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- EMDB-62312: The cryoEM map of the hetero-octameric BLOC-one-related complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62312
タイトルThe cryoEM map of the hetero-octameric BLOC-one-related complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Octamer of BORCS1-8
    • タンパク質・ペプチド: BLOC-1 Related Complex subunit 1 (BORCS1)
    • タンパク質・ペプチド: BLOC-1 Related Complex subunit 2 (BORCS2)
    • タンパク質・ペプチド: BLOC-1 Related Complex subunit 3 (BORCS3)
    • タンパク質・ペプチド: BLOC-1 Related Complex subunit 4 (BORCS4)
    • タンパク質・ペプチド: BLOC-1 Related Complex subunit 5 (BORCS5)
    • タンパク質・ペプチド: BLOC-1 Related Complex subunit 6 (BORCS6)
    • タンパク質・ペプチド: BLOC-1 Related Complex subunit 7 (BORCS7)
    • タンパク質・ペプチド: BLOC-1 Related Complex subunit 8 (BORCS8)
キーワードlyososme binding / LIPID BINDING PROTEIN
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.8 Å
データ登録者Ge X / Feng W
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: The structure and assembly of the hetero-octameric BLOC-one-related complex.
著者: Xuan Ge / Jinqi Ren / Kewei Gu / Weibin Gong / Kang Shen / Wei Feng /
要旨: BORC (BLOC-one-related complex) is a hetero-octameric complex, consisting of eight coiled-coil proteins (BORCS1-8). BORC controls lysosomal and synaptic vesicle transport and positioning by ...BORC (BLOC-one-related complex) is a hetero-octameric complex, consisting of eight coiled-coil proteins (BORCS1-8). BORC controls lysosomal and synaptic vesicle transport and positioning by recruiting ARL8. The structural mechanisms underlying BORC assembly and ARL8 activation remain unclear. Here, we reconstitute and construct the structural model of this hetero-octameric complex. We find that BORC adopts an extended, rod-like structure made of coiled coils. Two hemicomplexes, each containing four subunits, are joined end-to-end to form the holocomplex. Within each hemicomplex, BORCS1/4/6/8 or BORCS2/3/5/7 assembles into similar helical bundles. We further study how BORC is built and discover a hierarchical assembly process in which BORCS1/2/3/5 forms the core scaffold and recruits other subunits. Mutations in the inter-hemicomplex interfaces result in two hemicomplexes. The association of ARL8 may require the proper assembly of BORC and is primarily mediated by BORCS5. These results provide guidance for further understanding of the biology of BORC.
履歴
登録2024年11月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62312.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62312.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.8 Å/pix.
x 480 pix.
= 384. Å		0.8 Å/pix.
x 480 pix.
= 384. Å		0.8 Å/pix.
x 480 pix.
= 384. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.219
最小 - 最大-1.503585 - 1.4278548
平均 (標準偏差)0.0005136476 (±0.030021686)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 384.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62312_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62312_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62312_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Octamer of BORCS1-8

全体名称: Octamer of BORCS1-8
要素
  • 複合体: Octamer of BORCS1-8
    • タンパク質・ペプチド: BLOC-1 Related Complex subunit 1 (BORCS1)
    • タンパク質・ペプチド: BLOC-1 Related Complex subunit 2 (BORCS2)
    • タンパク質・ペプチド: BLOC-1 Related Complex subunit 3 (BORCS3)
    • タンパク質・ペプチド: BLOC-1 Related Complex subunit 4 (BORCS4)
    • タンパク質・ペプチド: BLOC-1 Related Complex subunit 5 (BORCS5)
    • タンパク質・ペプチド: BLOC-1 Related Complex subunit 6 (BORCS6)
    • タンパク質・ペプチド: BLOC-1 Related Complex subunit 7 (BORCS7)
    • タンパク質・ペプチド: BLOC-1 Related Complex subunit 8 (BORCS8)

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超分子 #1: Octamer of BORCS1-8

超分子名称: Octamer of BORCS1-8 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 130 KDa

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分子 #1: BLOC-1 Related Complex subunit 1 (BORCS1)

分子名称: BLOC-1 Related Complex subunit 1 (BORCS1) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
配列文字列:
MLKEHSKKQH LRREVQEKLK NEAIVAAQTL STAVVDHLNA KVAQAYGNQK RLDVEAKRFE NNSAALAKQT EQWLFITEGL NYALKEIGDV ENWSKTIEND MKIITETLRR AYEAKNPPLP PNQANPASH

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分子 #2: BLOC-1 Related Complex subunit 2 (BORCS2)

分子名称: BLOC-1 Related Complex subunit 2 (BORCS2) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
配列文字列:
MAEINERAST SSPPVPSTPA PVPHIRQLAD NMTDKVGQFF QHQLEGSIEE YKLLETMNNT TAQRYVDMKV VAEKVAGKLD NLNQKYENLR PYLSQIDAMD ESTRRLEEAT AVLENYVTQL ESKLTNIQQQ SQ

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分子 #3: BLOC-1 Related Complex subunit 3 (BORCS3)

分子名称: BLOC-1 Related Complex subunit 3 (BORCS3) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
配列文字列:
MSSTAGGEVS INSGDLLLGT LSTSITKLEQ QIRATQLSQK KLNSDCETMA EYLRDLSEYK QPVDLLPYVG KLNDSTIRVN NTHQKLDDLL ERLTKLQRQI ARETYKKKNS IKEQEPPVQP EN

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分子 #4: BLOC-1 Related Complex subunit 4 (BORCS4)

分子名称: BLOC-1 Related Complex subunit 4 (BORCS4) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
配列文字列:
MAEKNHQQQE RLPGNPFFPS RSNAGSSFDM PETPHLIDSL TSQIDEFTIQ SIIDTQRQSL KRFEKTNEML MNCAQLGDRR IEKAKRDSVG HKETILQMKT DLEFIFKKIR MFKTVLSSKY PEVYAEVSAE LTPKRSEEDE

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分子 #5: BLOC-1 Related Complex subunit 5 (BORCS5)

分子名称: BLOC-1 Related Complex subunit 5 (BORCS5) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
配列文字列: MGNEQSSSTA GTSSNPQNQQ SSFSFLTRAS TKRSKGIITV KDGNIPQEKL EDDEIYKRFT EIPRFLPVIP AVIGKRDPQT NQGASYTHQK ISSRPFFRLA TRLQEHFAVN AKAVAADQAK IPATCKSVEA KMIRLIEETR AHKEQHDGFM AALSGLNQLH DDICSIQIIL ...文字列:
MGNEQSSSTA GTSSNPQNQQ SSFSFLTRAS TKRSKGIITV KDGNIPQEKL EDDEIYKRFT EIPRFLPVIP AVIGKRDPQT NQGASYTHQK ISSRPFFRLA TRLQEHFAVN AKAVAADQAK IPATCKSVEA KMIRLIEETR AHKEQHDGFM AALSGLNQLH DDICSIQIIL EDIVPMVETL NEILTPDERL PPLNLGSVLD RSPVPSSDSS LQSTPRHNQN IGHIDQIEPI EEIRVVDLPK

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分子 #6: BLOC-1 Related Complex subunit 6 (BORCS6)

分子名称: BLOC-1 Related Complex subunit 6 (BORCS6) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
配列文字列:
MSTSTESPDT PTTSQPLLSN KQTSFVVDDL EERIRESARI SSPKRAAAAG LPDPKILVDL ETHTKEIVNN MDTMLRDMRG SLHGMSDLTL ESLQCYNSGV EKACDEADAN VKSTYAMLAK VEEVNQSMGN VQKLAGQIKE MRRLVELFET LFHGSLK

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分子 #7: BLOC-1 Related Complex subunit 7 (BORCS7)

分子名称: BLOC-1 Related Complex subunit 7 (BORCS7) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
配列文字列:
MSISLESKTK LPQKILEIIT DGSALLSIPM SSSQASETLL TSAKQFSHVE QVIDNTDKLL REIEQMVDGV TKNAEDMEKG LDIVCDVQEC LQKVERQNYY SAVPKSFSAD SFSSSVAGER PNPPNN

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分子 #8: BLOC-1 Related Complex subunit 8 (BORCS8)

分子名称: BLOC-1 Related Complex subunit 8 (BORCS8) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
配列文字列:
MPDPSSTPNR TREIESRSRI ISERICESVR LLDNEPSLAL YRLQEHTVRS LPGLVNRRIM LTQQSATLSG AQFDLENTLS TTTSMQNATS AFDNCIELLR NCMFYKQQLD FDSTRKATSS AESSTVKGRS KSLHNVATRV HSTEASTSND A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 0.15 M / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: sodium chloride
グリッドモデル: C-flat-1/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 53274
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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