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万見
- PDB-6m8d: Crystal structure of the core catalytic domain of human inositol ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m8d
タイトルCrystal structure of the core catalytic domain of human inositol phosphate multikinase in complex with diosmetin
要素Inositol polyphosphate multikinase,Inositol polyphosphate multikinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE Inhibitor / kinase / inositol / inositol polyphosphate / TRANSFERASE / diosmetin / flavonoid / inhibitor / natural product / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of IPs in the nucleus / inositol-tetrakisphosphate 5-kinase / inositol-1,3,4,6-tetrakisphosphate 5-kinase activity / inositol-1,2,3,4,6-pentakisphosphate 5-kinase activity / inositol-polyphosphate multikinase / inositol-1,4,5-trisphosphate 6-kinase activity / flavonoid binding / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 6-kinase activity / inositol tetrakisphosphate kinase activity / inositol-1,4,5,6-tetrakisphosphate 3-kinase activity ...Synthesis of IPs in the nucleus / inositol-tetrakisphosphate 5-kinase / inositol-1,3,4,6-tetrakisphosphate 5-kinase activity / inositol-1,2,3,4,6-pentakisphosphate 5-kinase activity / inositol-polyphosphate multikinase / inositol-1,4,5-trisphosphate 6-kinase activity / flavonoid binding / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 6-kinase activity / inositol tetrakisphosphate kinase activity / inositol-1,4,5,6-tetrakisphosphate 3-kinase activity / inositol trisphosphate metabolic process / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity / inositol phosphate metabolic process / inositol phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol metabolic process / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / necroptotic process / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositol polyphosphate kinase / Inositol polyphosphate kinase superfamily / Inositol polyphosphate kinase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J8D / Inositol polyphosphate multikinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, H. / Shears, S.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIAES080046-29 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: Inhibition of Inositol Polyphosphate Kinases by Quercetin and Related Flavonoids: A Structure-Activity Analysis.
著者: Gu, C. / Stashko, M.A. / Puhl-Rubio, A.C. / Chakraborty, M. / Chakraborty, A. / Frye, S.V. / Pearce, K.H. / Wang, X. / Shears, S.B. / Wang, H.
履歴
登録2018年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol polyphosphate multikinase,Inositol polyphosphate multikinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1282
ポリマ－29,8281
非ポリマー3001
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.971, 77.971, 85.362
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-685-

HOH

21A-721-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Inositol polyphosphate multikinase,Inositol polyphosphate multikinase / Inositol 1 / 3 / 4 / 6-tetrakisphosphate 5-kinase


分子量: 29827.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IPMK, IMPK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NFU5, inositol-polyphosphate multikinase
#2: 化合物 ChemComp-J8D / 5,7-dihydroxy-2-(3-hydroxy-4-methoxyphenyl)-4H-1-benzopyran-4-one / diosmetin / ジオスメチン


分子量: 300.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C16H12O6 / コメント: アゴニスト*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 35% (w/v) PEG 400, 0.1 M Li2SO4, 100 mM MES Imidanzol buffer , pH 6.0, 50 mM beta-mercaptoethanol at 298K. To obtain complex structure, the apo crystal was further soaked under 35% (w/v) PEG ...詳細: 35% (w/v) PEG 400, 0.1 M Li2SO4, 100 mM MES Imidanzol buffer , pH 6.0, 50 mM beta-mercaptoethanol at 298K. To obtain complex structure, the apo crystal was further soaked under 35% (w/v) PEG 400, 0.1 M Li2SO4, 100 mM HEPES, pH 7.5 at 298K in the presence of 10 mM diosmetin for 3 days.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 18315 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 22.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 1.064 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.896 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 877 / CC1/2: 0.786 / Rpim(I) all: 0.317 / Rrim(I) all: 0.955 / Χ2: 0.84 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5w2g

5w2g


解像度: 2→38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 9.811 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.173 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23949 947 5.2 %RANDOM
Rwork0.17314 ---
obs0.17644 17172 98.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.474 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.31 Å2-0 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1941 0 22 134 2097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192051
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2081.9752784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8793.0014310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4695246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.64924.22797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.715351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.013159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02427
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8482.966975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8512.964974
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7494.4381224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7524.4391225
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9423.2021075
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9413.2011076
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5414.7431560
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.535.2742381
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.24135.0382361
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.69433894
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free46.746570
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded27.04653908
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 60 -
Rwork0.203 1139 -
obs--90.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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