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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6345 | |||||||||
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タイトル | Structure of alpha-1 glycine receptor by single particle electron cryo-microscopy, glycine-bound state | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of zebra fish alpha1 glycine receptor, glycine-bound state | |||||||||
試料 |
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キーワード | activation / inhibition / modulation / cys loop receptor / glycine / strychnine / ivermectin | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / transmitter-gated monoatomic ion channel activity / extracellularly glycine-gated ion channel activity / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / cellular response to ethanol / cellular response to zinc ion / regulation of neuron differentiation / neurotransmitter receptor activity / glycine binding / chloride channel complex ...Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / transmitter-gated monoatomic ion channel activity / extracellularly glycine-gated ion channel activity / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / cellular response to ethanol / cellular response to zinc ion / regulation of neuron differentiation / neurotransmitter receptor activity / glycine binding / chloride channel complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane transporter complex / response to amino acid / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / central nervous system development / cellular response to amino acid stimulus / transmembrane signaling receptor activity / perikaryon / postsynaptic membrane / neuron projection / dendrite / synapse / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Du J / Lu W / Wu SP / Cheng YF / Gouaux E | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2015 タイトル: Glycine receptor mechanism elucidated by electron cryo-microscopy. 著者: Juan Du / Wei Lü / Shenping Wu / Yifan Cheng / Eric Gouaux / 要旨: The strychnine-sensitive glycine receptor (GlyR) mediates inhibitory synaptic transmission in the spinal cord and brainstem and is linked to neurological disorders, including autism and hyperekplexia. ...The strychnine-sensitive glycine receptor (GlyR) mediates inhibitory synaptic transmission in the spinal cord and brainstem and is linked to neurological disorders, including autism and hyperekplexia. Understanding of molecular mechanisms and pharmacology of glycine receptors has been hindered by a lack of high-resolution structures. Here we report electron cryo-microscopy structures of the zebrafish α1 GlyR with strychnine, glycine, or glycine and ivermectin (glycine/ivermectin). Strychnine arrests the receptor in an antagonist-bound closed ion channel state, glycine stabilizes the receptor in an agonist-bound open channel state, and the glycine/ivermectin complex adopts a potentially desensitized or partially open state. Relative to the glycine-bound state, strychnine expands the agonist-binding pocket via outward movement of the C loop, promotes rearrangement of the extracellular and transmembrane domain 'wrist' interface, and leads to rotation of the transmembrane domain towards the pore axis, occluding the ion conduction pathway. These structures illuminate the GlyR mechanism and define a rubric to interpret structures of Cys-loop receptors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6345.map.gz | 40.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6345-v30.xml emd-6345.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6345.gif 80_6345.gif | 70.7 KB 5.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6345 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6345 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6345_validation.pdf.gz | 381.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6345_full_validation.pdf.gz | 381.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6345_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6345 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6345 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6345.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of zebra fish alpha1 glycine receptor, glycine-bound state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2156 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Zebra fish alpha-1 glycine receptor bound with glycine
全体 | 名称: Zebra fish alpha-1 glycine receptor bound with glycine |
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要素 |
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-超分子 #1000: Zebra fish alpha-1 glycine receptor bound with glycine
超分子 | 名称: Zebra fish alpha-1 glycine receptor bound with glycine タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: pentamer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 200 KDa / 理論値: 200 KDa |
-分子 #1: alpha1 glycine receptor
分子 | 名称: alpha1 glycine receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: alpha1 GlyR / コピー数: 1 / 集合状態: pentamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 別称: zebra fish / 細胞中の位置: plasma membrane |
分子量 | 実験値: 200 KDa / 理論値: 200 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換細胞: sf9 |
配列 | UniProtKB: Glycine receptor, alpha 1 / InterPro: Glycine receptor alpha1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, 1 mM C12M, 10 mM glycine |
グリッド | 詳細: 200 mesh copper 1.2/1.3 Quantifoil carbon grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 3.5 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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日付 | 2014年12月8日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 1460 / 平均電子線量: 44 e/Å2 詳細: Gatan K2 Summit in super-resolution counting mode. Motion correction as described in Li et al. (2013) Nature Methods. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Movies were aligned using motioncorr. Image processing was done using Relion. |
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CTF補正 | 詳細: each particle |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion 詳細: Particle picking, 2D classification, 3D classification, refinement, and reconstruction were done using Relion. 使用した粒子像数: 37094 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | The model (3RHW) was fit into the density map using UCSF Chimera. Further de novo model building was done using COOT. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-3jae: |