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万見
- PDB-6ohq: Structure of compound 4 bound human Phospholipase D2 catalytic domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ohq
タイトルStructure of compound 4 bound human Phospholipase D2 catalytic domain
要素Phospholipase D2
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / phosphodiesterase / HYDROLASE / HKD motif / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane region / Synthesis of PG / phospholipase D / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / phosphatidic acid biosynthetic process / synaptic vesicle recycling / Synthesis of PA / phospholipase D activity / phospholipid catabolic process / regulation of vesicle-mediated transport ...plasma membrane region / Synthesis of PG / phospholipase D / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / phosphatidic acid biosynthetic process / synaptic vesicle recycling / Synthesis of PA / phospholipase D activity / phospholipid catabolic process / regulation of vesicle-mediated transport / small GTPase-mediated signal transduction / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / RAC2 GTPase cycle / Role of phospholipids in phagocytosis / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / phosphatidylinositol binding / presynapse / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phospholipase D, eukaryotic type / Phospholipase D family / Phospholipase D Active site motif / Phospholipase D-like domain / PLD-like domain / Phospholipase D. Active site motifs. / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile. / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. ...Phospholipase D, eukaryotic type / Phospholipase D family / Phospholipase D Active site motif / Phospholipase D-like domain / PLD-like domain / Phospholipase D. Active site motifs. / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile. / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MKA / Phospholipase D2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.694 Å
データ登録者Metrick, C.M. / Chodaparambil, J.V.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Human PLD structures enable drug design and characterization of isoenzyme selectivity.
著者: Metrick, C.M. / Peterson, E.A. / Santoro, J.C. / Enyedy, I.J. / Murugan, P. / Chen, T. / Michelsen, K. / Cullivan, M. / Spilker, K.A. / Kumar, P.R. / May-Dracka, T.L. / Chodaparambil, J.V.
履歴
登録2019年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase D2
B: Phospholipase D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,79228
ポリマ－145,6942
非ポリマー3,09826
水3,621201
1
A: Phospholipase D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,39614
ポリマ－72,8471
非ポリマー1,54913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phospholipase D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,39614
ポリマ－72,8471
非ポリマー1,54913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.227, 131.517, 106.414
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.050, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase D2 / hPLD2 / Choline phosphatase 2 / PLD1C / Phosphatidylcholine-hydrolyzing phospholipase D2


分子量: 72846.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLD2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O14939, phospholipase D
#2: 化合物 ChemComp-MKA / 4-fluoro-N-{(2S)-1-[4-(2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-1-yl)piperidin-1-yl]propan-2-yl}benzamide


分子量: 396.458 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25FN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 20% PEG3350, 0.1M bis-tris pH 6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 43049 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 4306 / CC1/2: 0.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OHM

6ohm


解像度: 2.694→49.315 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2587 1587 5.09 %
Rwork0.2064 --
obs0.2091 31179 98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 158.43 Å2 / Biso mean: 48.1632 Å2 / Biso min: 15.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.694→49.315 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9313 0 178 201 9692
Biso mean--84.59 38.92 -
残基数----1157
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6945-2.78140.32911690.3012249193
2.7-2.80.23991630.2013270597
2.7814-2.88080.32671380.2806267698
2.8808-2.99620.28961380.2571265797
2.9962-3.13250.27831390.2522743100
3.1325-3.29760.28331300.23232741100
3.2976-3.50420.26641400.21212729100
3.5042-3.77470.26461410.1897272199
3.7747-4.15430.24181560.1774268698
4.1543-4.75510.21751250.1639269897
4.7551-5.98920.24281480.1822745100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1516-0.74120.19283.70660.65773.31810.05880.0499-0.63740.07340.05990.12930.53520.2208-0.10370.49650.0290.04570.2513-0.01430.36130.84393.290512.0534
22.6286-0.59790.51413.24350.55641.7110.04060.2382-0.1724-0.42350.0413-0.02980.14290.0653-0.05890.5994-0.03280.07660.2629-0.00180.251723.48319.2023-10.9309
31.4703-0.3003-0.24040.5671-0.25731.10280.0391-0.00130.0207-0.36240.0091-0.0686-0.06780.0492-0.02370.5447-0.00220.07810.2192-0.00010.254121.919312.7929-4.3146
42.3505-0.58510.67152.0491-0.36041.50810.0250.44830.149-0.71630.0845-0.0167-0.081-0.0883-0.14640.59720.00330.10580.3246-0.01260.325523.218825.3479-11.4038
56.9722-1.3982.01190.76260.39692.7787-0.04280.0121-0.17950.0120.0079-0.06360.08090.02110.10080.6755-0.07110.1140.20640.0170.372619.3847-3.85280.6003
61.30570.2588-0.02691.34250.48110.5284-0.0651-0.23270.00580.0392-0.0075-0.0172-0.0893-0.08590.02560.47910.01010.0680.30340.01420.269421.876821.514217.51
70.98090.2367-0.34330.82370.5590.61970.0003-0.11070.0874-0.06430.15320.128-0.1231-0.0406-0.01850.41550.01860.04270.20760.00370.274626.989328.56112.6433
84.25651.38171.69051.92950.78491.97070.08580.0760.0214-0.07640.0065-0.2967-0.01170.3345-0.07820.36170.00890.10280.2302-0.02470.240739.009419.696313.9113
90.3391-0.0782-0.11722.1776-0.66331.43370.07110.03260.195-0.01310.00220.1427-0.1822-0.1191-0.06930.60430.01230.10770.3249-0.01430.426323.291441.2417.9535
101.92390.80580.64931.00520.36722.57440.3854-0.5898-0.20110.4256-0.2705-0.10580.2694-0.28990.0170.5884-0.10460.02950.44020.07430.3445-1.3877-19.738456.9491
111.37290.4294-0.05971.59670.36951.91220.0851-0.2701-0.04020.2465-0.1381-0.14050.0044-0.02680.01650.3674-0.01310.06080.2370.01570.29743.1562-10.828444.3677
121.99540.43620.77462.96420.44771.4389-0.1282-0.17050.4198-0.04-0.03730.0348-0.3478-0.0870.14930.47430.07230.09470.31770.01840.2669-1.99812.215936.4699
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 315 through 340 )A315 - 340
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 341 through 421 )A341 - 421
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 422 through 476 )A422 - 476
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 498 through 549 )A498 - 549
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 550 through 599 )A550 - 599
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 600 through 716 )A600 - 716
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 717 through 779 )A717 - 779
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 780 through 839 )A780 - 839
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 840 through 933 )A840 - 933
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 315 through 421 )B315 - 421
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 422 through 779 )B422 - 779
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 780 through 933 )B780 - 933

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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