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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f75 | ||||||
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タイトル | Carboxypeptidase T mutant L254N with Sulphamoil Leucine | ||||||
要素 | Carboxypeptidase T | ||||||
キーワード | HYDROLASE / PEPTIDASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carboxypeptidase T / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.89 Å | ||||||
データ登録者 | Timofeev, V.I. / Akparov, V.K. / Kuranova, I.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Carboxypeptidase T mutant L254N with Sulphamoil Leucine 著者: Timofeev, V.I. / Akparov, V.K. / Kuranova, I.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6f75.cif.gz | 151.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6f75.ent.gz | 125.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6f75.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6f75_validation.pdf.gz | 454.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6f75_full_validation.pdf.gz | 454.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6f75_validation.xml.gz | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6f75_validation.cif.gz | 25.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/6f75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/6f75 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 36642.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) 遺伝子: cpt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29068, carboxypeptidase T |
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-非ポリマー , 5種, 336分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-LU0 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 296 K / 手法: liquid diffusion / 詳細: 1,4 SA |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.8 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→29.12 Å / Num. obs: 59832 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 9.4 % / Net I/σ(I): 4.2538 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.939 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.89→29.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.584 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.438 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.89→29.12 Å
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拘束条件 |
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