRA_00653, BANRA_02262, BANRA_03350, BET08_19125, BHF46_07835, BHS81_00700, BHS87_00855, BIZ41_19025, BJJ90_21310, BK292_13720, BK400_03560, BMT53_09465, BN17_46021, BTQ06_06540, BUE81_01655, BVL39_02135, BW690_02415, BZL31_14885, C2U48_09555, C4J69_03380, C5N07_08630, C5P01_08975, C5P43_07335, C6669_04195, C6986_01145, C7235_20180, C7B06_05915, C7B07_04225, CA593_02815, CG691_14440, CG692_09445, CG705_12975, CG706_12690, COD30_14715, COD46_06685, CR538_20590, CR539_04985, CRM83_15040, CXB56_23080, D0X26_09365, D2184_08545, D2185_20180, D2F89_01460, D3821_06260, D3O91_03240, D3Y67_16455, D9D20_18680, D9D55_03030, D9D69_06830, D9E22_13300, D9E35_14480, D9G42_07535, D9H66_18155, D9H68_13825, D9I18_15010, D9I87_01590, D9I97_03755, D9J11_16875, D9J44_14030, DIV22_06320, DL545_20340, DMZ31_06810, DNQ41_04690, DNQ45_10065, DQF57_05615, DQO13_06200, DS732_05825, DTL43_05870, EAI42_08350, EAI46_03595, EAI52_11055, EC1094V2_3672, EC3234A_2c01610, EC3426_00931, EC382_03005, ECTO6_03883, ED287_04550, ED600_04595, EEP23_00115, EFV01_09910, EFV02_20465, EFV04_15215, EFV08_17150, EFV11_08135, EFV12_18845, EFV15_17225, EFV17_09875, EIA13_13600, EL75_3585, EL79_3695, EL80_3642, ERS085374_03841, ERS150873_01122, ERS150876_00054, FORC28_5013, HW43_04650, JD73_13090, NCTC10429_04183, NCTC10865_05054, NCTC11022_04906, NCTC11126_03647, NCTC13462_02218, NCTC8500_04533, NCTC8960_01551, NCTC9037_04178, NCTC9045_04699, NCTC9055_00956, NCTC9058_02808, NCTC9062_04225, NCTC9706_01326, NCTC9969_04255, PU06_22990, RG28_03860, RK56_027945, RX35_04913, SAMEA3472043_02537, SAMEA3472044_04146, SAMEA3472047_02509, SAMEA3472070_02384, SAMEA3472080_03763, SAMEA3472114_03609, SAMEA3484427_01386, SAMEA3484429_01095, SAMEA3752553_02884, SAMEA3752557_00885, SAMEA3752559_03701, SAMEA3753064_03381, SAMEA3753097_03916, SAMEA3753290_00404, SAMEA3753300_01852, SK85_00179, WQ89_09605, WR15_02380
プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q0P6M7, UniProt: P21645*PLUS, UDP-3-O-(3-hydroxyacyl)glucosamine N-acyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-O4A / N-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)-2-(8-methyl[1]benzopyrano[4,3-c]pyrazol-1(4H)-yl)acetamide


分子量: 377.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H19N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-O3V / 3-hydroxy-7,7-dimethyl-2-phenyl-4-(thiophen-2-yl)-2,6,7,8-tetrahydro-5H-pyrazolo[3,4-b]quinolin-5-one


分子量: 389.470 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19N3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.13 % / Mosaicity: 0.15 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2M Mg formate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月18日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→54.66 Å / Num. obs: 230549 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 17.7 / Num. measured all: 2054596
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.4-1.428.91.624100943113270.4830.5761.7241.3100
7.67-54.668.10.0212937160010.0070.02166.299.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA0.7.2データスケーリング
PHENIX1.14_3211精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EH0

3eh0


解像度: 1.4→54.663 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1876 11298 4.9 %
Rwork0.1672 --
obs0.1682 230411 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 86.43 Å2 / Biso mean: 23.778 Å2 / Biso min: 10.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→54.663 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7448 0 86 1161 8695
Biso mean--21.37 36.74 -
残基数----1011
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.4-1.41590.3333380.318772517589
1.4159-1.43260.34773510.305272807631
1.4326-1.45010.30754190.297671557574
1.4501-1.46840.32683370.282673137650
1.4684-1.48770.28313860.261972247610
1.4877-1.50810.28483410.246272367577
1.5081-1.52970.25473600.230772697629
1.5297-1.55250.22844140.219772237637
1.5525-1.57680.24453780.209171897567
1.5768-1.60260.22293630.205572777640
1.6026-1.63030.20343850.195672497634
1.6303-1.65990.21693660.196472877653
1.6599-1.69180.21853980.190172037601
1.6918-1.72640.22463840.184772757659
1.7264-1.76390.22083750.179272637638
1.7639-1.80490.20823700.174872407610
1.8049-1.85010.19113960.168872977693
1.8501-1.90010.20383820.164572907672
1.9001-1.9560.18263640.158372717635
1.956-2.01920.18434170.160572657682
2.0192-2.09130.1773940.157472537647
2.0913-2.17510.17713710.15273307701
2.1751-2.2740.16253470.150273247671
2.274-2.39390.18063550.151573907745
2.3939-2.54390.17153710.152273377708
2.5439-2.74030.17893580.156573767734
2.7403-3.01610.17624100.153473787788
3.0161-3.45250.16223710.1574377808
3.4525-4.34950.15843860.140674817867
4.3495-54.70420.1764110.166477508161
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.9753 Å / Origin y: 41.7267 Å / Origin z: 15.8691 Å
111213212223313233
T0.1144 Å2-0.0149 Å20.0065 Å2-0.1089 Å2-0.0045 Å2--0.1165 Å2
L0.2673 °20.1031 °20.0725 °2-0.2352 °20.0284 °2--0.3174 °2
S0.0019 Å °-0.0116 Å °-0.0086 Å °-0.013 Å °-0.0267 Å °-0.0028 Å °0.0001 Å °-0.0253 Å °0.0037 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 337
2X-RAY DIFFRACTION1allA401 - 501
3X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 340
4X-RAY DIFFRACTION1allB501
5X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 338
6X-RAY DIFFRACTION1allC501
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 1161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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