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- PDB-5mq3: Structure of AaLS-neg -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mq3
タイトルStructure of AaLS-neg
要素6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
キーワードTRANSFERASE / cryo-EM / porous protein cage / tetrahedral symmetry / engineered lumazine synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lumazine synthase / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
類似検索 - ドメイン・相同性
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å
データ登録者Sasaki, E. / Boehringer, D. / Leibundgut, M. / Ban, N. / Hilvert, D.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-dG-2012-321295
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structure and assembly of scalable porous protein cages.
著者: Eita Sasaki / Daniel Böhringer / Michiel van de Waterbeemd / Marc Leibundgut / Reinhard Zschoche / Albert J R Heck / Nenad Ban / Donald Hilvert /
要旨: Proteins that self-assemble into regular shell-like polyhedra are useful, both in nature and in the laboratory, as molecular containers. Here we describe cryo-electron microscopy (EM) structures of ...Proteins that self-assemble into regular shell-like polyhedra are useful, both in nature and in the laboratory, as molecular containers. Here we describe cryo-electron microscopy (EM) structures of two versatile encapsulation systems that exploit engineered electrostatic interactions for cargo loading. We show that increasing the number of negative charges on the lumenal surface of lumazine synthase, a protein that naturally assembles into a ∼1-MDa dodecahedron composed of 12 pentamers, induces stepwise expansion of the native protein shell, giving rise to thermostable ∼3-MDa and ∼6-MDa assemblies containing 180 and 360 subunits, respectively. Remarkably, these expanded particles assume unprecedented tetrahedrally and icosahedrally symmetric structures constructed entirely from pentameric units. Large keyhole-shaped pores in the shell, not present in the wild-type capsid, enable diffusion-limited encapsulation of complementarily charged guests. The structures of these supercharged assemblies demonstrate how programmed electrostatic effects can be effectively harnessed to tailor the architecture and properties of protein cages.
履歴
登録2016年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_image_scans
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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  • マップデータ: EMDB-3543
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
AA: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
AB: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
AC: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
AD: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
AE: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
AF: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
AG: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
AH: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
AI: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
AJ: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
AK: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
AL: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
AM: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
AN: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
AO: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
BA: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
BB: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
BC: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
BD: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
BE: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
BF: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
BG: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
BH: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
BI: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
BJ: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
BK: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
BL: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
BM: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
BN: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
BO: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
CA: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
CB: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
CC: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
CD: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
CE: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
CF: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
CG: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
CH: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
CI: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
CJ: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
CK: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
CL: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
CM: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
CN: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
CO: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
DA: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
DB: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
DC: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
DD: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
DE: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
DF: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
DG: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
DH: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
DI: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
DJ: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
DK: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
DL: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
DM: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
DN: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
DO: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
EA: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
EB: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
EC: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ED: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
EE: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
EF: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
EG: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
EH: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
EI: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
EJ: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
EK: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
EL: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
EM: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
EN: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
EO: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
FA: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
FB: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
FC: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
FD: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
FE: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
FF: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
FG: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
FH: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
FI: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
FJ: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
FK: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
FL: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
FM: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
FN: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
FO: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
GA: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
GB: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
GC: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
GD: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
GE: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
GF: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
GG: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
GH: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
GI: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
GJ: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
GK: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
GL: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
GM: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
GN: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
GO: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
HA: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
HB: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
HC: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
HD: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
HE: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
HF: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
HG: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
HH: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
HI: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
HJ: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
HK: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
HL: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
HM: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
HN: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
HO: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
IA: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
IB: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
IC: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ID: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
IE: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
IF: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
IG: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
IH: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
II: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
IJ: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
IK: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
IL: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
IM: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
IN: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
IO: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
JA: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
JB: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
JC: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
JD: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
JE: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
JF: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
JG: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
JH: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
JI: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
JJ: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
JK: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
JL: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
JM: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
JN: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
JO: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
KA: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
KB: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
KC: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
KD: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
KE: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
KF: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
KG: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
KH: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
KI: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
KJ: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
KK: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
KL: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
KM: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
KN: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
KO: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
LA: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
LB: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
LC: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
LD: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
LE: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
LF: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
LG: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
LH: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
LI: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
LJ: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
LK: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
LL: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
LM: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
LN: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
LO: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,184,221180
ポリマ－3,184,221180
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / Lumazine synthase / AaLS-neg


分子量: 17690.119 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: ribH, aq_132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O66529, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: AaLS-neg / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: na
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND3CTF補正
5RELION1.4CTF補正
11RELION1.4初期オイラー角割当
12RELION1.4最終オイラー角割当
13RELION1.4分類
14RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: T (正4面体型対称)
3次元再構成解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26769 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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