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- PDB-6br3: Structure of RORgt in complex with a novel inverse agonist TAK-828. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6br3
タイトルStructure of RORgt in complex with a novel inverse agonist TAK-828.
要素Nuclear receptor ROR-gamma
キーワードtranscription/agonist / Nuclear Hormone Receptor / inverse agonist / complex / transcription-agonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-activated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-activated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / lymph node development / adipose tissue development / xenobiotic metabolic process / circadian regulation of gene expression / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E3V / Nuclear receptor ROR-gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Skene, R.J. / Hoffman, I.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Discovery of [ cis-3-({(5 R)-5-[(7-Fluoro-1,1-dimethyl-2,3-dihydro-1 H-inden-5-yl)carbamoyl]-2-methoxy-7,8-dihydro-1,6-naphthyridin-6(5 H)-yl}carbonyl)cyclobutyl]acetic Acid (TAK-828F) ...タイトル: Discovery of [ cis-3-({(5 R)-5-[(7-Fluoro-1,1-dimethyl-2,3-dihydro-1 H-inden-5-yl)carbamoyl]-2-methoxy-7,8-dihydro-1,6-naphthyridin-6(5 H)-yl}carbonyl)cyclobutyl]acetic Acid (TAK-828F) as a Potent, Selective, and Orally Available Novel Retinoic Acid Receptor-Related Orphan Receptor gamma t Inverse Agonist.
著者: Kono, M. / Ochida, A. / Oda, T. / Imada, T. / Banno, Y. / Taya, N. / Masada, S. / Kawamoto, T. / Yonemori, K. / Nara, Y. / Fukase, Y. / Yukawa, T. / Tokuhara, H. / Skene, R. / Sang, B.C. / ...著者: Kono, M. / Ochida, A. / Oda, T. / Imada, T. / Banno, Y. / Taya, N. / Masada, S. / Kawamoto, T. / Yonemori, K. / Nara, Y. / Fukase, Y. / Yukawa, T. / Tokuhara, H. / Skene, R. / Sang, B.C. / Hoffman, I.D. / Snell, G.P. / Uga, K. / Shibata, A. / Igaki, K. / Nakamura, Y. / Nakagawa, H. / Tsuchimori, N. / Yamasaki, M. / Shirai, J. / Yamamoto, S.
履歴
登録2017年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-gamma
B: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4526
ポリマ－50,2002
非ポリマー1,2514
水724
1
A: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7263
ポリマ－25,1001
非ポリマー6262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area23170 Å2
手法PISA
3
B: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7263
ポリマ－25,1001
非ポリマー6262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.537, 99.537, 127.524
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 265 - 476 / Label seq-ID: 1 - 212

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma


分子量: 25100.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-E3V / {cis-3-[(5R)-5-[(7-fluoro-1,1-dimethyl-1H-inden-5-yl)carbamoyl]-2-methoxy-7,8-dihydro-1,6-naphthyridine-6(5H)-carbonyl]cyclobutyl}acetic acid


分子量: 507.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H30FN3O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3%MDP, 1.6M NaFormate, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 14399 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.188 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 136276
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
3-3.059.67300.4260.9610.956100
3.05-3.119.57380.4790.7650.978100
3.11-3.179.66900.5060.660.991100
3.17-3.239.57080.6350.531.016100
3.23-3.39.67190.7630.3910.983100
3.3-3.389.57180.8310.3141.0111000.9220.974
3.38-3.469.57180.8440.2590.9981000.7590.802
3.46-3.569.57210.9120.1981.0341000.580.613
3.56-3.669.67090.9350.1571.0271000.4610.487
3.66-3.789.57050.9630.131.051000.3820.404
3.78-3.919.57240.9720.1020.9741000.2990.316
3.91-4.079.57250.9820.081.0171000.2350.248
4.07-4.269.57170.9890.0641.011000.1880.199
4.26-4.489.47190.9880.0571.0161000.1640.174
4.48-4.769.47190.9910.0551.0281000.1590.168
4.76-5.139.37160.9890.0511.0181000.1470.155
5.13-5.649.17230.9920.050.9971000.1430.152
5.64-6.469.47260.9930.0470.9951000.1380.146
6.46-8.139.57280.9980.0250.9731000.0730.077
8.13-509.37460.9990.0150.9999.90.0450.047

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 39.72 / SU ML: 0.328 / SU R Cruickshank DPI: 0.3529 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.374
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2387 709 4.9 %RANDOM
Rwork0.1957 ---
obs0.1979 13632 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 145.57 Å2 / Biso mean: 70.484 Å2 / Biso min: 36.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å2-0.26 Å2-0 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3---1.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3488 0 90 4 3582
Biso mean--67.13 47.4 -
残基数----429
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193651
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3911.9814923
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92437751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2965427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.88523.011176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.12215668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.691532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02771
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 13754 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.002→3.079 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 61 -
Rwork0.332 994 -
all-1055 -
obs--99.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1457-2.71131.31773.4937-1.40272.0318-0.0736-0.02880.0109-0.00730.04440.05120.0372-0.22830.02920.0773-0.0476-0.01310.06060.00160.005512.473281.695-1.3623
23.4552.8584-1.78034.2871-1.31292.2478-0.08760.0751-0.0769-0.0582-0.04920.14590.0848-0.14360.13680.07170.0267-0.00890.0996-0.03040.032712.302385.994434.2473
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A265 - 480
2X-RAY DIFFRACTION2B265 - 477

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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