PDB-6b4q: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b4q

タイトル

Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with pyridin-4-ol

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / Purine Nucleoside Phosphorylase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside metabolic process / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with pyridine-4-ol
著者: Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2017年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b4q.cif.gz	175.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b4q.ent.gz	142 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b4q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b4q_validation.pdf.gz	439.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b4q_full_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示
XML形式データ	6b4q_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	6b4q_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/6b4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/6b4q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cxqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6b37-1 6bhb-1 6axa-1 3e9z-d 6bb7-1 6b4t-1 6b7i-1 3k8q-1 2a0w-1 2a0x-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.740, 99.740, 99.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-567- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 31435.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 (DE3) 参照: UniProt: A0A0U3AGT1, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CQG / pyridin-4-ol / 4(1H)-ピリドン分子量: 95.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅NO
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.41 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate , 0.1 M Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→57.585 Å / Num. obs: 43839 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 11.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3212 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CXQ

5cxq

解像度: 1.6→57.585 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1857	2149	4.91 %
R_work	0.1664	-	-
obs	0.1673	43802	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→57.585 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2148	0	31	232	2411

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2209
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.093	2986
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.109	1319
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	346
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	385

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6002-1.6374	0.3127	140	0.2656	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6374-1.6784	0.2593	122	0.2468	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6784-1.7238	0.26	153	0.2552	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7238-1.7745	0.2631	173	0.2595	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7745-1.8318	0.2184	129	0.2198	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8318-1.8972	0.207	183	0.1839	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8972-1.9732	0.1779	137	0.164	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9732-2.063	0.1962	141	0.16	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.063-2.1718	0.1935	142	0.157	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1718-2.3079	0.1683	154	0.1511	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3079-2.486	0.1874	126	0.1414	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.486-2.7362	0.1853	130	0.153	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7362-3.1321	0.1658	136	0.1571	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1321-3.946	0.1917	157	0.1556	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
3.946-57.6222	0.1471	126	0.1603	2945	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8062	4.6875	1.4227	2.0473	2.8459	4.5212	0.0376	0.166	-1.1255	0.4008	0.1767	-0.669	0.8645	0.3622	-0.1495	0.3297	0.0573	0.0338	0.1919	-0.0272	0.3785	27.9516	11.9877	52.9213
2	2.2475	0.0103	0.5418	1.804	-0.4147	4.17	0.1672	0.2851	-0.8825	0.0013	-0.1194	0.091	0.9171	-0.2876	-0.096	0.4039	-0.0812	0.0127	0.1927	-0.0585	0.3896	11.9246	8.279	46.7192
3	1.8648	-0.0816	0.044	0.962	0.557	2.5641	0.0241	0.0131	-0.39	-0.0158	-0.021	0.1115	0.3567	-0.1707	-0.0025	0.2489	-0.0265	0.0362	0.1459	-0.0107	0.2608	15.7273	15.2859	53.5919
4	5.3401	-0.4986	-0.2494	2.4643	1.1027	2.1513	-0.0161	0.3727	-0.0974	-0.2497	-0.1677	0.2605	-0.0289	-0.3241	0.1232	0.1923	-0.0346	-0.0248	0.1942	-0.0027	0.0939	1.7952	26.1429	43.9643
5	1.3798	0.0373	-0.0206	0.8736	0.2391	0.7682	-0.0316	0.2367	0.024	-0.2067	0.0028	0.0591	0.0281	-0.1389	0.0315	0.1742	-0.0323	0.0028	0.1601	-0.0045	0.1077	8.3918	30.7394	46.4127
6	9.3748	-1.8712	-0.6319	2.1771	0.9154	0.711	0.0117	-0.214	-0.0134	-0.0595	-0.1368	0.2964	0.0185	-0.21	0.1212	0.1753	-0.0413	-0.0168	0.2015	-0.0153	0.12	-2.9611	28.9791	49.5816
7	5.9338	-1.2664	-5.7701	2.6498	3.3665	9.9259	-0.1711	0.3975	-0.3822	-0.0122	-0.0303	0.0392	0.4984	-0.4513	0.208	0.2706	-0.0841	-0.067	0.2312	-0.0266	0.202	-0.5462	15.8935	42.0261

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 54 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 55 through 108 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 109 through 130 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 131 through 232 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 233 through 258 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 259 through 285 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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