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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kne | |||||||||||||||
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タイトル | CryoEM Reconstruction of Hsp104 Hexamer | |||||||||||||||
要素 | Heat shock protein 104 | |||||||||||||||
キーワード | CHAPERONE / Hsp104 / AAA+ protein | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trehalose metabolism in response to heat stress / TRC complex / cellular heat acclimation / protein folding in endoplasmic reticulum / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / stress granule disassembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein unfolding / nuclear periphery / ADP binding ...trehalose metabolism in response to heat stress / TRC complex / cellular heat acclimation / protein folding in endoplasmic reticulum / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / stress granule disassembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein unfolding / nuclear periphery / ADP binding / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / cellular response to heat / protein refolding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.64 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Yokom, A.L. / Gates, S.N. / Jackrel, M.E. / Mack, K.L. / Su, M. / Shorter, J. / Southworth, D.R. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016 タイトル: Spiral architecture of the Hsp104 disaggregase reveals the basis for polypeptide translocation. 著者: Adam L Yokom / Stephanie N Gates / Meredith E Jackrel / Korrie L Mack / Min Su / James Shorter / Daniel R Southworth / 要旨: Hsp104, a conserved AAA+ protein disaggregase, promotes survival during cellular stress. Hsp104 remodels amyloids, thereby supporting prion propagation, and disassembles toxic oligomers associated ...Hsp104, a conserved AAA+ protein disaggregase, promotes survival during cellular stress. Hsp104 remodels amyloids, thereby supporting prion propagation, and disassembles toxic oligomers associated with neurodegenerative diseases. However, a definitive structural mechanism for its disaggregase activity has remained elusive. We determined the cryo-EM structure of wild-type Saccharomyces cerevisiae Hsp104 in the ATP state, revealing a near-helical hexamer architecture that coordinates the mechanical power of the 12 AAA+ domains for disaggregation. An unprecedented heteromeric AAA+ interaction defines an asymmetric seam in an apparent catalytic arrangement that aligns the domains in a two-turn spiral. N-terminal domains form a broad channel entrance for substrate engagement and Hsp70 interaction. Middle-domain helices bridge adjacent protomers across the nucleotide pocket, thus explaining roles in ATP hydrolysis and protein disaggregation. Remarkably, substrate-binding pore loops line the channel in a spiral arrangement optimized for substrate transfer across the AAA+ domains, thereby establishing a continuous path for polypeptide translocation. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5kne.cif.gz | 531.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5kne.ent.gz | 322.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5kne.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/5kne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/5kne | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 95967.398 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: HSP104, YLL026W, L0948 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31539 #2: 化合物 | ChemComp-ANP / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Hexamer Complex of Hsp104 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pNOTAG |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Clean protein sample incubated with AMP-PNP |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV) |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 1.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3661 詳細: Movies contained 38 of 40 frames from an 8 sec exposure (200 milliseconds per frame). |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 2-40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 240005 詳細: Particles were selected using automated picking within the Appion package. | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 172043 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | 詳細: Backbone atoms fit into reconstruction density. |