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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-60959 | |||||||||
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タイトル | Salmonella enterica serovar Typhimurium FliC(G426A)delta(204-292) forming the L-type straight filament | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | flagellin / tail / flagella / filament / MOTOR PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TLR5 cascade / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / NFkB and MAPK activation mediated by TRAF6 / The IPAF inflammasome / bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.08 Å | |||||||||
データ登録者 | Waraich K / Makino F / Miyata T / Kinoshita M / Minamino T / Namba K | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Salmonella enterica serovar Typhimurium FliC(G426A)delta(204-292) forming the L-type straight filament 著者: Waraich K / Makino F / Miyata T / Kinoshita M / Minamino T / Namba K | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_60959.map.gz | 37.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-60959-v30.xml emd-60959.xml | 16.7 KB 16.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_60959_fsc.xml | 9.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_60959.png | 73.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-60959.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_60959_half_map_1.map.gz emd_60959_half_map_2.map.gz | 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60959 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-60959 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_60959_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_60959_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_60959_validation.xml.gz | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_60959_validation.cif.gz | 23.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-60959 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-60959 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9iwqMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_60959.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.87 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_60959_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_60959_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Salmonella enterica serovar Typhimurium FliC(G426A)delta(204-292)...
全体 | 名称: Salmonella enterica serovar Typhimurium FliC(G426A)delta(204-292) forming the L-type straight filament |
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要素 |
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-超分子 #1: Salmonella enterica serovar Typhimurium FliC(G426A)delta(204-292)...
超分子 | 名称: Salmonella enterica serovar Typhimurium FliC(G426A)delta(204-292) forming the L-type straight filament タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) |
-分子 #1: Flagellin
分子 | 名称: Flagellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 42.587551 KDa |
組換発現 | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) |
配列 | 文字列: AQVINTNSLS LLTQNNLNKS QSALGTAIER LSSGLRINSA KDDAAGQAIA NRFTANIKGL TQASRNANDG ISIAQTTEGA LNEINNNLQ RVRELAVQSA NSTNSQSDLD SIQAEITQRL NEIDRVSGQT QFNGVKVLAQ DNTLTIQVGA NDGETIDIDL K QINSQTLG ...文字列: AQVINTNSLS LLTQNNLNKS QSALGTAIER LSSGLRINSA KDDAAGQAIA NRFTANIKGL TQASRNANDG ISIAQTTEGA LNEINNNLQ RVRELAVQSA NSTNSQSDLD SIQAEITQRL NEIDRVSGQT QFNGVKVLAQ DNTLTIQVGA NDGETIDIDL K QINSQTLG LDTLNVQQKY KVSDTAATVT GYADTTIALD NSTFKAALTA AGVTGTASVV KMSYTDNNGK TIDGGLAVKV GD DYYSATQ NKDGSISINT TKYTADDGTS KTALNKLGGA DGKTEVVSIG GKTYAASKAE GHNFKAQPDL AEAAATTTEN PLQ KIDAAL AQVDTLRSDL AAVQNRFNSA ITNLGNTVNN LTSARSRIED SDYATEVSNM SRAQILQQAG TSVLAQANQV PQNV LSLLR UniProtKB: Flagellin |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN |