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- PDB-6loo: Crystal Structure of Class IB terpene synthase bound with geranyl... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6loo | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Class IB terpene synthase bound with geranylcitronellyl diphosphate | |||||||||
![]() | Tetraprenyl-beta-curcumene synthase | |||||||||
![]() | LYASE / TERPENE SYNTHASE | |||||||||
Function / homology | Tetraprenyl-beta-curcumene synthase YtpB-like / Protein of unknown function (DUF2600) / Chem-ELR / Chem-ELU / Tetraprenyl-beta-curcumene synthase![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fujihashi, M. / Inagi, H. / Miki, K. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Characterization of Class IB Terpene Synthase: The First Crystal Structure Bound with a Substrate Surrogate. Authors: Stepanova, R. / Inagi, H. / Sugawara, K. / Asada, K. / Nishi, T. / Ueda, D. / Yasuno, Y. / Shinada, T. / Miki, K. / Fujihashi, M. / Sato, T. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 169.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 131.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 44 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6lopC ![]() 5yo8S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 41879.664 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: BALCAV_0202405 / Plasmid: pColdII / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ELU / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.3 Details: PEG3350, Ammonium Acetate, Magnesium Chloride, Methanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Oct 31, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.99→48.12 Å / Num. obs: 47141 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 3.905 % / Biso Wilson estimate: 34.108 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.983 / Net I/σ(I): 13.65 / Num. measured all: 184069 / Scaling rejects: 73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5yo8 Resolution: 1.99→48.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 5.473 / SU ML: 0.146 / SU R Cruickshank DPI: 0.2116 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.173 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 112.86 Å2 / Biso mean: 32.585 Å2 / Biso min: 17.24 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.99→48.12 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.99→2.042 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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