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- PDB-6fr1: Crystal structure of ERK2 in complex with an adenosine derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fr1
タイトルCrystal structure of ERK2 in complex with an adenosine derivative
要素Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / IFNG signaling activates MAPKs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Growth hormone receptor signaling / Spry regulation of FGF signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Oxidative Stress Induced Senescence / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oncogene Induced Senescence / Signaling by Activin / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Signal attenuation / NCAM signaling for neurite out-growth / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Regulation of the apoptosome activity / Signal transduction by L1 / Negative regulation of FGFR2 signaling / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Negative regulation of MAPK pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interferon gamma signaling / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / MAP2K and MAPK activation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / Recycling pathway of L1 / neural crest cell development / response to alcohol / cellular response to toxic substance / cellular response to methionine / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor / positive regulation of macrophage proliferation / outer ear morphogenesis / RAF/MAP kinase cascade / regulation of cellular pH / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / regulation of Golgi inheritance / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / Neutrophil degranulation / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of macrophage chemotaxis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / lung morphogenesis / response to exogenous dsRNA / regulation of cytoskeleton organization / face development / androgen receptor signaling pathway / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / pseudopodium / response to testosterone / positive regulation of telomere capping / Bergmann glial cell differentiation / thyroid gland development / negative regulation of cell differentiation / decidualization / steroid hormone receptor signaling pathway / MAP kinase activity / regulation of ossification / estrous cycle / mitogen-activated protein kinase / phosphatase binding / progesterone receptor signaling pathway / Schwann cell development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / cellular response to cAMP / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / cellular response to epidermal growth factor stimulus / sensory perception of pain / phosphotyrosine residue binding / cellular response to cadmium ion / myelination / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to amino acid starvation
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E3K / Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.561 Å
データ登録者Gelin, M. / Labesse, G.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
FRISBIANR-10-INSB-05 フランス
引用ジャーナル: To be published
タイトル: None
著者: Gelin, M. / Pochet, S. / Labesse, G.
履歴
登録2018年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2619
ポリマ－42,2361
非ポリマー1,0258
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.503, 69.471, 59.377
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.410, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK ...MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAPK 2


分子量: 42235.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Mapk1, Erk2, Mapk, Prkm1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63086, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-E3K / azanylidene-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-azanyl-8-[2-oxidanylidene-2-(2-sulfanylethylamino)ethyl]sulfanyl-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylimino]azanium


分子量: 442.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N9O4S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.27 % / Mosaicity: 0.25 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG MME 2000, 0.1M MES pH 6.5, 0.1M ammonium sulfate, 0.02M beta-mercaptoethanol, 0.002M magnesium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→46.05 Å / Num. obs: 48515 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 20.57 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 123968 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.56-1.621.80.41431480.6990.3550.54961
6.05-46.052.70.038920.9970.0220.03793.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA0.5.15データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.561→46.02 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1994 2480 5.11 %
Rwork0.1513 46012 -
obs0.1539 48492 91.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.74 Å2 / Biso mean: 29.6554 Å2 / Biso min: 13.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.561→46.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2786 0 64 317 3167
Biso mean--50.42 40.8 -
残基数----342
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5614-1.59140.2692760.23481435151152
1.5914-1.62390.30431140.21052011212572
1.6239-1.65920.25351010.20052288238981
1.6592-1.69780.24391460.1842475262189
1.6978-1.74030.22381410.16412631277295
1.7403-1.78730.22871380.14852723286198
1.7873-1.83990.19591600.14272724288498
1.8399-1.89930.21961400.132710285097
1.8993-1.96720.17061440.12752693283796
1.9672-2.0460.20661690.12762670283996
2.046-2.13910.1941340.12822722285697
2.1391-2.25190.17561370.1312722285997
2.2519-2.39290.18931380.13782702284096
2.3929-2.57770.18941410.14222719286097
2.5777-2.83710.19141480.15922724287297
2.8371-3.24750.19771370.16172679281695
3.2475-4.09110.19221740.14372659283396
4.0911-46.04010.20341420.16632725286794

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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