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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5y5z | |||||||||
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タイトル | V/A-type ATPase/synthase from Thermus thermophilus, rotational state 2 | |||||||||
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![]() | MOTOR PROTEIN / ATP synthase / proton pump / V-ATPase / Bioenergetics | |||||||||
機能・相同性 | ![]() proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting ATP synthase complex / plant-type vacuole / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / fungal-type vacuole membrane / H+-transporting two-sector ATPase / phagocytic vesicle ...proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting ATP synthase complex / plant-type vacuole / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / fungal-type vacuole membrane / H+-transporting two-sector ATPase / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATPase binding / lysosomal membrane / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å | |||||||||
![]() | Nakanishi, A. / Kishikawa, J. / Tamakoshi, M. / Mitsuoka, K. / Yokoyama, K. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo EM structure of intact rotary H-ATPase/synthase from Thermus thermophilus. 著者: Atsuko Nakanishi / Jun-Ichi Kishikawa / Masatada Tamakoshi / Kaoru Mitsuoka / Ken Yokoyama / ![]() 要旨: Proton translocating rotary ATPases couple ATP hydrolysis/synthesis, which occurs in the soluble domain, with proton flow through the membrane domain via a rotation of the common central rotor ...Proton translocating rotary ATPases couple ATP hydrolysis/synthesis, which occurs in the soluble domain, with proton flow through the membrane domain via a rotation of the common central rotor complex against the surrounding peripheral stator apparatus. Here, we present a large data set of single particle cryo-electron micrograph images of the V/A type H-rotary ATPase from the bacterium Thermus thermophilus, enabling the identification of three rotational states based on the orientation of the rotor subunit. Using masked refinement and classification with signal subtractions, we obtain homogeneous reconstructions for the whole complexes and soluble V domains. These reconstructions are of higher resolution than any EM map of intact rotary ATPase reported previously, providing a detailed molecular basis for how the rotary ATPase maintains structural integrity of the peripheral stator apparatus, and confirming the existence of a clear proton translocation path from both sides of the membrane. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 701.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 428.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-V-type ATP synthase ... , 7種, 12分子 ABCDEFGHJLMN
#1: タンパク質 | 分子量: 63699.980 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 53219.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 24715.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 11294.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 20699.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | | 分子量: 35968.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #8: タンパク質 | | 分子量: 72204.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-V-type ATP synthase, subunit ... , 2種, 14分子 IKOPQRSTUVWXYZ
#5: タンパク質 | 分子量: 13166.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 9841.714 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 1種, 2分子 ![](data/chem/img/ADP.gif)
#10: 化合物 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: V/A-type ATPase/synthase from Thermus thermophilus, rotational state 2. タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.65 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.027 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 26 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 7 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30802 / 対称性のタイプ: POINT |