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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o8v | ||||||
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タイトル | The structure of lipase from Thermomyces Lanuginosa in complex with 1,3 diacylglycerol: Rhombohedral crystal form | ||||||
![]() | Lipase | ||||||
![]() | HYDROLASE / trimer / esterase / lipids / lipase / substrate complex / catalysis / acyl intermediate / LIPID BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McPherson, A. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structures of Thermomyces (Humicola) Lanuginosa Lipase in Complex with Enzymatic Reactants 著者: McPherson , A. / Larson , B.S. / Kalasky , A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 219 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 146.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 980.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 985.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6o9fC ![]() 6oszC ![]() 1tibS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 31836.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 4種, 412分子 ![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/LTV.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/LTV.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-PG4 / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 化合物 | ChemComp-LTV / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.23 % / 解説: thin needles of indeterminate cross section |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: From a filtered, crude nutrient broth containing 30 - 50 mg/ml lipase plus 25% PEG 3350 plus 0.10 M MES buffer at room temperature PH範囲: 6.0 - 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K / Ambient temp details: flash frozen in cryostream / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→100 Å / Num. obs: 58358 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 31 % / Biso Wilson estimate: 13.9 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.01 / Rrim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.046 / Net I/av σ(I): 42.7 / Net I/σ(I): 42.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 463 / CC1/2: 0.81 / Rpim(I) all: 0.205 / Rrim(I) all: 0.461 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 14.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1tib 解像度: 1.3→80.52 Å / SU ML: 0.0934 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 13.2256 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→80.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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