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- PDB-6nbs: WT ERK2 with compound 2507-8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nbs
タイトルWT ERK2 with compound 2507-8
要素Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / Inhibitor / MAPK / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Negative feedback regulation of MAPK pathway ...phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / IFNG signaling activates MAPKs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Growth hormone receptor signaling / Spry regulation of FGF signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Oxidative Stress Induced Senescence / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oncogene Induced Senescence / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Signal attenuation / NCAM signaling for neurite out-growth / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Regulation of the apoptosome activity / Signaling by Activin / Negative regulation of FGFR2 signaling / Signal transduction by L1 / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Negative regulation of MAPK pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interferon gamma signaling / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / MAP2K and MAPK activation / neural crest cell development / Recycling pathway of L1 / phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / response to epidermal growth factor / cellular response to methionine / ERKs are inactivated / cellular response to toxic substance / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Regulation of the apoptosome activity / positive regulation of macrophage proliferation / response to alcohol / regulation of cellular pH / outer ear morphogenesis / Signaling by LTK in cancer / regulation of Golgi inheritance / RAF/MAP kinase cascade / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / ERBB signaling pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / labyrinthine layer blood vessel development / Neutrophil degranulation / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / IFNG signaling activates MAPKs / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / positive regulation of macrophage chemotaxis / response to testosterone / Activation of the AP-1 family of transcription factors / regulation of cytoskeleton organization / ERK/MAPK targets / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / response to exogenous dsRNA / face development / MAPK1 (ERK2) activation / lung morphogenesis / positive regulation of telomere maintenance / Recycling pathway of L1 / pseudopodium / Bergmann glial cell differentiation / thyroid gland development / androgen receptor signaling pathway / steroid hormone receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KJ4 / (5S)-5-benzyl-4,5-dihydro-1H-imidazol-2-amine / Mitogen-activated protein kinase 1 / Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sammons, R.M. / Perry, N.A. / Cho, E.J. / Kaoud, T.S. / Zamora-Olivares, D.P. / Piserchio, A. / Houghten, R.A. / Giulianotti, M. / Li, Y. / Debevec, G. ...Sammons, R.M. / Perry, N.A. / Cho, E.J. / Kaoud, T.S. / Zamora-Olivares, D.P. / Piserchio, A. / Houghten, R.A. / Giulianotti, M. / Li, Y. / Debevec, G. / Gurevich, V.V. / Ghose, R. / Iverson, T.M. / Dalby, K.N.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
American Heart Association16PRE30180007 米国
American Heart Association18PRE34030017 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: A Novel Class of Common Docking Domain Inhibitors That Prevent ERK2 Activation and Substrate Phosphorylation.
著者: Sammons, R.M. / Perry, N.A. / Li, Y. / Cho, E.J. / Piserchio, A. / Zamora-Olivares, D.P. / Ghose, R. / Kaoud, T.S. / Debevec, G. / Bartholomeusz, C. / Gurevich, V.V. / Iverson, T.M. / ...著者: Sammons, R.M. / Perry, N.A. / Li, Y. / Cho, E.J. / Piserchio, A. / Zamora-Olivares, D.P. / Ghose, R. / Kaoud, T.S. / Debevec, G. / Bartholomeusz, C. / Gurevich, V.V. / Iverson, T.M. / Giulianotti, M. / Houghten, R.A. / Dalby, K.N.
履歴
登録2018年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年9月8日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity_name_com ...database_2 / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2715
ポリマ－42,4331
非ポリマー8384
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR analysis performed on the inhibitor to show assembly
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.895, 71.242, 60.167
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform ...MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAP kinase 2 / MAPK 2


分子量: 42432.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Mapk1, Erk2, Mapk, Prkm1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P63086, UniProt: P28482*PLUS, mitogen-activated protein kinase

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非ポリマー , 5種, 212分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-KJ7 / (5S)-5-benzyl-4,5-dihydro-1H-imidazol-2-amine / (4S)-2-イミノ-4β-ベンジルイミダゾリジン


分子量: 175.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N3
#5: 化合物 ChemComp-KJ4 / N-{3-[(2Z,4S)-1-(2-{[2-(2-amino-1H-imidazol-1-yl)ethyl](methyl)amino}ethyl)-3-(3-cyclohexylpropyl)-2-iminoimidazolidin-4-yl]propyl}guanidine


分子量: 474.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46N10
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 33% PEG 5,000 MME, 0.25 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 446.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→38.72 Å / Num. obs: 30765 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 35.057
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 5.015 / CC1/2: 0.607 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3211: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ERK

1erk
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.9→38.72 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2218 1424 4.64 %
Rwork0.1801 --
obs0.182 30668 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2791 0 58 208 3057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8223993
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.6112481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005510
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9003-1.96820.26271260.20992833X-RAY DIFFRACTION97
1.9682-2.0470.22641490.19942916X-RAY DIFFRACTION100
2.047-2.14020.30341410.19032928X-RAY DIFFRACTION100
2.1402-2.2530.26231400.19152910X-RAY DIFFRACTION100
2.253-2.39410.23171360.18862950X-RAY DIFFRACTION100
2.3941-2.5790.23011510.18252917X-RAY DIFFRACTION100
2.579-2.83840.25031490.19132912X-RAY DIFFRACTION100
2.8384-3.2490.23671360.18222952X-RAY DIFFRACTION100
3.249-4.09260.20251450.16522947X-RAY DIFFRACTION100
4.0926-38.72830.18241510.16972979X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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