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万見
- EMDB-6907: Atomic structure of the herpes simplex virus type 2 B-capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6907
タイトルAtomic structure of the herpes simplex virus type 2 B-capsid
マップデータ
試料
  • ウイルス: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Small capsomere-interacting protein
    • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 1
キーワードherpesvirus / capsid / cryo-em / atomic structure / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


T=16 icosahedral viral capsid / viral capsid assembly / viral process / virion component / viral capsid / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid triplex subunit 1 / Capsid triplex subunit 2 / Major capsid protein / Small capsomere-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yuan S / Wang JL / Zhu DJ / Wang N / Gao Q / Chen WY / Tang H / Wang JZ / Zhang XZ / Liu HR ...Yuan S / Wang JL / Zhu DJ / Wang N / Gao Q / Chen WY / Tang H / Wang JZ / Zhang XZ / Liu HR / Rao ZH / Wang XX
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Pushing the resolution limit by correcting the Ewald sphere effect in single-particle Cryo-EM reconstructions.
著者: Dongjie Zhu / Xiangxi Wang / Qianglin Fang / James L Van Etten / Michael G Rossmann / Zihe Rao / Xinzheng Zhang /
要旨: The Ewald sphere effect is generally neglected when using the Central Projection Theorem for cryo electron microscopy single-particle reconstructions. This can reduce the resolution of a ...The Ewald sphere effect is generally neglected when using the Central Projection Theorem for cryo electron microscopy single-particle reconstructions. This can reduce the resolution of a reconstruction. Here we estimate the attainable resolution and report a "block-based" reconstruction method for extending the resolution limit. We find the Ewald sphere effect limits the resolution of large objects, especially large viruses. After processing two real datasets of large viruses, we show that our procedure can extend the resolution for both datasets and can accommodate the flexibility associated with large protein complexes.
履歴
登録2018年2月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月18日-
マップ公開2018年4月18日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5zap
  • 表面レベル: 12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5zap
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6907.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6907.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.38 Å/pix.
x 1200 pix.
= 1656. Å		1.38 Å/pix.
x 1200 pix.
= 1656. Å		1.38 Å/pix.
x 1200 pix.
= 1656. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 12.0 / ムービー #1: 12
最小 - 最大-84.361335999999994 - 121.638626000000002
平均 (標準偏差)0.0014450494 (±3.2395287)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120012001200
Spacing120012001200
セルA=B=C: 1656.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.381.381.38
M x/y/z120012001200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1656.0001656.0001656.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120012001200
D min/max/mean-84.361121.6390.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human herpesvirus 2

全体名称: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
要素
  • ウイルス: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Small capsomere-interacting protein
    • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Triplex capsid protein 1

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超分子 #1: Human herpesvirus 2

超分子名称: Human herpesvirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #4, #2-#3 / NCBI-ID: 10310 / 生物種: Human herpesvirus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 149.370359 KDa
配列文字列: MAAPARDPPG YRYAAAMVPT GSILSTIEVA SHRRLFDFFA RVRSDENSLY DVEFDALLGS YCNTLSLVRF LELGLSVACV CTKFPELAY MNEGRVQFEV HQPLIARDGP HPVEQPVHNY MTKVIDRRAL NAAFSLATEA IALLTGEALD GTGISLHRQL R AIQQLARN ...文字列:
MAAPARDPPG YRYAAAMVPT GSILSTIEVA SHRRLFDFFA RVRSDENSLY DVEFDALLGS YCNTLSLVRF LELGLSVACV CTKFPELAY MNEGRVQFEV HQPLIARDGP HPVEQPVHNY MTKVIDRRAL NAAFSLATEA IALLTGEALD GTGISLHRQL R AIQQLARN VQAVLGAFER GTADQMLHVL LEKAPPLALL LPMQRYLDNG RLATRVARAT LVAELKRSFC DTSFFLGKAG HR REAIEAW LVDLTTATQP SVAVPRLTHA DTRGRPVDGV LVTTAAIKQR LLQSFLKVED TEADVPVTYG EMVLNGANLV TAL VMGKAV RSLDDVGRHL LDMQEEQLEA NRETLDELES APQTTRVRAD LVAIGDRLVF LEALEKRIYA ATNVPYPLVG AMDL TFVLP LGLFNPAMER FAAHAGDLVP APGHPEPRAF PPRQLFFWGK DHQVLRLSME NAVGTVCHPS LMNIDAAVGG VNHDP VEAA NPYGAYVAAP AGPGADMQQR FLNAWRQRLA HGRVRWVAEC QMTAEQFMQP DNANLALELH PAFDFFAGVA DVELPG GEV PPAGPGAIQA TWRVVNGNLP LALCPVAFRD ARGLELGVGR HAMAPATIAA VRGAFEDRSY PAVFYLLQAA IHGSEHV FC ALARLVTQCI TSYWNNTRCA AFVNDYSLVS YIVTYLGGDL PEECMAVYRD LVAHVEALAQ LVDDFTLPGP ELGGQAQA E LNHLMRDPAL LPPLVWDCDG LMRHAALDRH RDCRIDAGGH EPVYAAACNV ATADFNRNDG RLLHNTQARA ADAADDRPH RPADWTVHHK IYYYVLVPAF SRGRCCTAGV RFDRVYATLQ NMVVPEIAPG EECPSDPVTD PAHPLHPANL VANTVNAMFH NGRVVVDGP AMLTLQVLAH NMAERTTALL CSAAPDAGAN TASTANMRIF DGALHAGVLL MAPQHLDHTI QNGEYFYVLP V HALFAGAD HVANAPNFPP ALRDLARHVP LVPPALGANY FSSIRQPVVQ HARESAAGEN ALTYALMAGY FKMSPVALYH QL KTGLHPG FGFTVVRQDR FVTENVLFSE RASEAYFLGQ LQVARHETGG GVNFTLTQPR GNVDLGVGYT AVAATATVRN PVT DMGNLP QNFYLGRGAP PLLDNAAAVY LRNAVVAGNR LGPAQPLPVF GCAQVPRRAG MDHGQDAVCE FIATPVATDI NYFR RPCNP RGRAAGGVYA GDKEGDVIAL MYDHGQSDPA RPFAATANPW ASQRFSYGDL LYNGAYHLNG ASPVLSPCFK FFTAA DITA KHRCLERLIV ETGSAVSTAT AASDVQFKRP PGCRELVEDP CGLFQEAYPI TCASDPALLR SARDGEAHAR ETHFTQ YLI YDASPLKGLS L

UniProtKB: Major capsid protein

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分子 #2: Triplex capsid protein 2

分子名称: Triplex capsid protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 34.373785 KDa
配列文字列: MITDCFEADI AIPSGISRPD AAALQRCEGR VVFLPTIRRQ LALADVAHES FVSGGVSPDT LGLLLAYRRR FPAVITRVLP TRIVACPVD LGLTHAGTVN LRNTSPVDLC NGDPVSLVPP VFEGQATDVR LESLDLTLRF PVPLPTPLAR EIVARLVARG I RDLNPDPR ...文字列:
MITDCFEADI AIPSGISRPD AAALQRCEGR VVFLPTIRRQ LALADVAHES FVSGGVSPDT LGLLLAYRRR FPAVITRVLP TRIVACPVD LGLTHAGTVN LRNTSPVDLC NGDPVSLVPP VFEGQATDVR LESLDLTLRF PVPLPTPLAR EIVARLVARG I RDLNPDPR TPGELPDLNV LYYNGARLSL VADVQQLASV NTELRSLVLN MVYSITEGTT LILTLIPRLL ALSAQDGYVN AL LQMQSVT REAAQLIHPE APMLMQDGER RLPLYEALVA WLAHAGQLGD ILALAPAVRV CTFDGAAVVQ SGDMAPVIRY P

UniProtKB: Capsid triplex subunit 2

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分子 #3: Triplex capsid protein 1

分子名称: Triplex capsid protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 50.542617 KDa
配列文字列: MKTKPLPTAP MAWAESAVET TTSPRELAGH APLRRVLRPP IARRDGPVLL GDRAPRRTAS TMWLLGIDPA ESSPGTRATR DDTEQAVDK ILRGARRAGG LTVPGAPRYH LTRQVTLTDL CQPNAERAGA LLLALRHPTD LPHLARHRAP PGRQTERLAE A WGQLLEAS ...文字列:
MKTKPLPTAP MAWAESAVET TTSPRELAGH APLRRVLRPP IARRDGPVLL GDRAPRRTAS TMWLLGIDPA ESSPGTRATR DDTEQAVDK ILRGARRAGG LTVPGAPRYH LTRQVTLTDL CQPNAERAGA LLLALRHPTD LPHLARHRAP PGRQTERLAE A WGQLLEAS ALGSGRAESG CARAGLVSFN FLVAACTAAY DARDAAEAVR AHITTNYGGT RAGARLDRFS ECLRAMVHTH VF PHEVMRF FGGLVSWVTQ DELASVTAVC SGPQEATHTG HPGRPCSAVT IPACAFVDLD AELCLGGPGA AFLYLVFTYR QCR DQELCC VYVVKSQLPP RGLEAALERL FGRLRITNTI HGAEDMTPPP PNRNVDFPLA VLAASSQSPR CSASQVTNPQ FVDR LYRWQ PDLRGRPTAR TCTYAAFAEL GVMPDDSPRC LHRTERFGAV GVPVVILEGV VWRPGGWRAC A

UniProtKB: Capsid triplex subunit 1

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分子 #4: Small capsomere-interacting protein

分子名称: Small capsomere-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 2 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 12.147707 KDa
配列文字列:
MAAPQFHRPS TITADNVRAL GMRGLVLATN NAQFIMDNSY PHPHGTQGAV REFLRGQAAA LTDLGVTHAN NTFAPQPMFA GDAAAEWLR PSFGLKRTYS PFVVRDPKTP STP

UniProtKB: Small capsomere-interacting protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 1.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 45000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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