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- PDB-6evr: Crystal structure of human carbonic anhydrase I in complex with t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6evr
タイトルCrystal structure of human carbonic anhydrase I in complex with the 4-(4 acetyl-3-benzylpiperazine-1 carbonyl)benzene-1-sulfonamide inhibitor
要素Carbonic anhydrase 1
キーワードLYASE / INHIBITOR / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


hydro-lyase activity / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...hydro-lyase activity / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / extracellular exosome / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-BZW / Carbonic anhydrase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ferraroni, M. / Supuran, C.T. / Chiapponi, D. / Chiaramonte, N.
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2018
タイトル: 2-Benzylpiperazine: A new scaffold for potent human carbonic anhydrase inhibitors. Synthesis, enzyme inhibition, enantioselectivity, computational and crystallographic studies and in ...タイトル: 2-Benzylpiperazine: A new scaffold for potent human carbonic anhydrase inhibitors. Synthesis, enzyme inhibition, enantioselectivity, computational and crystallographic studies and in vivo activity for a new class of intraocular pressure lowering agents.
著者: Chiaramonte, N. / Bua, S. / Ferraroni, M. / Nocentini, A. / Bonardi, A. / Bartolucci, G. / Durante, M. / Lucarini, L. / Chiapponi, D. / Dei, S. / Manetti, D. / Teodori, E. / Gratteri, P. / ...著者: Chiaramonte, N. / Bua, S. / Ferraroni, M. / Nocentini, A. / Bonardi, A. / Bartolucci, G. / Durante, M. / Lucarini, L. / Chiapponi, D. / Dei, S. / Manetti, D. / Teodori, E. / Gratteri, P. / Masini, E. / Supuran, C.T. / Romanelli, M.N.
履歴
登録2017年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 1
B: Carbonic anhydrase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9899
ポリマ－57,8122
非ポリマー1,1777
水8,161453
1
A: Carbonic anhydrase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5245
ポリマ－28,9061
非ポリマー6184
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carbonic anhydrase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4654
ポリマ－28,9061
非ポリマー5593
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.119, 71.064, 122.122
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 1 / Carbonate dehydratase I / Carbonic anhydrase B / CAB / Carbonic anhydrase I / CA-I


分子量: 28906.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00915, carbonic anhydrase

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非ポリマー , 5種, 460分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-BZW / 4-[(3~{S})-4-ethanoyl-3-(phenylmethyl)piperazin-1-yl]carbonylbenzenesulfonamide


分子量: 401.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N3O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 28% PEG4000, 0.2 M Sodium acetate, Tris 100 mM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→19.88 Å / Num. obs: 87056 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.414 % / Biso Wilson estimate: 28.397 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.124 / Net I/σ(I): 13.93 / Num. measured all: 384284
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.594.4230.6542.04137000.8130.74698
1.59-1.74.2380.3923.25130330.9190.4599.4
1.7-1.834.5660.2215.77122800.9770.25199.9
1.83-2.014.6070.11910.23113270.9930.135100
2.01-2.244.4150.07515.3102480.9960.08499.8
2.24-2.594.2950.0521.8790400.9980.05699.2
2.59-3.164.5690.03730.0377610.9990.04299.9
3.16-4.454.1380.03136.5861070.9990.03599.6
4.45-19.884.3260.03140.5935590.9990.03598.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1JV0

1jv0


解像度: 1.5→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.343 / SU ML: 0.078 / SU R Cruickshank DPI: 0.0751 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.08 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2227 4378 5 %RANDOM
Rwork0.1843 ---
obs0.1862 82483 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.91 Å2 / Biso mean: 27.172 Å2 / Biso min: 12.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4009 0 74 453 4536
Biso mean--29.35 38.66 -
残基数----514
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0194235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1511.9255775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9565528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.00824.817191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.53315659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8081514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1690.2616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0213306
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 294 -
Rwork0.397 6034 -
all-6328 -
obs--99.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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