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- PDB-5zuf: Fit R10 Fab coordinates into the cryo-EM of EV71 in complex with A9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zuf
タイトルFit R10 Fab coordinates into the cryo-EM of EV71 in complex with A9
要素
  • Capsid protein VP1
  • R10 ANTIBODY HEAVY CHAIN
  • R10 ANTIBODY LIGHT CHAIN
  • VP2
  • VP3
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / EV71 neutralizing Fab / A9 antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
Mus musculoides (ネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å
データ登録者Wang, X. / Zhu, L. / Wang, N.
引用ジャーナル: mBio / 年: 2018
タイトル: Neutralization Mechanisms of Two Highly Potent Antibodies against Human Enterovirus 71.
著者: Ling Zhu / Kangwei Xu / Nan Wang / Lei Cao / Junlan Wu / Qiang Gao / Elizabeth E Fry / David I Stuart / Zihe Rao / Junzhi Wang / Xiangxi Wang /
要旨: Despite significant advances in health care, outbreaks of infections by enteroviruses (EVs) continue to plague the Asia-Pacific region every year. Enterovirus 71 (EV71) causes hand-foot-and-mouth ...Despite significant advances in health care, outbreaks of infections by enteroviruses (EVs) continue to plague the Asia-Pacific region every year. Enterovirus 71 (EV71) causes hand-foot-and-mouth disease (HFMD), for which there are currently no therapeutics. Here, we report two new antibodies, A9 and D6, that potently neutralize EV71. A9 exhibited a 50% neutralizing concentration (neut) value of 0.1 nM against EV71, which was 10-fold lower than that observed for D6. Investigation into the mechanisms of neutralization revealed that binding of A9 to EV71 blocks receptor binding but also destabilizes and damages the virus capsid structure. In contrast, D6 destabilizes the capsid only slightly but interferes more potently with the attachment of the virus to the host cells. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of A9 and D6 bound with EV71 shed light on the locations and nature of the epitopes recognized by the two antibodies. Although some regions of the epitopes recognized by the two antibodies overlap, there are differences that give rise to dissimilarities in potency as well as in the mechanisms of neutralization. Interestingly, the overlapping regions of the epitopes encompass the site that the virus uses to bind SCARB2, explaining the reason for the observed blocking of the virus-receptor interaction by the two antibodies. We also identified structural elements that might play roles in modulating the stability of the EV71 particles, including particle integrity. The molecular features of the A9 and D6 epitopes unveiled in this study open up new avenues for rationally designing antiviral drugs. During the course of viral infections, the human body produces neutralizing antibodies which play a defining role in clearing the virus. From this study, we report two new, highly potent neutralizing antibodies, A9 and D6, against enterovirus 71 (EV71), the causative agent of HFMD. Both antibodies prevent the virus from entering the host cell, a step that is important for establishing a successful infection. A9 destabilizes and damages the virus capsid that forms an outer protective covering around the genome of the virus, while also interfering with virus attachment to the host cells. In contrast, D6 only prevents binding of the virus to its receptor(s). The mechanism of neutralization of A9 is unique and has not been observed before for neutralizing antibodies targeting EVs. The two antibodies that we are reporting in this study have potential to be developed into much-needed therapeutic interventions for treatment of HFMD, outbreaks of which are reported every year in the Asia-Pacific region.
履歴
登録2018年5月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6964
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6964
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: VP2
C: VP3
D: R10 ANTIBODY LIGHT CHAIN
E: R10 ANTIBODY HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,0865
ポリマ－133,0865
非ポリマー00
水00
1
A: Capsid protein VP1
B: VP2
C: VP3
D: R10 ANTIBODY LIGHT CHAIN
E: R10 ANTIBODY HEAVY CHAIN
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,985,134300
ポリマ－7,985,134300
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
A: Capsid protein VP1
B: VP2
C: VP3
D: R10 ANTIBODY LIGHT CHAIN
E: R10 ANTIBODY HEAVY CHAIN
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 665 kDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)665,42825
ポリマ－665,42825
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
A: Capsid protein VP1
B: VP2
C: VP3
D: R10 ANTIBODY LIGHT CHAIN
E: R10 ANTIBODY HEAVY CHAIN
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 799 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)798,51330
ポリマ－798,51330
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein VP1


分子量: 32787.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
細胞株 (発現宿主): VERO / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: G5CUH3
#2: タンパク質 VP2


分子量: 26874.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
細胞株 (発現宿主): VERO / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: A0A1P8LK26, UniProt: E0WWC7*PLUS
#3: タンパク質 VP3


分子量: 26468.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
細胞株 (発現宿主): VERO / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: W8XVT2
#4: 抗体 R10 ANTIBODY LIGHT CHAIN


分子量: 23283.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculoides (ネズミ) / 細胞株 (発現宿主): BONE MARROW HYBRIDOMA CELL / 発現宿主: Mus musculoides (ネズミ)
#5: 抗体 R10 ANTIBODY HEAVY CHAIN


分子量: 23671.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculoides (ネズミ) / 細胞株 (発現宿主): BONE MARROW HYBRIDOMA CELL / 発現宿主: Mus musculoides (ネズミ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of EV71 and A9 neutralizing antibody FabCOMPLEXall0RECOMBINANT
2EV71COMPLEX#1-#31RECOMBINANT
3A9 neutralizing antibody FabCOMPLEX#4-#51RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Enterovirus A71 (エンテロウイルス)39054
23Mus musculoides (ネズミ)60742
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Chlorocebus aethiops (ミドリザル)9534
23Mus musculoides (ネズミ)60742
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1100 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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