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万見
- EMDB-6868: A microtubule-dynein tethering complex regulates the axonemal inn... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6868
タイトルA microtubule-dynein tethering complex regulates the axonemal inner dynein f (I1)
マップデータChlamydomonas fap44 mutant, IDA f in apo state
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Inner dynein f
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 41.0 Å
データ登録者Kubo T / Hou Y / Cochran DA / Witman GB / Oda T
引用ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2018
タイトル: A microtubule-dynein tethering complex regulates the axonemal inner dynein f (I1).
著者: Tomohiro Kubo / Yuqing Hou / Deborah A Cochran / George B Witman / Toshiyuki Oda /
要旨: Motility of cilia/flagella is generated by a coordinated activity of thousands of dyneins. Inner dynein arms (IDAs) are particularly important for the formation of ciliary/flagellar waveforms, but ...Motility of cilia/flagella is generated by a coordinated activity of thousands of dyneins. Inner dynein arms (IDAs) are particularly important for the formation of ciliary/flagellar waveforms, but the molecular mechanism of IDA regulation is poorly understood. Here we show using cryoelectron tomography and biochemical analyses of Chlamydomonas flagella that a conserved protein FAP44 forms a complex that tethers IDA f (I1 dynein) head domains to the A-tubule of the axonemal outer doublet microtubule. In wild-type flagella, IDA f showed little nucleotide-dependent movement except for a tilt in the f β head perpendicular to the microtubule-sliding direction. In the absence of the tether complex, however, addition of ATP and vanadate caused a large conformational change in the IDA f head domains, suggesting that the movement of IDA f is mechanically restricted by the tether complex. Motility defects in flagella missing the tether demonstrates the importance of the IDA f-tether interaction in the regulation of ciliary/flagellar beating.
履歴
登録2017年12月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年3月28日-
マップ公開2018年3月28日-
更新2018年3月28日-
現状2018年3月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 536
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 536
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6868.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6868.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Chlamydomonas fap44 mutant, IDA f in apo state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.03 Å/pix.
x 240 pix.
= 1686. Å		7.03 Å/pix.
x 240 pix.
= 1686. Å		7.03 Å/pix.
x 240 pix.
= 1686. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.025 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 536. / ムービー #1: 536
最小 - 最大0. - 921.040949999999953
平均 (標準偏差)4.17639 (±41.927303000000002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 1686.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.0257.0257.025
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1686.0001686.0001686.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean0.000921.0414.176

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Inner dynein f

全体名称: Inner dynein f
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Inner dynein f

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超分子 #1: Inner dynein f

超分子名称: Inner dynein f / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: fap44 mutant Chlamydomonas axoneme in apo state
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc125 / Organelle: Flagella

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot 5.5 sec before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3100FFC
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 1.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 914 HIGH TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER TOMOGRAPHY HOLDER
ホルダー冷却材: HELIUM

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 41.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 2457
抽出トモグラム数: 10 / 使用した粒子像数: 2700
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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