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- EMDB-69918: Xanthomonas citri pv. glycines 50S subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-69918
タイトルXanthomonas citri pv. glycines 50S subunit
マップデータXanthomonas campestris 50S map
試料
  • 複合体: 50S rebosomal subunit of Xanthomonas citri pv. glycine
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 27種
キーワードPhytopathogen / Xanthomonas citri pv. glycines / 50S subunit / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


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類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Sengupta S / Anand R
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Science and Engineering Research Board (SERB) インド
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2026
タイトル: Structure of 50S ribosomal subunit from phytopathogen Xanthomonas citri pv. glycines
著者: Sengupta S / Tripathy J / Bandyopadhay N / Gautam S / Anand R
履歴
登録2026年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年8月26日-
マップ公開2026年8月26日-
更新2026年8月26日-
現状2026年8月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_69918.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_69918.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Xanthomonas campestris 50S map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340. Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340. Å		0.85 Å/pix.
x 400 pix.
= 340. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00566
最小 - 最大-0.018232686 - 0.04674932
平均 (標準偏差)0.00022268068 (±0.001719109)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 340.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_69918_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_69918_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 50S rebosomal subunit of Xanthomonas citri pv. glycine

全体名称: 50S rebosomal subunit of Xanthomonas citri pv. glycine
要素
  • 複合体: 50S rebosomal subunit of Xanthomonas citri pv. glycine
    • RNA: RNA (2797-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL27
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL33
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL34
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL35
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL36
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL2
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL3
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL4
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL6
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL9
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL13
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL14
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL15
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL16
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL17
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL18
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL19
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL20
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL21
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL22
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL23
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL24
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL25
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL28
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL29
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL30
    • RNA: RNA (117-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL32

+
超分子 #1: 50S rebosomal subunit of Xanthomonas citri pv. glycine

超分子名称: 50S rebosomal subunit of Xanthomonas citri pv. glycine
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #6, #26, #2-#5, #8-#25, #27-#29, #7, #1
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)

+
分子 #1: Large ribosomal subunit protein bL32

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 7.146035 KDa
配列文字列:
MAVQKSRVTP SRRGQRRSHD ALTAKQLSTD PTSGEIHLRH HITADGYYRG KKVIATKSSA VQED

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HTU4

+
分子 #2: Large ribosomal subunit protein bL33

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 6.422719 KDa
配列文字列:
MAKGKRDKIR MISSAATGHF YTTDKNKKNT PGKMEMMKYD PVVRKHVMYK EGKIK

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HWN5

+
分子 #3: Large ribosomal subunit protein bL34

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 5.327328 KDa
配列文字列:
MATKRTFQPS NLKRARDHGF RARMATADGR KILARRRAKG RKRLSA

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HWA1

+
分子 #4: Large ribosomal subunit protein bL35

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 7.583993 KDa
配列文字列:
MPKIKTNRAA AKRFRKTASG KYKCGHANRS HILTKKATKR KRNLRQTNHV RAEDAGRLDR MLPYL

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0I0L4

+
分子 #5: Large ribosomal subunit protein bL36

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 4.887983 KDa
配列文字列:
MKVLSSLKSA KTRHRDCKVV RRRGKVFVIC KSNPRFKARQ R

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0I1I4

+
分子 #8: Large ribosomal subunit protein uL2

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 29.96159 KDa
配列文字列: MPLMKFKPTS PGRRSAVRVV TPDLHKGAPH AALLDSQSKS GGRNHHGRIT VRHVGGGHKQ HYRIIDFKRN KEGIPARVER IEYDPNRTA HIALLCYVDG ERRYIIAPKG LKAGDQVIAG ANAPIKTGNT LPLRNIPVGT TVHGIELKPG KGAQIARAAG A AVQLVARE ...文字列:
MPLMKFKPTS PGRRSAVRVV TPDLHKGAPH AALLDSQSKS GGRNHHGRIT VRHVGGGHKQ HYRIIDFKRN KEGIPARVER IEYDPNRTA HIALLCYVDG ERRYIIAPKG LKAGDQVIAG ANAPIKTGNT LPLRNIPVGT TVHGIELKPG KGAQIARAAG A AVQLVARE GIYATLRLRS GEMRKVPVEC RATIGEVGND EHNLEKLGKA GAKRWRGVRP TVRGAAMNPV DHPHGGGEAK AG QGNPHPV TPWGVPTKGY KTRKNKRTQQ FIVRDRRG

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HUI0

+
分子 #9: Large ribosomal subunit protein uL3

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 22.90724 KDa
配列文字列: MTKKYSLGFV GRKAGMSRVF TEDGRSVPVT LIEATPNRIA QIKTVEVDGY SAVQVTVGAR RAALVNKPAA GHFAKAKVEA GRGLWEFRV EDAQLGDFAV GGEIKADIFE VGQKVDVQGV TKGKGFQGTI KRYNFRMGDA THGNSLSHRA PGSLGQRQTP G RVFPGKKM ...文字列:
MTKKYSLGFV GRKAGMSRVF TEDGRSVPVT LIEATPNRIA QIKTVEVDGY SAVQVTVGAR RAALVNKPAA GHFAKAKVEA GRGLWEFRV EDAQLGDFAV GGEIKADIFE VGQKVDVQGV TKGKGFQGTI KRYNFRMGDA THGNSLSHRA PGSLGQRQTP G RVFPGKKM SGHMGAVQQS TQNLEVVKVD VERGLIAIRG AVPGAAGGDV IVRPASKA

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HUK4

+
分子 #10: Large ribosomal subunit protein uL4

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 21.80315 KDa
配列文字列: MELVITGSNN KVSVSDAVFG REFSEDLVHQ VVVAYRNAGR AGTKAQKTRS EVAGTTKKSK KQKGGGARHG ALTAPIFVGG GVTFAAKPR SFEQKVNRKM YRAAICAIFS ELNRQGRLMI VDAFDLEATK TKGLIEKLKG LEVGKRPLIV TEEASEHLYL S ARNLPYVQ ...文字列:
MELVITGSNN KVSVSDAVFG REFSEDLVHQ VVVAYRNAGR AGTKAQKTRS EVAGTTKKSK KQKGGGARHG ALTAPIFVGG GVTFAAKPR SFEQKVNRKM YRAAICAIFS ELNRQGRLMI VDAFDLEATK TKGLIEKLKG LEVGKRPLIV TEEASEHLYL S ARNLPYVQ VRDVQGLDPV ALVGADTVVI TADAVKKVEE WLA

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HUR7

+
分子 #11: Large ribosomal subunit protein uL6

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 18.304418 KDa
配列文字列:
MSRVAKKPVS LPKGVELNVQ PGLVSVKGPK GTLTLPKPAG VEIAIDGGVA TLSANDPSQI ALTGTVRAIL ANMVKGVSEG FERKLELVG VGYRAAMQGK DLSLALGFSH PLVFVAPEGI TLSTPTQTEI VVQGADKQRV GEVAAKIRGF RPPEPYKGKG V KYAGEVII RKEAKKA

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HUH5

+
分子 #12: Large ribosomal subunit protein bL9

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 15.716693 KDa
配列文字列:
MDLILLQKVT NLGNLGDKVS VKPGYGRNFL VPQGKAVPAT AANVEAFETK RAEYEAKANS ILAEAQSRAT KFEGASVTIG AHASTEGKL YGSVGPRDIA EAFTAAGLPL EKSEVILGEG AFRNVGEYDV VLHLHADVET TVKVIVESDA

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0I4I2

+
分子 #13: Large ribosomal subunit protein uL13

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 16.110677 KDa
配列文字列:
MTTFTAKSET VQRDWYLVDA AGKTLGRLST ELARRLRGKH KPVYTPHVDT GDYLVVINAE KIVVTGNKLK DKKYHRFTGY IGNLKTESL EQALQRHPER VIEIAVKGML PKGPLGRTMY RKLKVYSGAE HPHAAQQPQV LDI

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HVE2

+
分子 #14: Large ribosomal subunit protein uL14

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 13.547967 KDa
配列文字列:
MIQMQSYLDV ADNSGAKEVM CIKVLGGSKR RYAHIGDIIK VTVKDAIPRG KVKKGEVYDA VVVRTRKGVR RPDGSLIRFD GNAAVLLNN KQEPIGTRIF GPVTRELRSE KFMKIVSLAP EVL

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HU63

+
分子 #15: Large ribosomal subunit protein uL15

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 15.364844 KDa
配列文字列:
MTLRLNDLKP ADGARTERTR VGRGIGSGLG KTAGRGHKGS FARKGGGKIK AGFEGGQTPM QRRLPKIGFR SKMARDTAEV LSYQLDKLD AGDVDFAALR AANLVPSRAK KAKIVLKGEL SKKFVLKGVA ATAGAKAAIE AAGGSVEE

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HTY3

+
分子 #16: Large ribosomal subunit protein uL16

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 15.529108 KDa
配列文字列:
MLQPKRTKYR KMHKGRNDGL AWSGNAVSFG EYGLKATAHG QLTARQIEAA RRTISRHVKK GGKMWIRVFP DKPITKKPIE VRMGSGKGN VEYWVAQIQP GRMIYEIEGI PEETAREAFR LAAAKLSVTT TFVTRTVR

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HUF6

+
分子 #17: Large ribosomal subunit protein bL17

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 14.345796 KDa
配列文字列:
MRHQKSGRKF NRTSAHREAM FRNMAASLFK HELIKTTLPK AKELRRVAEP LITIGKVDGV ANRRLAFARL RDKEAVGKLF VELGPRYAT RPGGYLRILK AGFRAGDNAP MAYVELVDRP VVAEEVAE

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HU83

+
分子 #18: Large ribosomal subunit protein uL18

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 12.82777 KDa
配列文字列:
MSINKNIARL RRAKSTRAHI RELGVARLSV LRTGQHLYAQ VFTADGSKVI AAANTLQADV KDGLKNGKNS DAAAKVGKLI AERAKAAGI EKVAFDRSGY RYHGRIKALA DAAREGGLQF

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HUQ7

+
分子 #19: Large ribosomal subunit protein bL19

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 14.78098 KDa
配列文字列:
MSKLNKTILA DFEAAQIQRK LPEFNQGDTV VVNVKVKEGN RERVQAYEGV VIGTKNAGLN SSFTVRKISH GFGVERVFQT HSAIIDSVE VKRRGKVRAG KLYYLRGLEG KAARIKEDLA AAAQAKAARQ AAAKAE

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HU77

+
分子 #20: Large ribosomal subunit protein bL20

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 13.385935 KDa
配列文字列:
MARVKRGVQA RRRHKKILTL AKGYYNARRK VFRVAKQAVI KAQQYAYIGR KQKKRNFRSL WITRINAAAR INGLSYSRFM NGLLKAGIT LDRKVLADIA VHDAAGFAAL AEKAKGALAA

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0I0J6

+
分子 #21: Large ribosomal subunit protein bL21

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 11.823744 KDa
配列文字列:
MYAVLVTGGK QYRVAQGETL RVEKLEVEAG NEIKFDTILM LGDSDGIKLG DALKGASVTA KVVAHGRADK VRIIKFRRRK HHMKRQGHR QHYTEIEITG IAGGDKK

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HU45

+
分子 #22: Large ribosomal subunit protein uL22

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 12.098252 KDa
配列文字列:
MEAKAILRTA RISPQKARLV ADQVRGLSAE RAVNLLKFSD KKAAHLIKKV VESAIANAEN NQGADVDELK VKTIMVDEGP SLKRFMARA KGRGTRILKR TSHITVVVGA AK

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HU92

+
分子 #23: Large ribosomal subunit protein uL23

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 11.06262 KDa
配列文字列:
MSSNEKIFSV LRAPRVSEKT ARLQEISNQY VFEVSNEATK ADVKAAVEQL FDVKVKAVNV VNVKGKSKSF RNRAGNRGNW RKAYVRLVD GQSIDVTAKA

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HUB3

+
分子 #24: Large ribosomal subunit protein uL24

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 11.246825 KDa
配列文字列:
MANRIKKGDQ VVINTGKDKG KQGEVVRVDG DRVIVSNANV IKRHTKPNPQ AGVAGGVVER EASIHISNVN IVNPATGKGE RVGFKVLED GRKLRVFRSS GEALDA

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HUK9

+
分子 #25: Large ribosomal subunit protein bL25

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 23.38149 KDa
配列文字列: MAKTHEIKVE RRADEGKGAS RRLRHAGVIP AIVYGGELEP VSIQLNHEQI WLAQQNEWFY SSILDLNLNG DVQQVLLRDM QRHPFKQLI MHIDFQRVSA NEKLSAAVPL HFINEASSPA GKSSEVVVTH ELNEVQVVCL PKDLPEFIEV DLGALEVGNV I HLSEIKLP ...文字列:
MAKTHEIKVE RRADEGKGAS RRLRHAGVIP AIVYGGELEP VSIQLNHEQI WLAQQNEWFY SSILDLNLNG DVQQVLLRDM QRHPFKQLI MHIDFQRVSA NEKLSAAVPL HFINEASSPA GKSSEVVVTH ELNEVQVVCL PKDLPEFIEV DLGALEVGNV I HLSEIKLP AGVEIPELKL GKEHDVAVVA AKHVRIEEDD AAGEEGSEGA ETK

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HVG2

+
分子 #26: Large ribosomal subunit protein bL27

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 9.119448 KDa
配列文字列:
MAHKKGVGSS RNGRDSNPKY LGVKIFGGQA IDAGNIIVRQ RGTQFHPGAG VGLGRDHTLF ALVDGKVEFS TKGPKKRRTV SVVAEA

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HUH8

+
分子 #27: Large ribosomal subunit protein bL28

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 9.112517 KDa
配列文字列:
MSRVCQVSGK RVQTGNNVSH ANNRTRRRFL PNLHERRFWV ASENRWVKLR VSAHALRTID KNGIDAVLKE LRARGEKV

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HWI5

+
分子 #28: Large ribosomal subunit protein uL29

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 7.25548 KDa
配列文字列:
MDIKQLREKS ADELKAHLTD LRKEQFSLRM QQVTGQLPKT HETRRVRREI ARVKHLLGST K

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HU43

+
分子 #29: Large ribosomal subunit protein uL30

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 7.223461 KDa
配列文字列:
MAKDTNKTVK VRLVRGLRGT QSRHRLSVRA LGLNKLNDVR ELKDSPQVRG LINTVHYLVK VEE

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAX0HUJ8

+
分子 #6: RNA (2797-MER)

分子名称: RNA (2797-MER) / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 933.660812 KDa
配列文字列: GGUCAAGCGA AUAAGCGCAC ACGGUGGAUG CCUAGGCGGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG GUAGCCUGCG AAAAGUGUCG GGGAGCUGG CAACAAGCUU UGAUCCGGCA AUAUCCGAAU GGGGAAACCC ACUGCUUCGG CAGUAUCCUG CAGUGAAUUC A UAGCUGCU ...文字列:
GGUCAAGCGA AUAAGCGCAC ACGGUGGAUG CCUAGGCGGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG GUAGCCUGCG AAAAGUGUCG GGGAGCUGG CAACAAGCUU UGAUCCGGCA AUAUCCGAAU GGGGAAACCC ACUGCUUCGG CAGUAUCCUG CAGUGAAUUC A UAGCUGCU GGAAGCGAAC CCGGUGAACU GAAAUAUCUA AGUAACCGGA GGAAAAGAAA UCAACCGAGA UUCCCUAAGU AG UGACGAG CGAACGGGGA ACAGCCCUUA AGCUGGAAUG GCUUUAGAAA AACAAUCUGG AAAGAUUGGC CAUAGAAGGU GAU AGCCCU GUAUUUAAAA GGGCCACUCC AGUGAAGACG AGUAGGGCGG GGCACGUGAA ACCCUGUCUG AAUAUGGGGG GACC AUCCU CCAAGGCUAA AUACUCCUGA CCGACCGAUA GUGAACCAGU ACCGUGAGGG AAAGGCGAAA AGAACCCCGG AGAGG GGAG UGAAAUAGAU CCUGAAACCG UGUGCGUACA AGCAGUAGGA GCUCGCAAGA GUGACUGCGU ACCUUUUGUA UAAUGG GUC AGCGACUUAC UGUUCGUGGC AAGCUUAACC GUAUAGGGGA GGCGAAGGGA AACCGAGUCU GAUAAGGGCG CAUAGUC GC GGGCAGUAGA CCCGAAACCG GGUGAUCUAG UCAUGGCCAG GGUGAAGGUG CCGUAACAGG UACUGGAGGC CCGAACCC A CGUCUGUUGC AAAAGACGGG GAUGAGCUGU GAUUAGGAGU GAAAAGCUAA UCGAACCCGG AGAUAGCUGG UUCUCCUCG AAAGCUAUUU AGGUAGCGCC UCAUAUGUAU CCUCUCGGGG GUAGAGCACU GUUAUGGCUA GGGGGUCAUC GCGACUUACC AAACCAUUG CAAACUCCGA AUACCGAGAC GGACUGUAUG GGAGACACAC GGCGGGUGCU AACGUCCGUC GUGAAAAGGG A AACAACCC AGACCCACAG CUAAGGUCCC AAAUUCACUG CUAAGUGGAA AACGAUGUGG AAAGGCAUAG ACAGCCAGGA GG UUGGCUU AGAAGCAGCC ACCCUUUAAA GAAAGCGUAA UAGCUCACUG GUCGAGUCGG UCUGCGCGGA AGAUUUAACG GGG CUAAGC AGUGAACCGA AGCUUGGGGU GCAUAAAACG UGUUUUAUGC GCGGUAGAGG AGCGUUCCGU AAGCCUGCGA AGGU GGAUU GAGAAGUCUG CUGGAGGUAU CGGAAGUGCG AAUGCUGACA UGAGUAACGA UAAUGCGGGU GAAAAGCCCG CACGC CGAA AGCCCAAGGU UUCCUUGCGC AACGUUAAUC GACGCAGGGU UAGUCGGUCC CUAAGGCGAG GGCGAAAGCC GUAGUC GAU GGGAAGCAGG UUAAUAUUCC UGCACCUCGC GUGAGUGCGA UGGAGGGACG GAGAAGGUUA GGUGUACCGG GCGUUGG UU GUCCCGGGGA AAGGCGGUAG GUUUGGAUCU UUGGCAAAUC CGGGAUCCUU UAAGACCGAG CACCGAGACG AGCCUUUU U GGCGAAGUCA CUGAUACCAC GCUUCCAGGA AAAGCUCCUA AGCUUCAGCU CACGAAGACC GUACCGUAAA CCGACACAG GUGGGUAGGA UGAGAAUUCU CAGGCGCUUG AGAGAACUCG GGUGAAGGAA CUAGGCAACA UGGCACCGUA ACUUCGGGAG AAGGUGCAC CCUUUUUGGU GGCUCAUGCG AGCUAUAGCU GAAGAGGGUC GCAGAAACCA GGCCGCUGCG ACUGUUUAUC A AAAACACA GCACUCUGCA AACACGAAAG UGGACGUAUA GGGUGUGACG CCUGCCCGGU GCUGGAAGGU UAAUUGAUGG GG UCAGCCG CAAGGCGAAG CUCUUGAUCG AAGCCCCAGU AAACGGCGGC CGUAACUAUA ACGGUCCUAA GGUAGCGAAA UUC CUUGUC GGGUAAGUUC CGACCUGCAC GAAUGGCGUA ACGACAGCGG CGCUGUCUCC ACCCGAGACU CAGUGAAAUU GAAA UCGCU GUGAAGAUGC AGCGUUCCCG UGGCAAGACG GAAAGACCCC GUGAACCUUU ACUAUAGCUU UACACUGAAC GUUGA GUUC GUCUGUGUAG GAUAGGUGGG AGGCUAUGAA ACUGUGGCGC UAGCUGCAGU GGAGCCAUCC UUGAAAUACC ACCCUG UCG UGCUUGACGU UCUAACCUAG GUCCGUUAUC CGGAUCAGGG ACCGUGUAUG GUGGGUAGUU UGACUGGGGC GGUCUCC UC CUAAAGAGUA ACGGAGGAGC ACGAAGGUAC GCUCAGCGCG GUCGGACAUC GCGCACUGUG UGCAAAGGCA UAAGCGUG C UUGACUGCAA GAUCGACGGA UCAAGCAGGU ACGAAAGUAG GUCUUAGUGA UCCGGUGGUU CUGUAUGGAA GGGCCAUCG CUCAACGGAU AAAAGGUACU CCGGGGAUAA CAGGCUGAUA CCGCCCAAGA GUUCAUAUCG ACGGCGGUGU UUGGCACCUC GAUGUCGGC UCAUCACAUC CUGGGGCUGU AGUCGGUCCC AAGGGUAUGG CUGUUCGCCA UUUAAAGUGG UACGCGAGCU G GGUUCAGA ACGUCGUGAG ACAGUUCGGU CCCUAUCUGC CAUGGGCGUU GGAAGUUUGA GAGGGGCUGC UCCUAGUACG AG AGGACCG GAGUGGACGA ACCUCUGGUG UUCCGGUUGU CACGCCAGUG GCAUUGCCGG GUAGCUAUGU UCGGAAGCGA UAA CCGCUG AAAGCAUCUA AGCGGGAAGC GCGCCUCAAG AUGAGACUUC CCGGGGCACA AGCCCCCUAA AGGAACCAUG UAGA CUACG UGGUUGAUAG GUCAGGUGUG UAAGUACAGC AAUGUAUUGA GCUAACUGAU ACUAAUGAUC CGUGCGGCUU GACCA U

GENBANK: GENBANK: CP072265.1

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分子 #7: RNA (117-MER)

分子名称: RNA (117-MER) / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Xanthomonas citri pv. glycines (バクテリア)
分子量理論値: 39.033234 KDa
配列文字列:
UCUCCCUGGU GAAAUUAGCG CUGUGGAACC ACCCGAUCCC AUCCCGAACU CGGAAGUGAA ACGCAGCUGC GCCGAUGGUA GUGUGGCUC AAGCCAUGCG AGAGUAGGUC AUCGCCAGGG GC

GENBANK: GENBANK: CP041781.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 43.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6spd

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1) / 使用した粒子像数: 252876
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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