PDB-6c98: Crystal structure of FcRn bound to UCB-84

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c98

タイトル

Crystal structure of FcRn bound to UCB-84

要素

Beta-2-microglobulin
IgG receptor FcRn large subunit p51

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Neonatal Fc Receptor / FcRn / Inhibitor / beta 2 microglobulin / b2m

機能・相同性

機能・相同性情報

IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions ...IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / endosome membrane / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Fox III, D. / Lukacs, C.M.

引用

ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2018
タイトル: Insight into small molecule binding to the neonatal Fc receptor by X-ray crystallography and 100 kHz magic-angle-spinning NMR.
著者: Stoppler, D. / Macpherson, A. / Smith-Penzel, S. / Basse, N. / Lecomte, F. / Deboves, H. / Taylor, R.D. / Norman, T. / Porter, J. / Waters, L.C. / Westwood, M. / Cossins, B. / Cain, K. / ...

履歴

登録	2018年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6c98.ent.gz	250.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c98.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6c98_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6c98_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6c98_validation.xml.gz	32 KB	表示
CIF形式データ	6c98_validation.cif.gz	46.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/6c98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/6c98	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6c97C 6c99C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bjt-3 6c99-2 6c97-2 5ad0-d 6d9d-d 4lcy-8 5ymv-1 5bxf-2 5ymw-2 3bew-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: IgG receptor FcRn large subunit p51

B: Beta-2-microglobulin

C: IgG receptor FcRn large subunit p51

D: Beta-2-microglobulin

ヘテロ分子

85.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: IgG receptor FcRn large subunit p51

B: Beta-2-microglobulin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
42.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: IgG receptor FcRn large subunit p51

D: Beta-2-microglobulin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.270, 76.290, 138.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	IgG receptor FcRn large subunit p51 / FcRn / IgG Fc fragment receptor transporter alpha chain / Neonatal Fc receptor 分子量: 30408.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCGRT, FCRN / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P55899
#2: タンパク質	Beta-2-microglobulin 分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P61769

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非ポリマー , 5種, 455分子

#3: 化合物	ChemComp-CYS / CYSTEINE / システインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂S
#4: 化合物	ChemComp-ER7 / 1-[7-(3-fluorophenyl)-5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-6-yl]ethan-1-one 分子量: 270.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₁FN₄O
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.41 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3 詳細: APO FCRN CRYSTALS WERE PRODUCED BY SITTING DROP VAPOR DIFFUSION WITH AN EQUAL VOLUME COMBINATION OF THE PROTEIN COMPLEX, PROVIDED IN A PROTEIN SOLUTION CONTAINING 50MM HEPES PH 7.0 AND 75MM ...詳細: APO FCRN CRYSTALS WERE PRODUCED BY SITTING DROP VAPOR DIFFUSION WITH AN EQUAL VOLUME COMBINATION OF THE PROTEIN COMPLEX, PROVIDED IN A PROTEIN SOLUTION CONTAINING 50MM HEPES PH 7.0 AND 75MM NACL, AND AN OPTIMIZATION SCREEN CONTAINING 0.1M CITRIC ACID/NAOH PH 3.0 AND 20% W/V PEG 6,000. CRYSTALS OF FCRN WERE SOAKED FOR THREE DAYS IN BUFFER CONTAINING 0.1M CITRIC ACID/NAOH PH 3.0, 20% W/V PEG 6,000, AND 20% GLYCEROL AND 20MM UCB-84). PH範囲: 3.0-3.09

結晶

マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.41 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3
詳細: APO FCRN CRYSTALS WERE PRODUCED BY SITTING DROP VAPOR DIFFUSION WITH AN EQUAL VOLUME COMBINATION OF THE PROTEIN COMPLEX, PROVIDED IN A PROTEIN SOLUTION CONTAINING 50MM HEPES PH 7.0 AND 75MM ...
PH範囲: 3.0-3.09

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 73773 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.52
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 3.22 / Num. unique obs: 5452 / CC_1/2: 0.669 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(DEV_2443: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→40.421 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.63

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2134	3693	5.01 %
R_work	0.1723	-	-
obs	0.1744	73740	98.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→40.421 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5580	0	71	448	6099

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5986
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.948	8214
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.235	3547
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	865
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1074

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.8743	0.2836	144	0.228	2663	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8743-1.9	0.3074	171	0.2503	2646	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9-1.9272	0.4309	128	0.3092	2645	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9272-1.9559	0.2837	155	0.2234	2549	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9559-1.9865	0.234	152	0.1886	2722	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9865-2.0191	0.1884	136	0.1789	2720	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0191-2.0539	0.2559	130	0.1766	2643	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0539-2.0912	0.2721	143	0.2206	2639	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0912-2.1314	0.2775	132	0.1714	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1314-2.1749	0.1698	133	0.1669	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1749-2.2222	0.2185	127	0.1633	2733	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2222-2.2739	0.2814	141	0.2174	2577	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2739-2.3308	0.2215	116	0.1764	2762	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3308-2.3938	0.2254	145	0.1716	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3938-2.4642	0.2084	143	0.1634	2720	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4642-2.5438	0.2702	126	0.1717	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5438-2.6347	0.22	133	0.1826	2758	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6347-2.7401	0.2253	159	0.1779	2624	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7401-2.8648	0.2059	139	0.1695	2704	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8648-3.0158	0.1871	155	0.1646	2741	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0158-3.2047	0.2098	125	0.1691	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2047-3.452	0.1875	139	0.1678	2728	X-RAY DIFFRACTION	99
3.452-3.7991	0.18	161	0.1542	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7991-4.3483	0.1941	156	0.1403	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3483-5.4763	0.1933	173	0.1358	2735	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4763-40.4304	0.1853	131	0.1909	2803	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5879	0.0744	-0.2188	1.8411	-0.7698	3.6402	-0.0582	0.0087	0.1459	0.1759	0.0182	-0.0388	-0.4634	0.0762	0.0232	0.168	0.0025	0.0011	0.1011	0.0344	0.1481	22.1733	26.194	11.3536
2	0.421	-0.0575	-0.2171	2.0509	-0.5791	1.9473	0.0103	0.0438	-0.0322	0.4879	0.0005	-0.0807	0.0416	0.0141	0.0094	0.0604	0.0211	-0.0141	0.1907	-0.0099	0.1713	25.0106	3.0175	23.7753
3	1.6638	0.4141	-0.0491	2.6772	0.1021	2.4031	0.0243	0.0195	-0.1988	-0.0221	0.0202	-0.3022	0.2553	0.0669	-0.0328	0.123	0.0041	0.0006	0.1463	-0.0027	0.1638	27.0262	-8.5034	21.4997
4	1.0119	-0.1322	-0.1236	4.0421	-3.5243	3.1948	0.059	0.1645	-0.1038	-0.4066	0.0299	0.0491	0.3798	0.315	0.0466	0.1689	-0.0403	0.0002	0.204	-0.0041	0.1508	14.4213	2.8636	9.3143
5	4.5507	1.6674	-1.6488	0.6846	-0.7072	2.094	0.1017	-0.5176	-0.2303	0.3235	0.1416	0.3912	-0.0229	0.0329	-0.1285	0.2057	-0.0084	0.0313	0.2639	0.0861	0.2208	11.9799	-5.4085	31.024
6	0.8779	0.2478	-0.9921	1.7891	-1.8329	3.7818	-0.0338	0.0473	0.1415	-0.001	0.2	0.2548	0.0534	-0.2976	-0.1275	0.1176	-0.0188	-0.0019	0.1854	0.0269	0.1635	11.8612	3.0566	19.2977
7	0.3589	0.0404	-0.1324	0.3709	0.3866	0.9568	0.093	-0.1618	0.1691	-0.0885	-0.0168	0.3895	-0.1421	-0.0449	0.0825	0.1474	-0.0019	-0.0091	0.219	0.0631	0.232	5.6485	6.8992	11.2632
8	1.5721	1.9217	-0.2676	2.3116	-0.5229	0.4624	0.02	-0.2304	-0.003	-0.0852	-0.1031	0.3079	-0.0126	-0.0551	0.0716	0.1411	0.0251	0.0157	0.2005	0.0489	0.2481	9.274	8.8116	16.1076
9	2.0911	1.7146	-2.2168	3.6211	-3.1871	3.6557	-0.0055	0.0635	0.1336	-0.0048	0.3344	0.4467	0.1234	-0.517	-0.3322	0.1093	-0.0114	0.0077	0.1788	0.0432	0.1964	9.9462	6.0829	20.464
10	0.8078	0.5905	-0.6602	1.7886	-2.0287	3.5451	-0.086	0.0785	-0.054	-0.3345	0.2481	0.3044	0.3135	-0.4659	-0.128	0.1938	-0.0514	-0.0559	0.2895	0.0478	0.2714	3.995	-1.808	12.7526
11	3.4808	-0.8057	0.824	4.0228	-1.7985	4.8214	0.0959	-0.0362	-0.7424	-0.1447	-0.1639	-0.3322	0.4535	0.7562	0.0303	0.2161	-0.033	-0.0013	0.2213	0.0373	0.3809	10.2161	-7.6887	18.1702
12	1.1763	-0.1446	0.4282	1.8794	-0.5132	2.9702	-0.0875	0.1245	-0.1375	-0.3395	0.0721	0.0669	0.475	-0.1832	0.0154	0.2131	-0.0394	-0.0203	0.1501	0.0265	0.1548	17.6959	-13.2507	51.1418
13	2.5927	-1.1786	0.1168	1.9578	0.4386	2.482	-0.0572	0.0617	0.2749	-0.0343	0.1098	-0.281	-0.0203	0.3587	-0.1069	0.1367	-0.0088	-0.0115	0.1978	0.0531	0.1728	27.6958	-10.7786	60.5219
14	0.729	-0.1336	-0.2282	1.3013	-0.4971	2.0123	-0.0665	-0.1004	-0.1889	-0.1404	-0.0631	-0.1299	0.5543	0.2666	0.105	0.2307	0.0298	0.0068	0.1877	0.0242	0.233	27.4973	-14.8682	58.0279
15	1.7389	-0.2093	0.2552	2.5485	0.24	2.6669	0.0036	-0.0372	0.2696	-0.0176	0.0147	-0.1806	-0.3498	-0.0237	-0.0175	0.1412	0.0038	-0.003	0.1512	-0.0092	0.1656	25.1911	21.5911	48.0736
16	0.7723	0.2799	0.501	2.846	-4.0885	9.3193	0.0176	-0.1342	0.111	0.257	0.1189	0.0193	-0.1864	0.2387	-0.084	0.1734	0.0641	0.0105	0.1909	-0.0002	0.1583	14.4127	8.6672	59.6893
17	5.2751	-3.2449	1.8455	2.2985	-1.7501	1.9629	0.3021	0.5394	0.2527	-0.2783	0.1374	0.2844	-0.051	-0.226	-0.2251	0.2041	0.023	-0.0379	0.295	0.0957	0.2426	11.8965	16.8758	37.6691
18	0.7783	-0.2126	0.8999	1.5634	-1.8297	3.668	-0.0966	0.0048	-0.1417	0.0313	0.2318	0.2409	-0.1291	-0.366	-0.1171	0.1334	0.0251	-0.0024	0.1932	0.0337	0.1691	11.8616	8.4886	49.7254
19	3.6201	-3.8748	3.8932	4.9913	-4.6711	5.2134	0.0682	0.0108	-0.248	0.0082	0.1044	0.4	0.1762	-0.1488	-0.1295	0.1574	0.0142	0.0174	0.2123	0.0517	0.232	5.7974	4.7895	57.5618
20	2.6611	-2.6517	0.4762	2.7606	-0.3095	0.0949	0.1175	0.1683	-0.3425	-0.0118	-0.1149	0.58	0.0265	-0.112	-0.0191	0.1546	-0.0256	-0.0197	0.2455	0.0237	0.293	5.391	3.775	50.0332
21	0.8389	-0.3273	0.12	1.5976	-0.9281	1.5184	-0.0327	-0.0226	0.0791	0.2123	0.1427	0.2249	-0.1633	-0.3347	-0.0853	0.1293	0.0168	0.0184	0.2019	0.0314	0.1948	8.6462	8.5817	54.4255
22	3.3414	0.684	-0.8027	3.7474	-1.7686	5.1338	0.0283	-0.0027	0.6001	0.2129	-0.1053	-0.2396	-0.2929	0.7152	-0.0647	0.209	0.0364	-0.0009	0.2294	0.0363	0.3488	10.203	19.2634	50.8774

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 4:157 )	A	4 - 157
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 158:201 )	A	158 - 201
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 202:267 )	A	202 - 267
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 1:11 )	B	1 - 11
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 12:19 )	B	12 - 19
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 20:30 )	B	20 - 30
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 31:41 )	B	31 - 41
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 42:61 )	B	42 - 61
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 62:71 )	B	62 - 71
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 72:90 )	B	72 - 90
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 91:99 )	B	91 - 99
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 4:81 )	C	4 - 81
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 82:112 )	C	82 - 112
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 113:180 )	C	113 - 180
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 181:267 )	C	181 - 267
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN D AND RESID 1:11 )	D	1 - 11
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 12:19 )	D	12 - 19
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN D AND RESID 20:30 )	D	20 - 30
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND RESID 31:41 )	D	31 - 41
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN D AND RESID 42:56 )	D	42 - 56
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 57:90 )	D	57 - 90
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN D AND RESID 91:99 )	D	91 - 99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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