PDB-6hsx: Thrombin in Complex with a D-Phe-Pro-diaminopyridine derivative

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hsx

タイトル

Thrombin in Complex with a D-Phe-Pro-diaminopyridine derivative

要素

(Prothrombin) x 2
Hirudin variant-2

キーワード

HYDROLASE / COAGULATION / BLOOD CLOTTING / CONVERTION OF FIBRINOGEN TO FIBRIN / BLOOD CLOTTING INHIBITOR / THROMBIN INHIBITOR / PREORGANIZATION / GLYCOSYLATION / BLOOD

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin ...positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of platelet activation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / acute-phase response / Regulation of Complement cascade / negative regulation of proteolysis / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / response to wounding / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / blood microparticle / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Hirudo medicinalis (医用ビル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Ngo, K. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Protein-Induced Change in Ligand Protonation during Trypsin and Thrombin Binding: Hint on Differences in Selectivity Determinants of Both Proteins?
著者: Ngo, K. / Collins-Kautz, C. / Gerstenecker, S. / Wagner, B. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2018年10月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hsx.cif.gz	228.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hsx.ent.gz	151 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6hsx_validation.pdf.gz	834.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hsx_full_validation.pdf.gz	834.3 KB	表示
XML形式データ	6hsx_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	6hsx_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/6hsx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/6hsx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6sy3C 6t0mC 6t0pC 6t3qC 6t4aC 6t5wC 6tdtC 2zgbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t89-d 3shc-d 3u9a-d 1c4v-d 5lce-d 1dit-d 4ufe-d 1mu6-d 5a2m-d 6t3m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (33) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (29) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (11) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (5) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#25 - 2002年1月
トロンビン (Thrombin)
類似性 (33)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (29)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
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インテグリン (Integrin)
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組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
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#149 - 2012年5月
レプチン (Leptin)
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登録構造単位

L: Prothrombin

H: Prothrombin

I: Hirudin variant-2

ヘテロ分子

36.5 kDa, 3 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.997, 71.726, 72.634
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.353, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-75- ARG
2	1	H-408- HOH

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 LI

#1: タンパク質・ペプチド	Prothrombin / Coagulation factor II 分子量: 4096.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#3: タンパク質・ペプチド	Hirudin variant-2 分子量: 1491.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 参照: UniProt: P09945

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 H

#2: タンパク質

Prothrombin / Coagulation factor II

分子量: 29780.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, thrombin

#7: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 236分子

#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#9: 化合物	ChemComp-GOZ / (2~{S})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-phenyl-propanoyl]-~{N}-[[2,6-bis(azanyl)pyridin-4-yl]methyl]pyrrolidine-2-carboxamide 分子量: 382.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₆N₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20 mM Sodium dihydrogen phosphate pH 7.5, 350 mM NaCl, 27% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→43.515 Å / Num. obs: 49365 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.44 % / B_iso Wilson estimate: 19.64 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.047 / R_sym value: 0.04 / Net I/σ(I): 17.37
反射シェル	解像度: 1.56→1.65 Å / 冗長度: 3.47 % / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / Num. unique obs: 7727 / CC_1/2: 0.83 / R_rim(I) all: 0.58 / R_sym value: 0.49 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZGB

2zgb

解像度: 1.56→43.51 Å / SU ML: 0.182 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.7881
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1835	2469	5 %
R_work	0.1623	46890	-
obs	0.1634	49359	97.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→43.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2283	0	69	228	2580

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	2468
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9925	3345
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	348
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0075	446
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.4436	1491

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.56-1.59	0.3295	127	0.3188	2414	X-RAY DIFFRACTION	91.14
1.59-1.62	0.3143	138	0.2578	2607	X-RAY DIFFRACTION	97.2
1.62-1.65	0.2461	134	0.214	2556	X-RAY DIFFRACTION	97.08
1.65-1.69	0.2256	137	0.1956	2603	X-RAY DIFFRACTION	98.03
1.69-1.74	0.2273	139	0.1924	2637	X-RAY DIFFRACTION	98.3
1.74-1.78	0.2202	136	0.1801	2585	X-RAY DIFFRACTION	97.95
1.78-1.83	0.1979	137	0.1781	2590	X-RAY DIFFRACTION	97.88
1.83-1.89	0.2025	135	0.168	2566	X-RAY DIFFRACTION	96.19
1.89-1.96	0.1829	138	0.1639	2621	X-RAY DIFFRACTION	98.25
1.96-2.04	0.1801	136	0.1546	2595	X-RAY DIFFRACTION	98.13
2.04-2.13	0.2006	139	0.1556	2643	X-RAY DIFFRACTION	98.37
2.13-2.25	0.1791	138	0.1492	2621	X-RAY DIFFRACTION	98.85
2.25-2.39	0.1861	138	0.1553	2627	X-RAY DIFFRACTION	96.85
2.39-2.57	0.1577	138	0.1535	2606	X-RAY DIFFRACTION	98.63
2.57-2.83	0.1808	139	0.1608	2650	X-RAY DIFFRACTION	98.94
2.83-3.24	0.2084	139	0.1614	2643	X-RAY DIFFRACTION	98.79
3.24-4.08	0.1301	139	0.1456	2645	X-RAY DIFFRACTION	97.68
4.08-43.51	0.1849	142	0.1573	2681	X-RAY DIFFRACTION	97.82

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0086664342535	0.00172566428584	0.000738043355265	0.00565081221482	0.00254529252885	0.00239656516441	0.00459707921193	0.0351520772124	-0.00309175472658	-0.0309199633664	-0.0848159683002	-0.00648179027405	-0.06254071774	-0.043686194203	1.8330532525E-5	0.224098758855	0.0782673143352	0.0201810396456	0.196162823653	0.00683219622711	0.202503556109	4.97561148543	14.8462319717	18.2119349025
2	0.000791601228572	0.000253357161744	0.00206369320229	0.00302488559682	-0.000482851566695	0.0030212200528	0.0432450071503	-0.0108475353447	0.00107244144744	-0.0272710214472	-0.0372583953333	0.000451247022845	-0.0685209338584	-0.0720647305962	4.39140166698E-6	0.202793332338	0.0905053150047	0.00867039193056	0.23017091807	-0.0231650140135	0.249398955622	-3.59652802827	12.2604033872	20.8167765559
3	0.00249816588007	0.000377119498409	0.000380530094899	0.00109484902737	-0.00394430430655	0.00287362936086	-0.00165962876638	-0.00569076309202	-0.00876044497562	0.0176519904273	-0.00081776155255	0.0247543806957	0.0163215496799	-0.0302664949284	5.95786822536E-6	0.202520939961	0.0345043479463	0.0572646325883	0.195393077815	-0.00115829814342	0.259699321105	-0.80811638185	5.78458366683	32.6040665121
4	0.00900467211232	-0.000772475945077	0.00328406143465	0.00208247837262	-0.00212411575452	0.00142108949945	0.16386086695	0.059089357021	-0.0949900050066	-0.0722012871142	-0.0717904935888	0.0668673002665	-0.00225488627371	-0.0624081083796	-3.33038461292E-5	0.213893234079	0.0647199738186	-0.0319958105863	0.211105240442	-0.034931665673	0.235715343347	1.21894506251	0.655694451754	17.2785458004
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12	0.0666334739656	-0.0297764323908	0.0484633515916	0.0102413770173	-0.0165619941002	0.0528596625932	0.134441036011	0.00961348240883	-0.0667654331307	-0.0495265008008	-0.074523606442	0.149238118711	0.0105921388481	0.0119244205593	1.35072556132E-5	0.173267799999	0.0471433030252	0.00365162540255	0.161757487615	-0.00643994874779	0.207041962818	10.4505127382	-0.924038944349	27.4758839043
13	0.00361682263878	0.00404211916326	0.000137331828241	0.000972273151612	0.0026180462176	0.00284875372875	0.00218968795729	0.0489486595844	0.080261657495	0.015495096852	-0.0341817773137	-0.0466040860487	-0.0156668941914	0.0304467143784	8.05886590329E-6	0.14896257213	0.0237641767196	0.0664034067045	0.240899605566	0.0812043859162	0.320279516367	26.0698553431	8.71250937638	23.6796241385
14	0.0026896938344	-0.00178359534037	-0.00240467425288	0.00293434063121	0.00483937702647	0.00613036694117	0.0340395591744	0.0471845612549	0.00867487956206	-0.0363848828371	-0.00675140267998	-0.0187724884005	0.00107645641472	-0.00962827447732	0.004704845015	0.657039623714	0.325788368595	0.0671358217073	0.634467399376	-0.103031329386	0.233577185953	11.1158632579	-1.72393780349	-2.94637845137

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 1C through 7 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 8 through 14B)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 14C through 14K)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 16 through 29 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 30 through 50 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 51 through 80 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 81 through 125 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 126 through 140 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 141 through 164 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 165 through 179 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 180 through 197 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 198 through 231 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 232 through 245 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'I' and (resid 555 through 565 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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