[日本語] English
万見
- PDB-6e99: Crystal structure of Protein Kinase A in complex with the PKI pep... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+99
タイトルCrystal structure of Protein Kinase A in complex with the PKI peptide and an amino-pyridinylbenzamide based inhibitor.
要素
  • PKI peptide
  • cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / Protein Kinase A / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production ...CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / RET signaling / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / VEGFA-VEGFR2 Pathway / PKA activation / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cAMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / negative regulation of protein import into nucleus / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Mitochondrial protein degradation / protein kinase A regulatory subunit binding / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein kinase A catalytic subunit binding / mesoderm formation / sperm flagellum / negative regulation of TORC1 signaling / protein kinase A signaling / acrosomal vesicle / neuromuscular junction / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to heat / protein kinase activity / protein domain specific binding / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J0G / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Judge, R.A. / Hobson, A.D.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Identification of Selective Dual ROCK1 and ROCK2 Inhibitors Using Structure Based Drug Design.
著者: Hobson, A.D. / Judge, R.A. / Aguirre, A.L. / Brown, B.S. / Cui, Y. / Ding, P. / Dominguez, E. / DiGiammarino, E. / Egan, D.A. / Freiberg, G.M. / Gopalakrishnan, S.M. / Harris, C.M. / Honore, ...著者: Hobson, A.D. / Judge, R.A. / Aguirre, A.L. / Brown, B.S. / Cui, Y. / Ding, P. / Dominguez, E. / DiGiammarino, E. / Egan, D.A. / Freiberg, G.M. / Gopalakrishnan, S.M. / Harris, C.M. / Honore, M.P. / Kage, K.L. / Kapecki, N.J. / Ling, C. / Ma, J. / Mack, H. / Mamo, M. / Maurus, S. / McRae, B. / Moore, N.S. / Mueller, B.K. / Mueller, R. / Namovic, M.T. / Patel, K. / Pratt, S.D. / Putman, C.B. / Queeney, K.L. / Sarris, K.K. / Schaffter, L.M. / Stoll, V.S. / Vasudevan, A. / Wang, L. / Wang, L. / Wirthl, W. / Yach, K.
履歴
登録2018年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
B: PKI peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2013
ポリマ－42,8112
非ポリマー3901
水8,179454
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Made complex prior to crystallization. Electron density maps showed clear presence of the peptide
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area16980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.665, 80.632, 103.865
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha


分子量: 40837.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PRKACA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00517, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド PKI peptide / PKI-alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform


分子量: 1973.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61925
#3: 化合物 ChemComp-J0G / 2-[(2-aminoethyl)amino]-N-[(1R)-1-(3-methoxyphenyl)ethyl]-4-(pyridin-4-yl)benzamide


分子量: 390.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 5 to 27% methanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→63.69 Å / Num. obs: 40178 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 32.18 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 1.88→1.98 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Num. unique obs: 4918 / CC1/2: 0.902 / Rpim(I) all: 0.225 / Rrim(I) all: 0.408 / % possible all: 82.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
Aimless0.6.3データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→27.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Blow DPI: 0.134 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.127
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1992 4.97 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.208 40109 96.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 109.52 Å2 / Biso mean: 34.52 Å2 / Biso min: 14.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.5536 Å20 Å20 Å2
2--5.1397 Å20 Å2
3---5.4139 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→27.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2892 0 29 454 3375
Biso mean--29.39 45.71 -
残基数----351
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1049SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes517HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3023HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion370SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3315SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3023HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4098HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.61
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.62
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.9 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3715 42 5.23 %
Rwork0.3174 761 -
all0.3201 803 -
obs--75.61 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る