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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nil | |||||||||
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タイトル | Structure of the MacAB-TolC ABC-type tripartite multidrug efflux pump-MacB section | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / drug efflux pump / multi-drug resistance / macrolide transporter / toxin transporter | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 polymyxin transport / polymyxin transmembrane transporter activity / MacAB-TolC complex / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / periplasmic side of plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane ...polymyxin transport / polymyxin transmembrane transporter activity / MacAB-TolC complex / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / periplasmic side of plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / ABC-type xenobiotic transporter activity / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / bile acid and bile salt transport / porin activity / extrinsic component of membrane / efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / cell outer membrane / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / monoatomic ion transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Fitzpatrick, A.W.P. / Llabres, S. / Neuberger, A. / Blaza, J.N. / Bai, X.-C. / Okada, U. / Murakami, S. / van Veen, H.W. / Zachariae, U. / Scheres, S.H.W. ...Fitzpatrick, A.W.P. / Llabres, S. / Neuberger, A. / Blaza, J.N. / Bai, X.-C. / Okada, U. / Murakami, S. / van Veen, H.W. / Zachariae, U. / Scheres, S.H.W. / Luisi, B.F. / Du, D. | |||||||||
資金援助 | 英国, 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017 タイトル: Structure of the MacAB-TolC ABC-type tripartite multidrug efflux pump. 著者: Anthony W P Fitzpatrick / Salomé Llabrés / Arthur Neuberger / James N Blaza / Xiao-Chen Bai / Ui Okada / Satoshi Murakami / Hendrik W van Veen / Ulrich Zachariae / Sjors H W Scheres / Ben F Luisi / Dijun Du / 要旨: The MacA-MacB-TolC assembly of Escherichia coli is a transmembrane machine that spans the cell envelope and actively extrudes substrates, including macrolide antibiotics and polypeptide virulence ...The MacA-MacB-TolC assembly of Escherichia coli is a transmembrane machine that spans the cell envelope and actively extrudes substrates, including macrolide antibiotics and polypeptide virulence factors. These transport processes are energized by the ATPase MacB, a member of the ATP-binding cassette (ABC) superfamily. We present an electron cryo-microscopy structure of the ABC-type tripartite assembly at near-atomic resolution. A hexamer of the periplasmic protein MacA bridges between a TolC trimer in the outer membrane and a MacB dimer in the inner membrane, generating a quaternary structure with a central channel for substrate translocation. A gating ring found in MacA is proposed to act as a one-way valve in substrate transport. The MacB structure features an atypical transmembrane domain with a closely packed dimer interface and a periplasmic opening that is the likely portal for substrate entry from the periplasm, with subsequent displacement through an allosteric transport mechanism. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5nil.cif.gz | 828.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5nil.ent.gz | 690.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5nil.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5nil_validation.pdf.gz | 753.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5nil_full_validation.pdf.gz | 882.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5nil_validation.xml.gz | 122 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5nil_validation.cif.gz | 188 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/5nil ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/5nil | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52506.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: tolC, colE1-i, mtcB, mukA, refI, toc, weeA, b3035, JW5503 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02930 #2: タンパク質 | 分子量: 40715.746 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: macA, ybjY, b0878, JW0862 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P75830 #3: タンパク質 | 分子量: 71600.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: macB, ybjZ, b0879, JW0863 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P75831, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: MacAB-TolC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 5.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17154 / 対称性のタイプ: POINT |