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- PDB-6gge: p53 cancer mutant Y220C in complex with small-molecule stabilizer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gge
タイトルp53 cancer mutant Y220C in complex with small-molecule stabilizer PK9327
要素Cellular tumor antigen p53
キーワードDNA BINDING PROTEIN / p53 / transcription factor / tumor supressor / cancer therapy / oncogenic mutant / protein misfolding / small-molecule stabilizer / molecular chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / Activation of NOXA and translocation to mitochondria ...negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / germ cell nucleus / regulation of fibroblast apoptotic process / bone marrow development / cellular response to actinomycin D / circadian behavior / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / histone deacetylase regulator activity / positive regulation of programmed necrotic cell death / T cell proliferation involved in immune response / : / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / mRNA transcription / negative regulation of glial cell proliferation / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / negative regulation of neuroblast proliferation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / thymocyte apoptotic process / ER overload response / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / cardiac septum morphogenesis / B cell lineage commitment / entrainment of circadian clock by photoperiod / negative regulation of DNA replication / negative regulation of mitophagy / Zygotic genome activation (ZGA) / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / PI5P Regulates TP53 Acetylation / necroptotic process / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / SUMOylation of transcription factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / rRNA transcription / Transcriptional Regulation by VENTX / TFIID-class transcription factor complex binding / cellular response to UV-C / viral process / neuroblast proliferation / replicative senescence / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / general transcription initiation factor binding / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / Pyroptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chromosome organization / positive regulation of execution phase of apoptosis / hematopoietic stem cell differentiation / type II interferon-mediated signaling pathway / embryonic organ development / response to X-ray / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / somitogenesis / hematopoietic progenitor cell differentiation / negative regulation of stem cell proliferation / core promoter sequence-specific DNA binding / glial cell proliferation / cellular response to glucose starvation / negative regulation of fibroblast proliferation / mitophagy / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of proteolysis / response to salt stress / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / cardiac muscle cell apoptotic process / transcription repressor complex / gastrulation / 14-3-3 protein binding / MDM2/MDM4 family protein binding / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / transforming growth factor beta receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #720 / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / : / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain ...Immunoglobulin-like - #720 / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / : / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EYE / Cellular tumor antigen p53
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.25000506704 Å
データ登録者Joerger, A.C. / Bauer, M.R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationJO 1473/1-1 ドイツ
引用
ジャーナル: Future Med Chem / 年: 2019
タイトル: A structure-guided molecular chaperone approach for restoring the transcriptional activity of the p53 cancer mutant Y220C.
著者: Bauer, M.R. / Jones, R.N. / Tareque, R.K. / Springett, B. / Dingler, F.A. / Verduci, L. / Patel, K.J. / Fersht, A.R. / Joerger, A.C. / Spencer, J.
#1: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2006
タイトル: Structural basis for understanding oncogenic p53 mutations and designing rescue drugs.
著者: Joerger, A.C. / Ang, H.C. / Fersht, A.R.
履歴
登録2018年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellular tumor antigen p53
B: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8636
ポリマ－49,0622
非ポリマー8024
水8,683482
1
A: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9323
ポリマ－24,5311
非ポリマー4012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9323
ポリマ－24,5311
非ポリマー4012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.075, 71.221, 105.268
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 Cellular tumor antigen p53 / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 24530.811 Da / 分子数: 2 / 変異: M133L, V203A, Y220S,N239Y, N268D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53, P53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04637
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-EYE / [9-ethyl-7-(5-methylthiophen-2-yl)carbazol-3-yl]methyl-methyl-azanium


分子量: 335.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23N2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein solution: 6 mg/ml protein in 25 mM sodium phosphate, ph 7.2, 150 mm KCl, 5 mm DTT. Reservoir buffer: 100 mm HEPES, pH 7.2, 19% (w/v) polyethylene glycol 4000, 5 mm DTT. Soaking buffer: ...詳細: Protein solution: 6 mg/ml protein in 25 mM sodium phosphate, ph 7.2, 150 mm KCl, 5 mm DTT. Reservoir buffer: 100 mm HEPES, pH 7.2, 19% (w/v) polyethylene glycol 4000, 5 mm DTT. Soaking buffer: Saturated solution of compound in 100 mm HEPES, ph 7.2, 10 mM sodium phosphate, ph 7.2, 19% (w/v) polyethylene glycol 4000, 20 % (v/v) glycerol, 150 mm KCl.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→29.6 Å / Num. obs: 129162 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 13.1257049977 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.25→1.32 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2J1X

2j1x


解像度: 1.25000506704→29.4942478596 Å / SU ML: 0.101862459892 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32651126839 / 位相誤差: 16.5876228601
Rfactor反射数%反射
Rfree0.170800413489 6544 5.07109922895 %
Rwork0.14989112458 --
obs0.150925464968 129045 95.2516275705 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.8700348951 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25000506704→29.4942478596 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3026 0 50 482 3558
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004804957521453237
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8110905639234421
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0843845448412488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00675212247725577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.96067261961203
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.26420.2405693356642200.2109197742143900X-RAY DIFFRACTION92.5842696629
1.2642-1.27910.2246975217922470.2040276525233885X-RAY DIFFRACTION92.8956834532
1.2791-1.29470.2328827966891880.1960643035263947X-RAY DIFFRACTION92.381590706
1.2947-1.31110.2181217591592130.1934517573043963X-RAY DIFFRACTION93.4437234281
1.3111-1.32830.2045808057742090.1791328683533953X-RAY DIFFRACTION92.8396163284
1.3283-1.34650.1937124338852250.1745789284443860X-RAY DIFFRACTION91.4893617021
1.3465-1.36580.2083520420222250.1710380621563958X-RAY DIFFRACTION93.6003580219
1.3658-1.38610.2000525316092140.1701600306454021X-RAY DIFFRACTION93.9024390244
1.3861-1.40780.1773404223442060.1587144453273973X-RAY DIFFRACTION94.2915162455
1.4078-1.43090.1632599604531920.1523532255354036X-RAY DIFFRACTION94.1648106904
1.4309-1.45560.1669352482852190.1509930777694029X-RAY DIFFRACTION94.3790268829
1.4556-1.4820.1719568692392220.1412331248494017X-RAY DIFFRACTION94.6839401385
1.482-1.51050.1555671445742220.134544800814037X-RAY DIFFRACTION95.088189328
1.5105-1.54140.1625722653032380.1312330844594004X-RAY DIFFRACTION94.9205638845
1.5414-1.57490.1667821977042180.1316240833134049X-RAY DIFFRACTION95.2455357143
1.5749-1.61150.1439320194051860.1309339085614126X-RAY DIFFRACTION95.2086553323
1.6115-1.65180.1384597842592060.1218843938044007X-RAY DIFFRACTION93.9144003567
1.6518-1.69650.1464848820032300.1223281636724079X-RAY DIFFRACTION95.840747331
1.6965-1.74640.1515483751362210.1267456098474122X-RAY DIFFRACTION96.3398402839
1.7464-1.80270.1490129093192350.1274880196064101X-RAY DIFFRACTION96.4627363737
1.8027-1.86710.1593963698922530.1350906527694129X-RAY DIFFRACTION96.6902030009
1.8671-1.94190.1739951723162190.1374189396684140X-RAY DIFFRACTION96.9097376612
1.9419-2.03030.1598836221152060.1427354167794205X-RAY DIFFRACTION96.9876868953
2.0303-2.13730.1707903499282350.142394900664170X-RAY DIFFRACTION97.2620887613
2.1373-2.27110.1718879118292190.1426531514124143X-RAY DIFFRACTION96.164021164
2.2711-2.44640.1699274601292110.1534564960984248X-RAY DIFFRACTION97.7207977208
2.4464-2.69240.1805833576872150.1588495110194285X-RAY DIFFRACTION98.3606557377
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3.0817-3.88120.1805929880512230.1503448384914334X-RAY DIFFRACTION98.2112068966
3.8812-29.50240.1619760120672010.1578373126934494X-RAY DIFFRACTION97.1446306642

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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