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- PDB-6g5n: Crystal structure of human SP100 in complex with bromodomain-focu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g5n
タイトルCrystal structure of human SP100 in complex with bromodomain-focused fragment XS039818e 1-(3-Phenyl-1,2,4-oxadiazol-5-yl)methanamine
要素Nuclear autoantigen Sp-100
キーワードTRANSCRIPTION / FRAGMENT SCREENING / EPIGENETICS / BROMODOMAIN / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / XCHEM / DIAMOND I04-1 / PANDDA / XCHEMEXPLORER
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Fas signaling pathway / maintenance of protein location / chromo shadow domain binding / negative regulation of viral transcription / response to type I interferon / negative regulation of protein export from nucleus / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of endothelial cell migration / type I interferon-mediated signaling pathway / response to type II interferon ...regulation of Fas signaling pathway / maintenance of protein location / chromo shadow domain binding / negative regulation of viral transcription / response to type I interferon / negative regulation of protein export from nucleus / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of endothelial cell migration / type I interferon-mediated signaling pathway / response to type II interferon / regulation of angiogenesis / response to retinoic acid / type II interferon-mediated signaling pathway / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / retinoic acid receptor signaling pathway / response to cytokine / telomere maintenance / nuclear periphery / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / PML body / kinase binding / Interferon gamma signaling / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromosome, telomeric region / protein dimerization activity / nuclear body / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HSR domain / Nuclear body protein Sp110/Sp140/Sp140L / HSR domain / HSR domain profile. / SAND domain / SAND domain / SAND domain profile. / SAND domain / SAND-like domain superfamily / HMG-box domain ...HSR domain / Nuclear body protein Sp110/Sp140/Sp140L / HSR domain / HSR domain profile. / SAND domain / SAND domain / SAND domain profile. / SAND domain / SAND-like domain superfamily / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(3-phenyl-1,2,4-oxadiazol-5-yl)methanamine / Nuclear autoantigen Sp-100
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.765 Å
データ登録者Talon, R.P.H. / Krojer, T. / Tallant, C. / Nunez-Alonso, G. / Fairhead, M. / Szykowska, A. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Ng, J. / MacLean, E. ...Talon, R.P.H. / Krojer, T. / Tallant, C. / Nunez-Alonso, G. / Fairhead, M. / Szykowska, A. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Ng, J. / MacLean, E. / Wright, N. / Douangamath, A. / Brandao-Neto, J. / Burgess-Brown, N. / Huber, K. / Knapp, S. / Brennan, P.E. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
英国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2018
タイトル: Identifying small molecule binding sites for epigenetic proteins at domain-domain interfaces
著者: Talon, R.P.H. / Bowkett, D. / Tallant, C. / Schofield, C. / von Delft, F. / Knapp, S. / Bruton, G. / Brennan, P.E.
履歴
登録2018年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_id_ISSN ..._chem_comp.name / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear autoantigen Sp-100
B: Nuclear autoantigen Sp-100
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,91313
ポリマ－42,9972
非ポリマー91611
水7,782432
1
A: Nuclear autoantigen Sp-100
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1247
ポリマ－21,4991
非ポリマー6256
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nuclear autoantigen Sp-100
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7896
ポリマ－21,4991
非ポリマー2905
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.879, 45.426, 83.477
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nuclear autoantigen Sp-100 / Nuclear dot-associated Sp100 protein / Speckled 100 kDa


分子量: 21498.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Bromodomain and PhD domain construct / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SP100 / Variant: SP100C / プラスミド: PSUMO-LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: P23497

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非ポリマー , 6種, 443分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ENK / (3-phenyl-1,2,4-oxadiazol-5-yl)methanamine


分子量: 175.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.38 % / 解説: Prism
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 17-26% PEG20K, 0.1M MES pH 6.1, 2-4% ethylene glycol, 4 days
Temp details: Rigaku Minstrel imagers

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryo stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→28.49 Å / Num. obs: 45288 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.76→1.81 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3260 / CC1/2: 0.642 / Rpim(I) all: 0.61 / Rrim(I) all: 0.906 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1682精密化
XDSデータ削減
Aimless0.3.6データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Internal

解像度: 1.765→28.49 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.69
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2203 2220 4.9 %Random selection
Rwork0.1749 ---
obs0.177 45283 97.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.765→28.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2856 0 46 432 3334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063077
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8044162
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9421223
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004547
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7648-1.80310.29911520.29132569X-RAY DIFFRACTION95
1.8031-1.84510.31331380.25682685X-RAY DIFFRACTION98
1.8451-1.89120.27071440.24372721X-RAY DIFFRACTION98
1.8912-1.94230.26881400.27452658X-RAY DIFFRACTION97
1.9423-1.99950.27041190.22032658X-RAY DIFFRACTION96
1.9995-2.0640.261390.22032663X-RAY DIFFRACTION96
2.064-2.13780.23171340.2042626X-RAY DIFFRACTION97
2.1378-2.22330.20991420.18672638X-RAY DIFFRACTION97
2.2233-2.32450.25371270.20112625X-RAY DIFFRACTION95
2.3245-2.44690.23421680.17682680X-RAY DIFFRACTION99
2.4469-2.60020.25241380.17312752X-RAY DIFFRACTION100
2.6002-2.80080.2061410.17362760X-RAY DIFFRACTION100
2.8008-3.08230.21031550.17222752X-RAY DIFFRACTION100
3.0823-3.52760.22271380.16372746X-RAY DIFFRACTION98
3.5276-4.44170.18681170.13562682X-RAY DIFFRACTION95
4.4417-28.49760.18051280.15252848X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1933-0.0501-0.13930.1171-0.1990.25130.26490.5543-0.1949-0.3347-0.17820.21240.23460.0420.00220.34390.1013-0.07010.3691-0.05150.237223.1599-1.21332.1688
21.3716-0.2265-0.17620.8417-0.33471.09810.0753-0.02810.05530.0846-0.02210.00270.0099-0.0219-00.18690.0197-0.00950.15680.01160.191827.41665.770821.8756
30.2915-0.2093-0.06020.17990.00240.0467-0.0756-0.93690.47120.4297-0.1908-0.0695-0.1753-0.145-0.03070.33080.07340.01330.5963-0.11460.3124-11.504830.250534.0963
40.1822-0.04990.16230.136-0.01490.2138-0.0419-0.61640.3760.0802-0.0575-0.1812-0.06890.02450.00070.21930.0312-0.01210.3859-0.07490.30781.005729.636532.7717
50.3168-0.34840.2030.49-0.01380.38530.10190.22850.2897-0.2128-0.1151-0.2225-0.09790.0079-00.22630.05960.06950.25160.03940.28033.167326.08316.9238
60.25460.1193-0.00360.12770.03550.00750.17140.1366-0.2321-0.40610.20070.17830.3-0.27280.0950.4918-0.1495-0.12950.4198-0.03310.2538-14.10558.231113.3542
70.4390.19270.02720.3780.16660.20870.33440.0955-0.3497-0.0909-0.1999-0.03150.31550.05640.0790.23830.0962-0.01040.23960.00640.27590.674113.244517.6142
80.03010.0088-0.02050.1659-0.05230.09330.15740.32850.0113-0.2392-0.1249-0.02590.087-0.0316-0.00060.30350.12670.00050.3511-0.03620.1985-7.436117.30198.1474
90.0290.04670.05780.1581-0.0241-0.0209-0.06990.44380.4845-0.2057-0.03410.0153-0.1891-0.0954-0.01050.30110.10980.02710.34440.09880.2711-6.221528.440710.2661
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 701 through 753 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 754 through 878 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 700 through 713 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 714 through 752 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 753 through 795 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 796 through 808 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 809 through 829 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 830 through 851 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 852 through 875 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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