EMDB-61092: Cryo-electron tomography of optogenetically-induced lamellipodia

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-61092

タイトル

Cryo-electron tomography of optogenetically-induced lamellipodia

マップデータ

試料

細胞: lamellipodia in COS-7 cells

キーワード

actin cytoskeleton / plasma membrane / lamellipodia / STRUCTURAL PROTEIN

生物種

Chlorocebus aethiops (ミドリザル)

手法

電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法

データ登録者

Inaba H / Imasaki T / Aoyama K / Yoshihara S / Takazaki H / Kato T / Goto H / Mitsuoka K / Nitta R / Nakata T

資金援助

日本, 13件

Organization	Grant number	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21H05254	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18K19328	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	18K15002	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K16105	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	22K06219	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	22K06809	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	22K20680ZA	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	23K14178ZA	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	23K23823	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	23K06674	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP21gm161003	日本
Japan Science and Technology	JPMJFR214K	日本
Japan Science and Technology	JPMJMS2024	日本

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Cryo-electron tomography of the actin cytoskeleton and membrane organization during lamellipodia formation using optogenetics.
著者: Inaba H / Imasaki T / Aoyama K / Yoshihara S / Takazaki H / Kato T / Goto H / Mitsuoka K / Nitta R / Nakata T

履歴

登録	2024年8月6日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年9月4日	-
マップ公開	2024年9月4日	-
更新	2024年9月4日	-
現状	2024年9月4日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_61092.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_61092.map.gz	527.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-61092-v30.xml emd-61092.xml	11.4 KB 11.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_61092.png	209.4 KB
Filedesc metadata	emd-61092.cif.gz	3.8 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-61092 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-61092	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_61092_validation.pdf.gz	411.1 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_61092_full_validation.pdf.gz	410.6 KB	表示
XML形式データ	emd_61092_validation.xml.gz	5.2 KB	表示
CIF形式データ	emd_61092_validation.cif.gz	5.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-61092 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-61092	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	61088C 61091C 61093C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_61092.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 568.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	14.85 Å/pix. x 152 pix. = 2256.957 Å	14.85 Å/pix. x 969 pix. = 14388.1 Å	14.85 Å/pix. x 1012 pix. = 15026.581 Å
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 14.8484 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

最小 - 最大	-1156.427400000000034 - 935.874270000000024
平均 (標準偏差)	5.3057237 (±48.238129999999998)

対称性

空間群: 1

詳細

-
全体 : lamellipodia in COS-7 cells

全体	名称: lamellipodia in COS-7 cells
要素	細胞: lamellipodia in COS-7 cells

-
超分子 #1: lamellipodia in COS-7 cells

超分子	名称: lamellipodia in COS-7 cells / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: PA-Rac1 induced lamellipodia
由来(天然)	生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 器官: kidney

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	電子線トモグラフィー法
試料の集合状態	cell

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE
切片作成	その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカー	Manufacturer: SIGMA-Aldrich / 直径: 20 nm

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
特殊光学系	位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.44 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.11.24) / 使用した粒子像数: 62

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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