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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of the ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon)ri state2 | |||||||||
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![]() | Complex / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Dectin-2 family / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated NF-kB activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / serotonin secretion / GPVI-mediated activation cascade / Cell surface interactions at the vascular wall ...Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Dectin-2 family / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated NF-kB activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / serotonin secretion / GPVI-mediated activation cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / T cell differentiation involved in immune response / negative regulation of mast cell apoptotic process / high-affinity IgE receptor activity / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / Fc-gamma receptor III complex / mast cell apoptotic process / mast cell activation / FCERI mediated MAPK activation / serotonin secretion by platelet / positive regulation of interleukin-3 production / eosinophil degranulation / neutrophil activation involved in immune response / positive regulation of mast cell cytokine production / Fc-gamma receptor signaling pathway / positive regulation of mast cell degranulation / regulation of platelet activation / positive regulation of type III hypersensitivity / IgE binding / positive regulation of type IIa hypersensitivity / type 2 immune response / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of protein localization to cell surface / : / leukotriene biosynthetic process / positive regulation of type I hypersensitivity / interleukin-3-mediated signaling pathway / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / IgG binding / Neutrophil degranulation / mast cell degranulation / phagocytosis, engulfment / positive regulation of interleukin-4 production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-10 production / regulation of immune response / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of calcium-mediated signaling / neutrophil chemotaxis / SH2 domain binding / B cell differentiation / osteoclast differentiation / protein localization to plasma membrane / establishment of localization in cell / integrin-mediated signaling pathway / phosphoprotein binding / B cell receptor signaling pathway / calcium-mediated signaling / receptor internalization / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of interleukin-6 production / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immune response / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / endosome / cell surface receptor signaling pathway / defense response to bacterium / immune response / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / innate immune response / protein kinase binding / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å | |||||||||
![]() | Du S / Deng MJ / Xiao JY | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon)ri state2 著者: Du S / Deng MJ / Xiao JY | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 118.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 19.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 866.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 865.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8zgsMC ![]() 8zgtC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.95 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_60089_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_60089_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon)ri
全体 | 名称: ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon)ri |
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要素 |
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-超分子 #1: ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon)ri
超分子 | 名称: ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon)ri タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha
分子 | 名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 27.83016 KDa |
配列 | 文字列: MDTGGSARLC LALVLISLGV MLTATQKSVV SLDPPWIRIL TGDKVTLICN GNNSSQMNST KWIHNDSISN VKSSHWVIVS ATIQDSGKY ICQKQGFYKS KPVYLNVMQE WLLLQSSADV VLDNGSFDIR CRSWKKWKVH KVIYYKDDIA FKYSYDSNNI S IRKATFND ...文字列: MDTGGSARLC LALVLISLGV MLTATQKSVV SLDPPWIRIL TGDKVTLICN GNNSSQMNST KWIHNDSISN VKSSHWVIVS ATIQDSGKY ICQKQGFYKS KPVYLNVMQE WLLLQSSADV VLDNGSFDIR CRSWKKWKVH KVIYYKDDIA FKYSYDSNNI S IRKATFND SGSYHCTGYL NKVECKSDKF SIAVVKDYTI EYRWLQLIFP SLAVILFAVD TGLWFSTHKQ FESILKIQKT GK GKKKG UniProtKB: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha |
-分子 #2: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta
分子 | 名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 26.747752 KDa |
配列 | 文字列: MDTENKSRAD LALPNPQESP SAPDIELLEA SPPAKALPEK PASPPPQQTW QSFLKKELEF LGVTQVLVGL ICLCFGTVVC STLQTSDFD DEVLLLYRAG YPFWGAVLFV LSGFLSIMSE RKNTLYLVRG SLGANIVSSI AAGLGIAILI LNLSNNSAYM N YCKDITED ...文字列: MDTENKSRAD LALPNPQESP SAPDIELLEA SPPAKALPEK PASPPPQQTW QSFLKKELEF LGVTQVLVGL ICLCFGTVVC STLQTSDFD DEVLLLYRAG YPFWGAVLFV LSGFLSIMSE RKNTLYLVRG SLGANIVSSI AAGLGIAILI LNLSNNSAYM N YCKDITED DGCFVTSFIT ELVLMLLFLT ILAFCSAVLL IIYRIGQEFE RSKVPDDRLY EELHVYSPIY SALEDTREAS AP VVS UniProtKB: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta |
-分子 #3: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma
分子 | 名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 9.774509 KDa |
配列 | 文字列: MIPAVILFLL LLVEEAAALG EPQLCYILDA ILFLYGIVLT LLYCRLKIQV RKADIASREK SDAVYTGLNT RNQETYETLK HEKPPQ UniProtKB: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma |
-分子 #4: Immunoglobulin heavy constant epsilon
分子 | 名称: Immunoglobulin heavy constant epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 43.155809 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSVPTQVLGL LLLWLTDARC DIARPVNITK PTVDLLHSSC DPNAFHSTIQ LYCFVYGHIQ NDVSIHWLMD DRKIYETHAQ NVLIKEEGK LASTYSRLNI TQQQWMSEST FTCKVTSQGE NYWAHTRRCS DDEPRGVITY LIPPSPLDLY ENGTPKLTCL V LDLESEEN ...文字列: MSVPTQVLGL LLLWLTDARC DIARPVNITK PTVDLLHSSC DPNAFHSTIQ LYCFVYGHIQ NDVSIHWLMD DRKIYETHAQ NVLIKEEGK LASTYSRLNI TQQQWMSEST FTCKVTSQGE NYWAHTRRCS DDEPRGVITY LIPPSPLDLY ENGTPKLTCL V LDLESEEN ITVTWVRERK KSIGSASQRS TKHHNATTSI TSILPVDAKD WIEGEGYQCR VDHPHFPKPI VRSITKAPGK RS APEVYVF LPPEEEEKDK RTLTCLIQNF FPEDISVQWL QDSKLIPKSQ HSTTTPLKYN GSNQRFFIFS RLEVTKALWT QTK QFTCRV IHEALREPRK LERTISKSLG NTSLRPSQAS MHHHHHHSRV DYKDDDDK UniProtKB: Immunoglobulin heavy constant epsilon |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 5 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-分子 #8: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-Y01: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 280787 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |