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- PDB-6c3l: Crystal structure of BCL6 BTB domain with compound 15f -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c3l
タイトルCrystal structure of BCL6 BTB domain with compound 15f
要素B-cell lymphoma 6 protein
キーワードprotein binding/inhibitor / Inhibitor / protein-protein interaction / PROTEIN BINDING / protein binding-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation ...regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / plasma cell differentiation / paraspeckles / germinal center formation / regulation of immune system process / pyramidal neuron differentiation / type 2 immune response / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cell motility / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of T cell proliferation / negative regulation of Notch signaling pathway / regulation of cell differentiation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / B cell proliferation / negative regulation of cellular senescence / Rho protein signal transduction / regulation of immune response / erythrocyte development / positive regulation of B cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of neuron differentiation / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / cell motility / cell morphogenesis / heterochromatin formation / negative regulation of cell growth / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein localization / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EGP / B-cell lymphoma 6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46092157578 Å
データ登録者Linhares, B. / Cheng, H. / Cierpicki, T. / Xue, F.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2018
タイトル: Identification of Thiourea-Based Inhibitors of the B-Cell Lymphoma 6 BTB Domain via NMR-Based Fragment Screening and Computer-Aided Drug Design.
著者: Cheng, H. / Linhares, B.M. / Yu, W. / Cardenas, M.G. / Ai, Y. / Jiang, W. / Winkler, A. / Cohen, S. / Melnick, A. / MacKerell Jr., A. / Cierpicki, T. / Xue, F.
履歴
登録2018年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma 6 protein
B: B-cell lymphoma 6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9804
ポリマ－29,8332
非ポリマー1,1482
水5,152286
1
A: B-cell lymphoma 6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4902
ポリマ－14,9161
非ポリマー5741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: B-cell lymphoma 6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4902
ポリマ－14,9161
非ポリマー5741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.930, 39.589, 55.182
Angle α, β, γ (deg.)83.754, 73.847, 66.962
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 B-cell lymphoma 6 protein / BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing ...BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 27 / Zinc finger protein 51


分子量: 14916.308 Da / 分子数: 2 / 変異: C10Q; C69R; C86N; E101V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41182
#2: 化合物 ChemComp-EGP / N-[2-(1H-indol-3-yl)ethyl]-N'-{3-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-1-[2-(morpholin-4-yl)-2-oxoethyl]-1H-indol-6-yl}thiourea


分子量: 573.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H39N7O2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 27% (w/v) PEG-3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→50 Å / Num. obs: 38467 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 18.0435757244 Å2 / CC1/2: 0.066 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.46→1.51 Å / Num. unique all: 3801 / CC1/2: 0.316

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.11.1_2575精密化
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R29

1r29


解像度: 1.46092157578→30.0245580528 Å / SU ML: 0.149206247995 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.00336648389 / 位相誤差: 23.3608128619
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235227182838 1873 4.86986817815 %
Rwork0.199753823845 36588 -
obs0.201385848596 38461 95.8386284917 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.6214781558 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46092157578→30.0245580528 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1952 0 82 286 2320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003027927535832102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5877145328522857
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0639909086988333
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00261843725283352
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7499374138835
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4609-1.50040.2701202069812090.2552298841392663X-RAY DIFFRACTION93.0654569021
1.5004-1.54460.2764802408681750.236835601562733X-RAY DIFFRACTION93.6855670103
1.5446-1.59440.236294277711300.2289714628482820X-RAY DIFFRACTION95.8103280286
1.5944-1.65140.2268469202311190.2119083885742823X-RAY DIFFRACTION94.9338496289
1.6514-1.71750.2554404515481110.2143897539412856X-RAY DIFFRACTION94.8529411765
1.7175-1.79570.2894708121681570.2138155266142793X-RAY DIFFRACTION96.5630114566
1.7957-1.89030.2521071224521240.2151360308972828X-RAY DIFFRACTION96.2818003914
1.8903-2.00870.2350818647141310.2023346435962806X-RAY DIFFRACTION96.4215364412
2.0087-2.16380.2729218852671570.2065702218982867X-RAY DIFFRACTION97.0474967908
2.1638-2.38150.231605936231630.1947968158552837X-RAY DIFFRACTION96.9305331179
2.3815-2.72590.2866709276991150.2011771363682884X-RAY DIFFRACTION98.1669394435
2.7259-3.43350.209445529671510.1929893790622872X-RAY DIFFRACTION96.9220904136
3.4335-30.03090.2041605416931310.1867535885842806X-RAY DIFFRACTION95.3571428571
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04990277046-0.05138579806250.5462670151672.29044679552-0.9104480751783.53380079425-0.200194807642-0.1557871996690.06505283916220.3551821364040.1443491683010.0584401538583-0.448794449745-0.3293784809550.05717898192360.168611530630.0770828995990.01270377636330.16631182232-0.009028253303250.13884157914-30.17817362691.44797879561-1.58933718094
21.1711876147-0.128644733830.669495965362.057810650750.9108142275583.79716146413-0.2062469626840.1786216179920.0499526154615-0.3759820462570.147689319924-0.0428411466841-0.418359726550.3349918546560.07261523675030.187819601942-0.1013588818570.02367405557460.1790288624940.02445542248030.138500743254-18.9944338021.24157010833-21.9503666444
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 5:128)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 5:127)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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