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- PDB-6m5b: X-ray crystal structure of cyclic-PIP and DNA complex in a revers... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m5b
タイトルX-ray crystal structure of cyclic-PIP and DNA complex in a reverse binding orientation
要素DNA (5'-D(*CP*(CBR)P*AP*GP*GP*CP*CP*TP*GP*G)-3')
キーワードDNA / PIP
機能・相同性Chem-S7E / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.501 Å
データ登録者Abe, K. / Hirose, Y. / Eki, H. / Takeda, K. / Bando, T. / Endo, M. / Sugiyama, H.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)18KK0139 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)16H06356 日本
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: X-ray Crystal Structure of a Cyclic-PIP-DNA Complex in the Reverse-Binding Orientation.
著者: Abe, K. / Hirose, Y. / Eki, H. / Takeda, K. / Bando, T. / Endo, M. / Sugiyama, H.
履歴
登録2020年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*(CBR)P*AP*GP*GP*CP*CP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8275
ポリマ－3,1251
非ポリマー7024
水82946
1
A: DNA (5'-D(*CP*(CBR)P*AP*GP*GP*CP*CP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*CP*(CBR)P*AP*GP*GP*CP*CP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,65410
ポリマ－6,2502
非ポリマー1,4048
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation28_555x,-y,-z+1/21
Buried area3260 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area3810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.235, 82.235, 82.235
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/4,-z+1/4,y+3/4
#3: x+1/4,z+3/4,-y+3/4
#4: z+1/4,y+3/4,-x+3/4
#5: -z+1/4,y+3/4,x+1/4
#6: -y+1/4,x+3/4,z+1/4
#7: y+1/4,-x+1/4,z+3/4
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y,-z+1/2,x
#11: z,-x,-y+1/2
#12: -y+1/2,z,-x
#13: -z,-x+1/2,y
#14: -z+1/2,x,-y
#15: y,-z,-x+1/2
#16: x,-y,-z+1/2
#17: -x+1/2,y,-z
#18: -x,-y+1/2,z
#19: y+1/4,x+3/4,-z+3/4
#20: -y+1/4,-x+1/4,-z+1/4
#21: z+1/4,-y+1/4,x+3/4
#22: -z+1/4,-y+1/4,-x+1/4
#23: -x+1/4,z+3/4,y+1/4
#24: -x+1/4,-z+1/4,-y+1/4
#25: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#26: x+3/4,-z+3/4,y+5/4
#27: x+3/4,z+5/4,-y+5/4
#28: z+3/4,y+5/4,-x+5/4
#29: -z+3/4,y+5/4,x+3/4
#30: -y+3/4,x+5/4,z+3/4
#31: y+3/4,-x+3/4,z+5/4
#32: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#33: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#34: -y+1/2,-z+1,x+1/2
#35: z+1/2,-x+1/2,-y+1
#36: -y+1,z+1/2,-x+1/2
#37: -z+1/2,-x+1,y+1/2
#38: -z+1,x+1/2,-y+1/2
#39: y+1/2,-z+1/2,-x+1
#40: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#41: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#42: -x+1/2,-y+1,z+1/2
#43: y+3/4,x+5/4,-z+5/4
#44: -y+3/4,-x+3/4,-z+3/4
#45: z+3/4,-y+3/4,x+5/4
#46: -z+3/4,-y+3/4,-x+3/4
#47: -x+3/4,z+5/4,y+3/4
#48: -x+3/4,-z+3/4,-y+3/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

HOH

21A-202-

HOH

31A-223-

HOH

41A-239-

HOH

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要素

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DNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*(CBR)P*AP*GP*GP*CP*CP*TP*GP*G)-3')


分子量: 3124.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 5種, 50分子

#2: 化合物 ChemComp-S7E / 4-[[4-[(4-azanyl-1-methyl-pyrrol-2-yl)carbonylamino]-1-methyl-pyrrol-2-yl]carbonylamino]-~{N}-[2-[[(3~{S})-3-azanyl-4-oxidanylidene-butyl]carbamoyl]-1-methyl-imidazol-4-yl]-1-methyl-imidazole-2-carboxamide


分子量: 592.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H32N12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 12.5% polyethylene glycol monomethyl ether 550, 2.5 mM magnesium chloride hexahydrate, 25 mM HEPES sodium, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 16.7 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→41.118 Å / Num. obs: 14247 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 14.328 % / Biso Wilson estimate: 23.982 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 1.742 / Net I/σ(I): 26.37 / Num. measured all: 204128
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.592.5490.3931.735487234721530.7730.4891.7
1.59-1.75.7010.2644.5212503219321930.960.291100
1.7-1.8410.8710.17610.1821938201820180.9910.185100
1.84-2.0119.0640.14118.2236126189518950.9970.145100
2.01-2.2521.6020.10128.6536335168216820.9980.103100
2.25-2.5921.0150.07437.5731396149414940.9990.076100
2.59-3.1721.7160.0558.49277311277127710.051100
3.17-4.4621.3020.03682.052087698098010.037100
4.46-41.11821.1460.03585.721173655655510.03699.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.501→29.074 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 21.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1894 1056 7.42 %
Rwork0.184 13184 -
obs0.1845 14240 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 43.15 Å2 / Biso mean: 21.7689 Å2 / Biso min: 13.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.501→29.074 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 203 49 46 298
Biso mean--18.4 28.34 -
残基数----10
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.501-1.56920.31021450.296150291
1.5692-1.65190.25311000.24311683100
1.6519-1.75540.19161580.19921649100
1.7554-1.89090.22081490.18951645100
1.8909-2.08120.21851140.19071691100
2.0812-2.38220.26691330.20851659100
2.3822-3.00080.19151360.19391660100
3.0008-29.0740.13191210.15131695100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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