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- PDB-6byb: Crystal structure of L3MBTL1 MBT Domain with MBK14970 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6byb
タイトルCrystal structure of L3MBTL1 MBT Domain with MBK14970
要素Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / L3MBTL1 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


SAM domain binding / chromatin lock complex / regulation of megakaryocyte differentiation / regulation of mitotic nuclear division / hemopoiesis / nucleosome binding / condensed chromosome / heterochromatin formation / methylated histone binding / Regulation of TP53 Activity through Methylation ...SAM domain binding / chromatin lock complex / regulation of megakaryocyte differentiation / regulation of mitotic nuclear division / hemopoiesis / nucleosome binding / condensed chromosome / heterochromatin formation / methylated histone binding / Regulation of TP53 Activity through Methylation / chromatin organization / histone binding / regulation of cell cycle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Zinc finger, C2H2C-type superfamily / Zinc finger, C2HC type / Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / mbt repeat ...: / : / Zinc finger, C2H2C-type superfamily / Zinc finger, C2HC type / Zinc finger, C2H2C-type / Zinc finger CCHHC-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / mbt repeat / SH3 type barrels. - #140 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EC7 / Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者DONG, A. / DOBROVETSKY, E. / NICHOLSON, B. / COX, C. / FISCHER, C. / ARMACOST, K. / SANDERS, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...DONG, A. / DOBROVETSKY, E. / NICHOLSON, B. / COX, C. / FISCHER, C. / ARMACOST, K. / SANDERS, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of L3MBTL1 MBT Domain with MBK14970
著者: DOBROVETSKY, E. / DONG, A. / NICHOLSON, B. / COX, C. / FISCHER, C. / ARMACOST, K. / SANDERS, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2017年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,91723
ポリマ－37,1111
非ポリマー80622
水6,792377
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.880, 93.166, 58.444
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 1 / L(3)mbt-like / L(3)mbt protein homolog / L3MBTL1


分子量: 37110.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: L3MBTL1, KIAA0681, L3MBT, L3MBTL / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODONPLUS RIPL / 参照: UniProt: Q9Y468
#2: 化合物 ChemComp-EC7 / (S)-N-(cyclopropylmethyl)-N~2~-methyl-N-[2-methyl-2-(1-methylpiperidin-4-yl)propyl]alaninamide


分子量: 309.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H35N3O
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 13 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.28 % / Mosaicity: 0.784 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG 400, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Sodium HEPES pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 48892 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.689 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 325154
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.74-1.774.70.74823360.650.3760.8410.78697.3
1.77-1.86.10.69823980.8320.3050.7630.79599.9
1.8-1.846.70.58924560.8950.2440.6380.788100
1.84-1.876.80.5123940.9240.210.5520.888100
1.87-1.926.90.40824180.9280.1670.4420.917100
1.92-1.966.90.31924280.9530.130.3451.007100
1.96-2.016.90.28323920.9640.1150.3061.12100
2.01-2.066.90.23824180.9770.0970.2581.23100
2.06-2.1270.20424380.9810.0830.2211.425100
2.12-2.196.90.17924220.9860.0730.1941.502100
2.19-2.2770.14824490.9890.060.161.653100
2.27-2.3670.14924350.9890.0610.1611.807100
2.36-2.4770.12824290.9920.0520.1381.87100
2.47-2.66.90.11124440.9940.0450.122.121100
2.6-2.766.90.09524560.9950.0390.1032.238100
2.76-2.986.80.07624710.9970.0310.0822.509100
2.98-3.276.60.05924610.9980.0250.0642.748100
3.27-3.756.50.04725030.9970.020.0513.017100
3.75-4.726.40.0425120.9980.0170.0442.853100
4.72-506.20.03526320.9990.0150.0392.10898.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.07 Å26.52 Å
Translation7.07 Å26.52 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RJD

2rjd


解像度: 1.74→27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.17 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2216 2434 5 %RANDOM
Rwork0.2003 ---
obs0.2014 46176 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.69 Å2 / Biso mean: 26.273 Å2 / Biso min: 14.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å20 Å20 Å2
2--0.98 Å2-0 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2491 0 60 382 2933
Biso mean--35.46 36.12 -
残基数----310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192745
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4251.9283752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91435543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.15332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.1823.561132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.33215394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7421514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213098
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02596
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.785 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 159 -
Rwork0.325 3344 -
all-3503 -
obs--98.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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