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万見
- PDB-6ll4: Oxygen-exposed carbazole-soaked reduced terminal oxygenase of car... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ll4
タイトルOxygen-exposed carbazole-soaked reduced terminal oxygenase of carbazole 1,9a-dioxygenase
要素Terminal oxygenase component of carbazole
キーワードOXIDOREDUCTASE / ring-hydroxylating / dioxygenase / ligand-bound
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Homotrimeric ring hydroxylase, catalytic domain / Homotrimeric ring hydroxylase / : / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-amino[1,1'-biphenyl]-2,3-diol / (9aR)-9a-(dioxidanyl)-1,9-dihydrocarbazole / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Terminal oxygenase component of carbazole
類似検索 - 構成要素
生物種Janthinobacterium sp. J3 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wang, Y.X. / Suzuki-Minakuchi, C. / Nojiri, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Other private 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Oxygen-exposed carbazole-soaked reduced terminal oxygenase of carbazole 1,9a-dioxygenase with
著者: Wang, Y.X. / Suzuki-Minakuchi, C. / Nojiri, H.
履歴
登録2019年12月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terminal oxygenase component of carbazole
B: Terminal oxygenase component of carbazole
C: Terminal oxygenase component of carbazole
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,44952
ポリマ－134,7323
非ポリマー4,71749
水6,810378
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16990 Å2
ΔGint16 kcal/mol
Surface area43650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.887, 91.887, 242.157
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Terminal oxygenase component of carbazole


分子量: 44910.738 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Janthinobacterium sp. J3 (バクテリア)
株: J3 / 遺伝子: carAa / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q84II6

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非ポリマー , 10種, 427分子

#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-EHX / (9aR)-9a-(dioxidanyl)-1,9-dihydrocarbazole


分子量: 201.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11NO2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-9G0 / 2'-amino[1,1'-biphenyl]-2,3-diol / 2′-アミノビフェニル-2,3-ジオ-ル


分子量: 201.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11NO2
#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05 M MgCl2, 0.1 M HEPES ph 7.5 30% (v/v) PEG MME 550

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→200 Å / Num. obs: 58641 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Num. unique obs: 2925 / CC1/2: 0.597

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WW9

1ww9


解像度: 2.2→48.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.809 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.232
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2397 2969 5.2 %RANDOM
Rwork0.1685 ---
obs0.1721 54365 97.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.54 Å2 / Biso mean: 35.214 Å2 / Biso min: 13.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å2-0.03 Å2-0 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→48.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9241 0 280 378 9899
Biso mean--52.25 37.78 -
残基数----1149
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0149875
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4031.67513301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8521.68820802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.33451172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.30823.465531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.6151630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3241549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021845
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.255 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 186 -
Rwork0.218 3608 -
obs--87.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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