[日本語] English
万見
- PDB-6fer: Crystal Structure of human DDR2 kinase in complex with 2-[4,5-dif... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fer
タイトルCrystal Structure of human DDR2 kinase in complex with 2-[4,5-difluoro-2-oxo-1'-(1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carbonyl)spiro[indole-3,4'-piperidine]-1-yl]-N-(2,2,2-trifluoroethyl)acetamide
要素Discoidin domain-containing receptor 2
キーワードTRANSFERASE / RTK / RECEPTOR TYROSINE KINASE / COLLAGEN / DISCOIDIN DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hepatic stellate cell proliferation / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / biomineral tissue development / positive regulation of extracellular matrix disassembly / chondrocyte proliferation / positive regulation of hepatic stellate cell activation / endochondral bone growth / regulation of extracellular matrix disassembly / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway ...positive regulation of hepatic stellate cell proliferation / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / biomineral tissue development / positive regulation of extracellular matrix disassembly / chondrocyte proliferation / positive regulation of hepatic stellate cell activation / endochondral bone growth / regulation of extracellular matrix disassembly / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / regulation of bone mineralization / cellular response to angiotensin / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / collagen fibril organization / regulation of tissue remodeling / positive regulation of wound healing / Non-integrin membrane-ECM interactions / positive regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of protein kinase activity / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / collagen binding / response to muscle stretch / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / ossification / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of neuron projection development / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of fibroblast proliferation / actin cytoskeleton / cellular response to hypoxia / protein autophosphorylation / receptor complex / cell adhesion / apical plasma membrane / focal adhesion / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. ...: / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Galactose-binding-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D6Q / Discoidin domain-containing receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Stihle, M. / Richter, H. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: DNA-Encoded Library-Derived DDR1 Inhibitor Prevents Fibrosis and Renal Function Loss in a Genetic Mouse Model of Alport Syndrome.
著者: Richter, H. / Satz, A.L. / Bedoucha, M. / Buettelmann, B. / Petersen, A.C. / Harmeier, A. / Hermosilla, R. / Hochstrasser, R. / Burger, D. / Gsell, B. / Gasser, R. / Huber, S. / Hug, M.N. / ...著者: Richter, H. / Satz, A.L. / Bedoucha, M. / Buettelmann, B. / Petersen, A.C. / Harmeier, A. / Hermosilla, R. / Hochstrasser, R. / Burger, D. / Gsell, B. / Gasser, R. / Huber, S. / Hug, M.N. / Kocer, B. / Kuhn, B. / Ritter, M. / Rudolph, M.G. / Weibel, F. / Molina-David, J. / Kim, J.J. / Santos, J.V. / Stihle, M. / Georges, G.J. / Bonfil, R.D. / Fridman, R. / Uhles, S. / Moll, S. / Faul, C. / Fornoni, A. / Prunotto, M.
履歴
登録2018年1月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Discoidin domain-containing receptor 2
B: Discoidin domain-containing receptor 2
C: Discoidin domain-containing receptor 2
D: Discoidin domain-containing receptor 2
E: Discoidin domain-containing receptor 2
F: Discoidin domain-containing receptor 2
G: Discoidin domain-containing receptor 2
H: Discoidin domain-containing receptor 2
I: Discoidin domain-containing receptor 2
J: Discoidin domain-containing receptor 2
K: Discoidin domain-containing receptor 2
L: Discoidin domain-containing receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)435,19424
ポリマ－428,92512
非ポリマー6,26912
水00
1
A: Discoidin domain-containing receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2662
ポリマ－35,7441
非ポリマー5221
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Discoidin domain-containing receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2662
ポリマ－35,7441
非ポリマー5221
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Discoidin domain-containing receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2662
ポリマ－35,7441
非ポリマー5221
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Discoidin domain-containing receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2662
ポリマ－35,7441
非ポリマー5221
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Discoidin domain-containing receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2662
ポリマ－35,7441
非ポリマー5221
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Discoidin domain-containing receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2662
ポリマ－35,7441
非ポリマー5221
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Discoidin domain-containing receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2662
ポリマ－35,7441
非ポリマー5221
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Discoidin domain-containing receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2662
ポリマ－35,7441
非ポリマー5221
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Discoidin domain-containing receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2662
ポリマ－35,7441
非ポリマー5221
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Discoidin domain-containing receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2662
ポリマ－35,7441
非ポリマー5221
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Discoidin domain-containing receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2662
ポリマ－35,7441
非ポリマー5221
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Discoidin domain-containing receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2662
ポリマ－35,7441
非ポリマー5221
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.910, 155.790, 355.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Discoidin domain-containing receptor 2 / Discoidin domain receptor 2 / CD167 antigen-like family member B / Discoidin domain-containing ...Discoidin domain receptor 2 / CD167 antigen-like family member B / Discoidin domain-containing receptor tyrosine kinase 2 / Neurotrophic tyrosine kinase / receptor-related 3 / Receptor protein-tyrosine kinase TKT / Tyrosine-protein kinase TYRO10


分子量: 35743.742 Da / 分子数: 12 / 断片: tyrosine kinase domain, residues 593-913 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDR2, NTRKR3, TKT, TYRO10 / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16832, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-D6Q / 2-[4,5-bis(fluoranyl)-2-oxidanylidene-1'-(1~{H}-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-ylcarbonyl)spiro[indole-3,4'-piperidine]-1-yl]-~{N}-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]ethanamide


分子量: 522.427 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H19F5N6O3

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12.6 mg/mL protein in 20mM Tris/HCl pH7.5, 0.2M NaCl, 2mM TCEP, 0.02% NaN3, 50microM target ligand mixed 1:1 in 200 nL with 1M Na citrate ; 0.1M HEPES/NaOH pH7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→177.99 Å / Num. obs: 91417 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.71 % / Biso Wilson estimate: 58.1 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.317 / Rrim(I) all: 0.344 / Χ2: 0.884 / Net I/σ(I): 6.38
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.87-2.942.4860.6943778671066930.2942.799.7
2.94-3.032.1140.8744827646564540.3682.28399.8
3.03-3.111.661.1244170637863750.491.794100
3.11-3.211.1941.5842178614861350.6631.29199.8
3.21-3.310.9871.940163592859190.7221.06899.8
3.31-3.430.7572.4437510579957910.8240.82499.9
3.43-3.560.5693.336973563056230.8880.61899.9
3.56-3.710.4913.9636214537153690.9060.532100
3.71-3.870.4054.8135843513951390.940.438100
3.87-4.060.3096.1634078495149500.9630.334100
4.06-4.280.2288.1331950471647150.9780.247100
4.28-4.540.1998.8828641448244780.9810.21799.9
4.54-4.850.1869.727781422342190.9830.20299.9
4.85-5.240.17610.2927506395039470.9860.1999.9
5.24-5.740.1889.6125026364636460.9850.203100
5.74-6.420.16310.5921912333633360.9890.177100
6.42-7.410.12812.9718384294729450.990.13999.9
7.41-9.080.06623.1617157252725260.9980.071100
9.08-12.840.03833.8812283199819930.9990.04299.7
12.84-177.990.03535.476986120711640.9990.03896.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11_2558精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.87→47.963 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.68
詳細: Ligand not well defined in some chains. In others, trifluoroethyl group seems to have alternative conformation, but was not modeled.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2868 4484 4.92 %random
Rwork0.2 ---
obs0.2043 91225 99.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 231.92 Å2 / Biso mean: 64.0363 Å2 / Biso min: 9.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.87→47.963 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26625 0 444 0 27069
Biso mean--50.52 --
残基数----3275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00827691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07937495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0534050
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075036
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.49716776
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.87-2.90260.47551370.41732861299899
2.9026-2.93680.37621520.344628442996100
2.9368-2.97260.41241400.33772858299899
2.9726-3.01020.41841500.31922796294699
3.0102-3.04980.40381460.324528793025100
3.0498-3.09160.4291570.329528392996100
3.0916-3.13570.36371340.295628382972100
3.1357-3.18250.4171540.280728733027100
3.1825-3.23230.371570.272528873044100
3.2323-3.28520.34791400.272627962936100
3.2852-3.34190.33981610.259428783039100
3.3419-3.40260.35541390.253228883027100
3.4026-3.46810.29551610.238328212982100
3.4681-3.53880.32451540.229228913045100
3.5388-3.61570.32781580.214228142972100
3.6157-3.69980.29251510.202929103061100
3.6998-3.79230.27761450.198628703015100
3.7923-3.89480.29161470.178529033050100
3.8948-4.00940.26241500.174728432993100
4.0094-4.13870.24381650.162929113076100
4.1387-4.28650.23141370.155728793016100
4.2865-4.4580.25441630.151829073070100
4.458-4.66080.25391410.146528953036100
4.6608-4.90630.20211580.144329003058100
4.9063-5.21330.24991570.146828993056100
5.2133-5.61530.24041290.151329603089100
5.6153-6.17930.21661330.156329773110100
6.1793-7.0710.24941580.164429753133100
7.071-8.89950.23571470.164430153162100
8.8995-47.96930.27421630.19013134329799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8223-1.84921.06246.5745-0.81684.8758-0.16040.1158-0.2578-0.28620.06630.6599-0.1333-0.36920.11450.3531-0.00920.04070.3295-0.07170.49951.5759-14.84545.8849
22.20170.06950.1041.1846-2.04994.64860.4102-0.4569-0.6297-0.04260.19310.71150.2898-0.4681-0.42180.4623-0.11640.01310.45610.14841.085357.6992-29.811766.8276
32.6393-1.14032.46026.22920.71156.7697-0.1239-0.156-0.4860.42530.4877-0.76230.12431.1963-0.25650.3820.0490.04650.6880.01150.745523.3575-27.345970.097
42.86880.29590.08071.0829-0.69771.30670.0193-0.0335-0.0729-0.09610.14740.03180.06070.095-0.18560.37860.01260.08390.323-0.09110.476317.6146-18.548545.6066
51.4471-2.2566-0.28034.1926-0.44942.6428-0.46680.1339-0.2951-0.19970.12420.1016-0.1732-0.51320.41350.4605-0.113-0.02510.7634-0.01010.45946.668190.146783.2506
61.1175-1.31410.67394.70440.66911.34010.10210.36-0.0344-0.37670.00250.21630.0976-0.1622-0.13810.3963-0.04480.00170.7491-0.06530.299854.112475.648679.3033
72.8743-0.0658-1.73622.3982-1.59042.6988-0.14360.1271-0.2896-0.12470.1126-0.22810.38540.03060.04590.4684-0.05820.03460.5739-0.21680.490257.774958.022483.2264
84.934-0.7229-1.81148.39420.07536.27740.0510.03220.634-0.05060.1401-0.9091-0.16691.0803-0.20490.348-0.1028-0.030.7128-0.06650.415643.3585107.56311.7345
92.03340.49650.07470.0111-0.20642.30390.1807-0.0698-0.2706-0.05180.0523-0.20320.1380.2558-0.21920.3478-0.0151-0.03880.3203-0.08640.513234.5558101.408434.4439
103.77690.97722.78185.1993-0.06665.2366-0.21970.126-0.3668-0.27750.30040.40280.0079-0.3559-0.08290.29490.04140.02680.32070.06750.415968.747152.001830.3102
112.4519-0.340.6554.43581.81141.7706-0.1538-0.1982-0.06550.42790.10360.23830.1488-0.06290.04590.36530.00810.05470.2970.05690.232976.610268.692649.2731
124.3808-0.69340.31967.98490.3637.669-0.0507-0.10860.1465-0.03680.21961.1968-0.2212-0.6397-0.22050.30010.0901-0.04690.56530.0040.700365.7706-53.645741.6089
133.1362-0.1506-0.7746.9185-1.32974.56310.19680.04050.50320.27320.24120.6101-0.3682-0.9449-0.14680.32250.12670.0840.40580.01680.688765.5558-52.731141.6462
147.55782.289-1.83797.8085-2.10417.9053-0.36950.5462-0.7741-0.96110.24180.19971.0091-0.66090.0460.4927-0.0790.01410.3454-0.04990.368969.3244-67.062133.4086
152.4175-0.63010.21343.6892-1.14324.05450.0984-0.85460.24260.36950.28810.7719-0.37820.0986-0.03640.29050.0268-0.03940.3524-0.02050.443374.3222-58.525637.9877
162.74260.9413-1.34373.8568-3.55787.26180.48290.11380.6660.2547-0.53550.5229-1.91570.3355-0.32260.67260.21090.07390.35150.00380.854971.2662-41.511127.8747
173.5114-0.07241.19252.79720.80963.736-0.0096-0.26230.25970.1166-0.20390.36320.0578-0.1840.03730.34380.0580.05290.26530.0140.508672.9258-51.476620.7206
183.0251.18841.88030.84941.36543.8045-0.02220.2664-0.3796-0.37630.2207-0.2086-0.1555-0.2109-0.04170.28990.04720.01620.3465-0.01790.45373.8335-54.630910.4774
194.17580.84981.87371.74310.66834.28060.08430.03330.4471-0.1305-0.0740.7586-0.429-0.33380.24790.36410.16220.01920.46910.14410.55766.6521-49.07174.0482
203.86320.12812.31332.02780.00894.7143-0.28060.88470.164-0.02590.1069-0.3545-0.13560.2441-0.01040.3386-0.00770.05040.49230.03540.559182.2528-48.84676.3759
214.24531.9998-0.39193.9298-0.86994.33710.08610.08140.06670.09230.0611-0.5279-0.16210.4007-0.1580.38490.03930.00980.3284-0.09580.40376.011119.8291-0.5286
221.9594-0.1247-0.50093.6938-0.24090.8787-0.0831-0.0708-0.05350.16850.1245-0.10080.070.178-0.03660.3364-0.0124-0.0210.4723-0.05150.239468.0757-3.32149.6962
234.19510.0153-1.69496.2068-0.32923.2381-0.0679-0.01420.0491-0.00640.1890.554-0.3368-0.5086-0.10980.40840.0836-0.00730.39590.03550.436850.803826.696667.4619
242.7153-0.0865-0.07493.26251.45511.9217-0.08120.01810.096-0.08760.1350.1761-0.1195-0.1082-0.05830.30560.00760.01840.30250.09340.249658.806716.521144.5949
253.13511.00452.92722.70862.04323.29030.0312-0.21560.70610.7393-0.2458-2.96150.31160.51370.20950.71130.0365-0.35780.77890.00291.800242.053970.930644.9548
263.82-0.2222-0.48771.66290.6623.3229-0.0709-0.1862-0.29430.09870.1026-0.28760.22120.1174-0.05880.34280.0399-0.01980.24690.06410.392334.617649.958930.4405
273.23880.8875-0.81175.56280.50253.9642-0.16620.2954-0.91-0.0517-0.3581.1840.248-0.77250.12790.4052-0.07730.0170.7517-0.10880.785731.7067-3.71435.1678
281.5203-0.27080.76992.4465-0.74941.2834-0.01-0.27080.10670.1327-0.0930.2198-0.0377-0.23130.09840.36030.03620.06620.4521-0.0830.349939.053721.60640.713
297.4979-2.0084-2.40575.87673.16422.53260.33670.35940.74421.3187-0.41141.51750.61450.43440.18080.982-0.48190.32792.0296-0.05561.219745.4115-14.357496.9193
303.0381-0.42232.68215.00391.36893.2949-0.86380.2132-1.34890.0471-0.82061.13440.674-1.8088-0.26120.4854-0.07990.16031.6655-0.09560.771150.9363-11.525188.6766
313.0624-0.09360.17243.4153-0.88271.8351-0.035-0.3142-0.04470.15290.0970.1449-0.2683-0.3035-0.00620.43050.03190.07740.6413-0.01670.237656.260112.444695.3567
323.14690.6252-2.86355.6470.7345.5294-0.24330.359-0.3692-0.92940.234-2.25550.20910.73680.06720.6069-0.07260.21960.72-0.09050.994324.476613.385648.0594
334.3834-0.12441.48142.4892-0.79224.1403-0.3247-0.01060.29140.0959-0.0407-0.4162-0.51750.25950.32020.3611-0.0639-0.04580.32510.0160.380716.864329.510667.9248
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 600 through 697 )A600 - 697
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 698 through 898 )A698 - 898
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 600 through 697 )B600 - 697
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 698 through 898 )B698 - 898
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 600 through 678 )C600 - 678
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 679 through 797 )C679 - 797
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 798 through 898 )C798 - 898
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 600 through 662 )D600 - 662
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 663 through 898 )D663 - 898
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 600 through 697 )E600 - 697
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 698 through 898 )E698 - 898
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 600 through 629 )F600 - 629
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 630 through 662 )F630 - 662
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 663 through 678 )F663 - 678
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 679 through 697 )F679 - 697
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 698 through 730 )F698 - 730
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 731 through 797 )F731 - 797
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 798 through 828 )F798 - 828
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 829 through 853 )F829 - 853
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 854 through 898 )F854 - 898
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 600 through 697 )G600 - 697
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resid 698 through 898 )G698 - 898
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 600 through 697 )H600 - 697
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resid 698 through 898 )H698 - 898
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'I' and (resid 602 through 702 )I602 - 702
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'I' and (resid 703 through 898 )I703 - 898
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'J' and (resid 600 through 702 )J600 - 702
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'J' and (resid 703 through 898 )J703 - 898
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'K' and (resid 602 through 628 )K602 - 628
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'K' and (resid 629 through 697 )K629 - 697
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'K' and (resid 698 through 898 )K698 - 898
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'L' and (resid 601 through 702 )L601 - 702
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'L' and (resid 703 through 898 )L703 - 898

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る