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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nnz
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis dethiobiotin synthetase in complex with fragment analogue 4
要素ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
キーワードTRANSFERASE / enzyme / nucleotide triphosphate binding
機能・相同性
機能・相同性情報


dethiobiotin synthase / dethiobiotin synthase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dethiobiotin synthase BioD / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KUD / Chem-KUG / Dethiobiotin synthetase BioD
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Thompson, A.P. / Polyak, S.W. / Wegener, K.L. / Bruning, J.B.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1068885 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis dethiobiotin synthetase in complex with fragment analogue 4
著者: Thompson, A.P. / Polyak, S.W. / Wegener, K.L. / Bruning, J.B.
履歴
登録2019年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
B: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
C: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
D: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,76920
ポリマ－93,1434
非ポリマー2,62716
水4,792266
1
A: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
B: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,88510
ポリマ－46,5712
非ポリマー1,3138
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area17150 Å2
手法PISA
2
C: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
D: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,88510
ポリマ－46,5712
非ポリマー1,3138
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area17330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.610, 108.350, 153.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 0 through 18 or resid 20...
21(chain B and (resid 0 through 18 or resid 20...
31(chain C and (resid 0 through 18 or resid 20...
41(chain D and (resid 0 through 18 or resid 20...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYVALVAL(chain A and (resid 0 through 18 or resid 20...AA0 - 187 - 25
12ALAALALEULEU(chain A and (resid 0 through 18 or resid 20...AA20 - 15327 - 160
13ALAALAGLNGLN(chain A and (resid 0 through 18 or resid 20...AA155 - 159162 - 166
14GLYGLYGLYGLY(chain A and (resid 0 through 18 or resid 20...AA0 - 2267 - 233
15GLYGLYGLYGLY(chain A and (resid 0 through 18 or resid 20...AA0 - 2267 - 233
16GLYGLYGLYGLY(chain A and (resid 0 through 18 or resid 20...AA0 - 2267 - 233
17GLYGLYGLYGLY(chain A and (resid 0 through 18 or resid 20...AA0 - 2267 - 233
18GLYGLYGLYGLY(chain A and (resid 0 through 18 or resid 20...AA0 - 2267 - 233
19GLYGLYGLYGLY(chain A and (resid 0 through 18 or resid 20...AA0 - 2267 - 233
110GLYGLYGLYGLY(chain A and (resid 0 through 18 or resid 20...AA0 - 2267 - 233
21GLYGLYVALVAL(chain B and (resid 0 through 18 or resid 20...BB0 - 187 - 25
22ALAALAALAALA(chain B and (resid 0 through 18 or resid 20...BB20 - 7827 - 85
23GLYGLYVALVAL(chain B and (resid 0 through 18 or resid 20...BB0 - 2257 - 232
24GLYGLYVALVAL(chain B and (resid 0 through 18 or resid 20...BB0 - 2257 - 232
25GLYGLYVALVAL(chain B and (resid 0 through 18 or resid 20...BB0 - 2257 - 232
26GLYGLYVALVAL(chain B and (resid 0 through 18 or resid 20...BB0 - 2257 - 232
27GLYGLYVALVAL(chain B and (resid 0 through 18 or resid 20...BB0 - 2257 - 232
28GLYGLYVALVAL(chain B and (resid 0 through 18 or resid 20...BB0 - 2257 - 232
31GLYGLYVALVAL(chain C and (resid 0 through 18 or resid 20...CC0 - 187 - 25
32ALAALAALAALA(chain C and (resid 0 through 18 or resid 20...CC20 - 7827 - 85
33GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 0 through 18 or resid 20...CC7986
34GLYGLYGLYGLY(chain C and (resid 0 through 18 or resid 20...CC0 - 2267 - 233
35GLYGLYGLYGLY(chain C and (resid 0 through 18 or resid 20...CC0 - 2267 - 233
36GLYGLYGLYGLY(chain C and (resid 0 through 18 or resid 20...CC0 - 2267 - 233
37GLYGLYGLYGLY(chain C and (resid 0 through 18 or resid 20...CC0 - 2267 - 233
41GLYGLYVALVAL(chain D and (resid 0 through 18 or resid 20...DD0 - 187 - 25
42ALAALAALAALA(chain D and (resid 0 through 18 or resid 20...DD20 - 7827 - 85
43GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 0 through 18 or resid 20...DD7986
44HISHISVALVAL(chain D and (resid 0 through 18 or resid 20...DD-1 - 2256 - 232
45HISHISVALVAL(chain D and (resid 0 through 18 or resid 20...DD-1 - 2256 - 232
46HISHISVALVAL(chain D and (resid 0 through 18 or resid 20...DD-1 - 2256 - 232
47HISHISVALVAL(chain D and (resid 0 through 18 or resid 20...DD-1 - 2256 - 232

-
要素

#1: タンパク質
ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD / DTB synthetase / DTBS / Dethiobiotin synthase


分子量: 23285.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: bioD, Rv1570, MTCY336.33c / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WPQ5, dethiobiotin synthase
#2: 化合物
ChemComp-KUD / [(1S,2R)-2-(benzenecarbonyl)cyclopentyl]acetic acid


分子量: 232.275 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H16O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-KUG / [(1R,2S)-2-(benzenecarbonyl)cyclopentyl]acetic acid


分子量: 232.275 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H16O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.2 - 1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8, 10-15% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→62.7 Å / Num. obs: 39063 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 37.64 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.204 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 460196 / Scaling rejects: 2160
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.3811.73.3074547738830.8540.9573.4480.895.8
8.91-62.710.50.06887798370.9970.0220.07222.999.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.91 Å41.6 Å
Translation6.91 Å41.6 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
Aimless0.5.31データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CVE

6cve


解像度: 2.3→41.603 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2929 1892 4.96 %
Rwork0.2564 36229 -
obs0.2582 38121 90.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.8 Å2 / Biso mean: 47.8084 Å2 / Biso min: 15.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→41.603 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6272 0 176 266 6714
Biso mean--39.49 40.4 -
残基数----907
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016575
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4849003
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841119
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111183
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4713875
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3796X-RAY DIFFRACTION17.19TORSIONAL
12B3796X-RAY DIFFRACTION17.19TORSIONAL
13C3796X-RAY DIFFRACTION17.19TORSIONAL
14D3796X-RAY DIFFRACTION17.19TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.35750.36971140.35812335244983
2.3575-2.42130.36181390.30272629276893
2.4213-2.49250.38041350.31562648278394
2.4925-2.57290.35431370.30492670280795
2.5729-2.66490.42361520.29282634278694
2.6649-2.77150.35741240.29362105222974
2.7715-2.89770.29751440.28252633277794
2.8977-3.05040.29121320.2732704283695
3.0504-3.24140.35791440.29192713285795
3.2414-3.49160.36841230.29942375249883
3.4916-3.84270.3381090.33522312242181
3.8427-4.39830.31181230.27032507263087
4.3983-5.53930.20721580.18182920307899
5.5393-41.610.19171580.168930443202100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5583-0.9953-0.00661.74670.1412.4891-0.10230.56930.4044-0.31130.0459-0.1431-0.37550.17520.06010.3321-0.05030.00790.29750.0440.245160.7093144.311713.4517
26.2811-0.6569-0.49173.64540.01252.6423-0.18291.5144-0.046-0.6365-0.13510.06310.0322-0.52180.10030.32010.0294-0.01540.5206-0.0480.240356.8375135.89538.172
32.3569-0.4488-0.62732.7115-0.25113.9304-0.0016-0.0365-0.00050.20270.0094-0.29880.08560.72310.04060.23030.03110.0160.3424-0.05310.24470.0393133.526822.055
43.179-1.14410.65521.6222-0.40512.18630.1557-0.0963-0.12990.0489-0.04910.02770.05420.0442-0.09310.3886-0.01010.04270.30260.04380.201854.8998123.775449.1319
51.93990.0122-0.81971.463-0.6395.0556-0.0603-0.03670.0170.21650.23350.2095-0.0949-0.4327-0.17820.34570.06290.04370.33410.01580.232647.1062130.110937.4177
63.91760.34910.21743.2239-0.4412.1408-0.0214-0.27590.05561.1127-0.1391-0.15620.08920.11060.08080.9688-0.1736-0.00980.46080.0660.349279.138100.577727.6443
72.97250.1576-0.62513.2094-0.1172.83410.1231-0.50280.41071.1443-0.08520.1642-0.1914-0.0501-0.08230.6657-0.12680.01010.3978-0.01010.311379.3728110.055423.4588
83.03651.32270.43766.5560.17134.1945-0.12270.00850.06430.1564-0.120.1314-0.1564-0.0833-0.04610.2764-0.01940.0360.31410.03970.266783.0669108.39857.7184
92.28530.2135-0.16182.9013-0.61682.31990.2898-0.1972-0.23891.0726-0.4164-1.07730.4970.54990.07280.7254-0.0057-0.26620.41560.09210.512794.685398.99317.2113
103.449-0.2539-0.47571.14721.82262.9312-0.08880.48040.03280.0819-0.12890.26960.3491-0.11190.18030.4987-0.0714-0.03210.32720.0220.319273.559396.1742-12.6795
113.9934-1.45320.09992.65520.69383.64150.37780.06520.6124-0.3578-0.2828-0.35280.2391-0.0212-0.21320.3830.0629-0.01310.3437-0.0030.262581.717103.6235-15.8905
122.0415-0.74850.29373.1210.52555.0466-0.0525-0.1390.0748-0.12710.0227-0.11090.22630.0114-0.09850.3466-0.01770.01830.2226-0.00460.289776.9338106.9051-0.9858
131.8042-0.8069-0.41861.83910.24564.69440.049-0.2648-0.3560.5275-0.1890.47771.0164-0.55890.03960.4966-0.16760.06040.458-0.00980.431362.772198.53992.7893
142.2421-0.31910.04142.3711.00813.73290.7094-0.4328-0.47260.0547-0.18820.8570.8046-1.12540.09170.5374-0.152-0.12370.71020.01540.57357.653498.976-10.3629
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 87 )A0 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 88 through 123 )A88 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 124 through 226 )A124 - 226
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 108 )B0 - 108
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 109 through 225 )B109 - 225
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 0 through 87 )C0 - 87
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 88 through 144 )C88 - 144
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 145 through 159 )C145 - 159
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 160 through 226 )C160 - 226
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid -1 through 73 )D-1 - 73
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 74 through 108 )D74 - 108
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 109 through 159 )D109 - 159
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 160 through 204 )D160 - 204
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 205 through 225 )D205 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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