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Yorodumi- PDB-6e0w: Crystal structure of the colanidase tailspike protein gp150 of Ph... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6e0w | |||||||||
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Title | Crystal structure of the colanidase tailspike protein gp150 of Phage Phi92 complexed with one repeating unit of colanic acid | |||||||||
Components | Bacteriophage Phi92 gp150 | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Colanidase / tailspike protein / bacteriophage phi92 / colanic acid | |||||||||
Function / homology | Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Chem-HLA / Phi92_gp150 Function and homology information | |||||||||
Biological species | Enterobacteria phage phi92 (virus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.803 Å | |||||||||
Authors | Plattner, M. / Browning, C. / Gerardy-Schahn, R. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G. / Schwarzer, D. | |||||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of the colanidase tailspike protein gp150 of Phage Phi92 complexed with one repeating unit of colanic acid Authors: Browning, C. / Plattner, M. / Shneider, M.M. / Gerardy-Schahn, R. / Leiman, P.G. / Schwarzer, D. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6e0w.cif.gz | 503.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6e0w.ent.gz | 409.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6e0w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/6e0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/6e0w | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6e0vC 4rmx C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein / Sugars , 2 types, 4 molecules AB
#1: Protein | Mass: 67382.773 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacteria phage phi92 (virus) / Gene: PHI92_gene_150, PHI92_150 / Plasmid: pTSL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834/DE3 / References: UniProt: I7I026 #2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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-Non-polymers , 6 types, 1196 molecules
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-EDO / | #7: Chemical | ChemComp-PG4 / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.17 Å3/Da / Density % sol: 61.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 / Details: 10% PEG 8000, 0.2M SrCl2, 0.1M MES pH 6.0, 10mg/ml |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 0.9919 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 22, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9919 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→65 Å / Num. obs: 281287 / % possible obs: 95.8 % / Redundancy: 2.6 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 7.47 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.91 Å / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / Num. unique obs: 44765 / CC1/2: 0.848 / Rrim(I) all: 0.491 / % possible all: 94.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4RMX 4rmx Resolution: 1.803→61.461 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.01 / Phase error: 19.78
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.803→61.461 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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