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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jyg | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the MamK filament at 6.5 A | ||||||
![]() | Actin-like ATPase | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Actin-like / Magnetosome / bacteria | ||||||
機能・相同性 | ![]() magnetosome assembly / magnetosome membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / cytoskeleton / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å | ||||||
![]() | Bergeron, J.R.C. / Hutto, R. / Kollman, J.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the magnetosome-associated actin-like MamK filament at subnanometer resolution. 著者: Julien R C Bergeron / Rachel Hutto / Ertan Ozyamak / Nancy Hom / Jesse Hansen / Olga Draper / Meghan E Byrne / Sepehr Keyhani / Arash Komeili / Justin M Kollman / ![]() ![]() 要旨: Magnetotactic bacteria possess cellular compartments called magnetosomes that sense magnetic fields. Alignment of magnetosomes in the bacterial cell is necessary for their function, and this is ...Magnetotactic bacteria possess cellular compartments called magnetosomes that sense magnetic fields. Alignment of magnetosomes in the bacterial cell is necessary for their function, and this is achieved through anchoring of magnetosomes to filaments composed of the protein MamK. MamK is an actin homolog that polymerizes upon ATP binding. Here, we report the structure of the MamK filament at ∼6.5 Å, obtained by cryo-Electron Microscopy. This structure confirms our previously reported double-stranded, nonstaggered architecture, and reveals the molecular basis for filament formation. While MamK is closest in sequence to the bacterial actin MreB, the longitudinal contacts along each MamK strand most closely resemble those of eukaryotic actin. In contrast, the cross-strand interface, with a surprisingly limited set of contacts, is novel among actin homologs and gives rise to the nonstaggered architecture. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 751.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 607.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37656.180 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: AMB-1 / ATCC 700264 / 遺伝子: amb0965 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Magnetosome-associated MamK filament / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / 詳細: ADP-bound MamK / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: Rosetta / バージョン: 3.5 / カテゴリ: モデル精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 24 ° / 軸方向距離/サブユニット: 53.8 Å / らせん対称軸の対称性: C2 |
3次元再構成 | 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8129 / 対称性のタイプ: HELICAL |
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER |