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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6799 | |||||||||
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タイトル | PIG GASTRIC H+,K+ - ATPASE IN COMPLEX with BYK99 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 H+/K+-exchanging ATPase / potassium:proton exchanging ATPase complex / P-type potassium:proton transporter activity / Ion transport by P-type ATPases / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / sodium ion export across plasma membrane / intracellular potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane ...H+/K+-exchanging ATPase / potassium:proton exchanging ATPase complex / P-type potassium:proton transporter activity / Ion transport by P-type ATPases / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / sodium ion export across plasma membrane / intracellular potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding / ATPase activator activity / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / cell adhesion / apical plasma membrane / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) / Pig (ブタ) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Abe K / Shimokawa J / Natio M / Munson K / Vagin O / Sachs G / Suzuki H / Tani K / Fujiyoshi Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: The cryo-EM structure of gastric H,K-ATPase with bound BYK99, a high-affinity member of K-competitive, imidazo[1,2-a]pyridine inhibitors. 著者: Kazuhiro Abe / Jun Shimokawa / Mao Naito / Keith Munson / Olga Vagin / George Sachs / Hiroshi Suzuki / Kazutoshi Tani / Yoshinori Fujiyoshi / 要旨: The gastric proton pump H,K-ATPase acidifies the gastric lumen, and thus its inhibitors, including the imidazo[1,2-a]pyridine class of K-competitive acid blockers (P-CABs), have potential application ...The gastric proton pump H,K-ATPase acidifies the gastric lumen, and thus its inhibitors, including the imidazo[1,2-a]pyridine class of K-competitive acid blockers (P-CABs), have potential application as acid-suppressing drugs. We determined the electron crystallographic structure of H,K-ATPase at 6.5 Å resolution in the E2P state with bound BYK99, a potent P-CAB with a restricted ring structure. The BYK99 bound structure has an almost identical profile to that of a previously determined structure with bound SCH28080, the original P-CAB prototype, but is significantly different from the previously reported P-CAB-free form, illustrating a common conformational change is required for P-CAB binding. The shared conformational changes include a distinct movement of transmembrane helix 2 (M2), from its position in the previously reported P-CAB-free form, to a location proximal to the P-CAB binding site in the present BYK99-bound structure. Site-specific mutagenesis within M2 revealed that D137 and N138, which face the P-CAB binding site in our model, significantly affect the inhibition constant (K ) of P-CABs. We also found that A335 is likely to be near the bridging nitrogen at the restricted ring structure of the BYK99 inhibitor. These provide clues to elucidate the binding site parameters and mechanism of P-CAB inhibition of gastric acid secretion. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6799.map.gz | 14.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6799-v30.xml emd-6799.xml | 13.3 KB 13.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6799.png | 313.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6799 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6799 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6799_validation.pdf.gz | 381.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6799_full_validation.pdf.gz | 381.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6799_validation.xml.gz | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_6799_validation.cif.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6799 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6799 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5y0bMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6799.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 1.0485 Å / Y: 1.0769 Å / Z: 1.1111 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PIG GASTRIC H+/ K+ - ATPASE IN COMPLEX WITH BYK99
全体 | 名称: PIG GASTRIC H+/ K+ - ATPASE IN COMPLEX WITH BYK99 |
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要素 |
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-超分子 #1: PIG GASTRIC H+/ K+ - ATPASE IN COMPLEX WITH BYK99
超分子 | 名称: PIG GASTRIC H+/ K+ - ATPASE IN COMPLEX WITH BYK99 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
-分子 #1: Potassium-transporting ATPase alpha chain 1
分子 | 名称: Potassium-transporting ATPase alpha chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+/K+-exchanging ATPase |
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由来(天然) | 生物種: Pig (ブタ) / 組織: STOMACH |
分子量 | 理論値: 114.399688 KDa |
配列 | 文字列: MGKAENYELY QVELGPGPSG DMAAKMSKKK AGRGGGKRKE KLENMKKEME INDHQLSVAE LEQKYQTSAT KGLSASLAAE LLLRDGPNA LRPPRGTPEY VKFARQLAGG LQCLMWVAAA ICLIAFAIQA SEGDLTTDDN LYLALALIAV VVVTGCFGYY Q EFKSTNII ...文字列: MGKAENYELY QVELGPGPSG DMAAKMSKKK AGRGGGKRKE KLENMKKEME INDHQLSVAE LEQKYQTSAT KGLSASLAAE LLLRDGPNA LRPPRGTPEY VKFARQLAGG LQCLMWVAAA ICLIAFAIQA SEGDLTTDDN LYLALALIAV VVVTGCFGYY Q EFKSTNII ASFKNLVPQQ ATVIRDGDKF QINADQLVVG DLVEMKGGDR VPADIRILQA QGRKVDNSSL TGESEPQTRS PE CTHESPL ETRNIAFFST MCLEGTAQGL VVNTGDRTII GRIASLASGV ENEKTPIAIE IEHFVDIIAG LAILFGATFF IVA MCIGYT FLRAMVFFMA IVVAYVPEGL LATVTVCLSL TAKRLASKNC VVKNLEAVET LGSTSVICSD KTGTLTQNRM TVSH LWFDN HIHSADTTED QSGQTFDQSS ETWRALCRVL TLCNRAAFKS GQDAVPVPKR IVIGDASETA LLKFSELTLG NAMGY RERF PKVCEIPFNS TNKFQLSIHT LEDPRDPRHV LVMKGAPERV LERCSSILIK GQELPLDEQW REAFQTAYLS LGGLGE RVL GFCQLYLSEK DYPPGYAFDV EAMNFPTSGL SFAGLVSMID PPRATVPDAV LKCRTAGIRV IMVTGDHPIT AKAIAAS VG IISEGSETVE DIAARLRVPV DQVNRKDARA CVINGMQLKD MDPSELVEAL RTHPEMVFAR TSPQQKLVIV ESCQRLGA I VAVTGDGVND SPALKKADIG VAMGIAGSDA AKNAADMILL DDNFASIVTG VEQGRLIFDN LKKSIAYTLT KNIPELTPY LIYITVSVPL PLGCITILFI ELCTDIFPSV SLAYEKAESD IMHLRPRNPK RDRLVNEPLA AYSYFQIGAI QSFAGFTDYF TAMAQEGWF PLLCVGLRPQ WENHHLQDLQ DSYGQEWTFG QRLYQQYTCY TVFFISIEMC QIADVLIRKT RRLSAFQQGF F RNRILVIA IVFQVCIGCF LCYCPGMPNI FNFMPIRFQW WLVPMPFGLL IFVYDEIRKL GVRCCPGSWW DQELYY |
-分子 #2: Potassium-transporting ATPase subunit beta
分子 | 名称: Potassium-transporting ATPase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pig (ブタ) / 組織: stomach |
分子量 | 理論値: 33.113844 KDa |
配列 | 文字列: MAALQEKKSC SQRMEEFQRY CWNPDTGQML GRTLSRWVWI SLYYVAFYVV MSGIFALCIY VLMRTIDPYT PDYQDQLKSP GVTLRPDVY GEKGLDISYN VSDSTTWAGL AHTLHRFLAG YSPAAQEGSI NCTSEKYFFQ ESFLAPNHTK FSCKFTADML Q NCSGRPDP ...文字列: MAALQEKKSC SQRMEEFQRY CWNPDTGQML GRTLSRWVWI SLYYVAFYVV MSGIFALCIY VLMRTIDPYT PDYQDQLKSP GVTLRPDVY GEKGLDISYN VSDSTTWAGL AHTLHRFLAG YSPAAQEGSI NCTSEKYFFQ ESFLAPNHTK FSCKFTADML Q NCSGRPDP TFGFAEGKPC FIIKMNRIVK FLPGNSTAPR VDCAFLDQPR DGPPLQVEYF PANGTYSLHY FPYYGKKAQP HY SNPLVAA KLLNVPRNRD VVIVCKILAE HVSFDNPHDP YEGKVEFKLK IQK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 2D array |
-試料調製
濃度 | 6.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 4.8 |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN / 装置: LEICA KF80 |
詳細 | This sample is 2D crystal. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL KYOTO-3000SFF |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / 平均電子線量: 8.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / カメラ長: 1500 mm |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / ソフトウェア - 名称: MRC |
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結晶パラメータ | 単位格子 - A: 142.6 Å / 単位格子 - B: 112.0 Å / 単位格子 - C: 320 Å / 単位格子 - C sampling length: 320 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 面群: P 2 21 21 |
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: MRC |
Crystallography statistics | Number intensities measured: 59212 / Number structure factors: 4974 / Fourier space coverage: 47.1 / R sym: 0.469 / R merge: 0.469 / Overall phase error: 33.1 / Overall phase residual: 33.1 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 6.5 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 6.5 Å / 殻 - Low resolution: 200.0 Å / 殻 - Number structure factors: 4974 / 殻 - Phase residual: 33.1 / 殻 - Fourier space coverage: 47.1 / 殻 - Multiplicity: 11.9 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-5y0b: |