PDB-6axa: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6axa

タイトル

Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with (3S)-5-fluoro-3-hydroxy-1,3-dihydroindol-2-one

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Purine Nucleoside Phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

guanosine phosphorylase activity / nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 5-fluoro-3-hydroxy-1,3-dihydroindol-2-one
著者: Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2017年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6axa.cif.gz	175.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6axa.ent.gz	142.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6axa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6axa_validation.pdf.gz	446 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6axa_full_validation.pdf.gz	446 KB	表示
XML形式データ	6axa_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	6axa_validation.cif.gz	21.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/6axa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/6axa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cxqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bb7-1 4nsn-d 6b7i-1 2a0x-1 6b4q-1 2q7o-1 6bhb-1 6b3l-1 3ggs-d 6b2l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.930, 99.930, 99.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-557- HOH
2	1	A-590- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 31435.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A0U3AGT1, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-D4Y / (3S)-5-fluoro-3-hydroxy-1,3-dihydro-2H-indol-2-one 分子量: 167.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₆FNO₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Ammonium Acetate, Bis-Tris , PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→70.661 Å / Num. obs: 44906 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 1.59→1.63 Å / Num. unique obs: 3299

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
xia2		データ削減
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CXQ

5cxq

解像度: 1.59→70.661 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1815	2189	4.88 %
R_work	0.1632	-	-
obs	0.164	44875	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→70.661 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2130	0	44	222	2396

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2215
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.185	3001
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.805	1342
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	349
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	386

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5902-1.6248	0.3053	123	0.28	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6248-1.6626	0.2896	108	0.259	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6626-1.7042	0.2569	161	0.2376	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7042-1.7502	0.2612	143	0.2247	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7502-1.8017	0.2187	147	0.2097	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8017-1.8599	0.2222	151	0.1895	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8599-1.9264	0.1935	153	0.1758	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9264-2.0035	0.2108	123	0.1683	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0035-2.0947	0.1992	159	0.1538	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0947-2.2052	0.1804	137	0.1518	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2052-2.3433	0.1605	142	0.1428	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3433-2.5243	0.1912	104	0.1496	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5243-2.7783	0.1929	137	0.1527	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7783-3.1803	0.162	136	0.1497	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1803-4.0068	0.1636	141	0.1489	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0068-70.731	0.1587	124	0.1648	2828	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6946	2.928	1.2089	3.1275	2.7968	5.3505	0.0882	0.1819	-1.001	0.1799	0.1562	-0.7092	0.8042	0.4973	-0.191	0.3219	0.0669	0.0222	0.204	-0.0385	0.3923	28.0807	12.237	53.1135
2	3.7663	-0.354	2.3189	2.4967	-0.2219	2.7153	0.2586	-0.1267	-0.8142	0.0797	-0.0209	0.2106	0.673	-0.3782	-0.1596	0.4317	-0.0637	0.0237	0.233	-0.0254	0.4762	13.1009	9.601	51.1577
3	2.7558	-0.9702	0.2383	6.4819	-1.5318	1.998	0.0168	0.3998	-0.6283	-0.2735	0.0566	-0.0217	0.8326	-0.1508	-0.0236	0.3818	-0.0561	0.026	0.3233	-0.1409	0.481	13.8148	8.9788	43.7357
4	9.0076	-3.0981	-6.1936	1.0758	2.156	5.6375	0.0308	0.1508	-0.447	-0.0872	-0.1338	0.1146	0.0651	-0.1875	0.1122	0.247	-0.0077	0.02	0.1459	-0.0039	0.2343	17.0124	20.682	55.4196
5	7.6646	-2.3234	-0.7545	3.4306	1.1132	2.1194	0.0756	0.598	-0.1943	-0.2529	-0.2414	0.2953	-0.0338	-0.32	0.0895	0.2443	-0.0322	-0.0332	0.2669	-0.0097	0.1539	2.2403	26.1681	44.1307
6	1.7663	0.0175	0.1937	1.2667	0.3605	0.9098	-0.0067	0.2692	-0.0294	-0.2426	-0.0437	0.1203	0.0317	-0.146	0.0613	0.2182	-0.0277	-0.0057	0.2197	-0.0145	0.1559	6.285	30.4649	47.1318
7	4.3175	-1.97	-5.5433	2.4983	2.0853	7.3376	-0.0855	-0.0484	-0.4212	0.0069	-0.0409	0.1449	0.4384	0.1066	0.3211	0.3501	-0.0925	-0.0783	0.3931	-0.1117	0.3126	-0.3919	15.9594	42.0381

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 68 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 84 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 85 through 108 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 109 through 130 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 131 through 258 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 259 through 285 )

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