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万見
- PDB-5iz7: Cryo-EM structure of thermally stable Zika virus strain H/PF/2013 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iz7
タイトルCryo-EM structure of thermally stable Zika virus strain H/PF/2013
要素
  • structural protein E
  • structural protein M
キーワードVIRUS / viral protein / flavivirus / glycoprotein / zika virus
機能・相同性
機能・相同性情報


response to herbicide / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid ...response to herbicide / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavivirus envelope glycoprotein M-like / Monooxygenase - #260 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Photosystem II protein D1 ...Flavivirus envelope glycoprotein M-like / Monooxygenase - #260 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Photosystem II protein D1 / Monooxygenase / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / : / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem q(B) protein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Kostyuchenko, V.A. / Zhang, S. / Fibriansah, G. / Lok, S.M.
資金援助 シンガポール, 3件
組織認可番号国
Ministry of EducationMOE2012-T3-1-008 シンガポール
National Research FoundationNRF-NRFI2016-01 シンガポール
Ministry of HealthDuke-NUS Signature Research Program シンガポール
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure of the thermally stable Zika virus.
著者: Victor A Kostyuchenko / Elisa X Y Lim / Shuijun Zhang / Guntur Fibriansah / Thiam-Seng Ng / Justin S G Ooi / Jian Shi / Shee-Mei Lok /
要旨: Zika virus (ZIKV), formerly a neglected pathogen, has recently been associated with microcephaly in fetuses, and with Guillian-Barré syndrome in adults. Here we present the 3.7 Å resolution cryo- ...Zika virus (ZIKV), formerly a neglected pathogen, has recently been associated with microcephaly in fetuses, and with Guillian-Barré syndrome in adults. Here we present the 3.7 Å resolution cryo-electron microscopy structure of ZIKV, and show that the overall architecture of the virus is similar to that of other flaviviruses. Sequence and structural comparisons of the ZIKV envelope (E) protein with other flaviviruses show that parts of the E protein closely resemble the neurovirulent West Nile and Japanese encephalitis viruses, while others are similar to dengue virus (DENV). However, the contribution of the E protein to flavivirus pathobiology is currently not understood. The virus particle was observed to be structurally stable even when incubated at 40 °C, in sharp contrast to the less thermally stable DENV. This is also reflected in the infectivity of ZIKV compared to DENV serotypes 2 and 4 (DENV2 and DENV4) at different temperatures. The cryo-electron microscopy structure shows a virus with a more compact surface. This structural stability of the virus may help it to survive in the harsh conditions of semen, saliva and urine. Antibodies or drugs that destabilize the structure may help to reduce the disease outcome or limit the spread of the virus.
履歴
登録2016年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: atom_sites / cell ...atom_sites / cell / citation / em_software
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _citation.journal_id_CSD / _em_software.name
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-8139
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8139
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: structural protein E
C: structural protein E
D: structural protein M
B: structural protein E
E: structural protein M
F: structural protein M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,4869
ポリマ－188,8236
非ポリマー6643
水00
1
A: structural protein E
C: structural protein E
D: structural protein M
B: structural protein E
E: structural protein M
F: structural protein M
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,369,186540
ポリマ－11,329,368360
非ポリマー39,817180
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: structural protein E
C: structural protein E
D: structural protein M
B: structural protein E
E: structural protein M
F: structural protein M
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 947 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)947,43245
ポリマ－944,11430
非ポリマー3,31815
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: structural protein E
C: structural protein E
D: structural protein M
B: structural protein E
E: structural protein M
F: structural protein M
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.14 MDa, 36 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,136,91954
ポリマ－1,132,93736
非ポリマー3,98218
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 structural protein E


分子量: 54444.051 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: glycosylated at N154 / 由来: (天然) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 細胞株: C6/36 / 株: H/PF/2013 / 参照: UniProt: A0A024B7W1
#2: タンパク質 structural protein M


分子量: 8496.883 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 細胞株: C6/36 / 株: H/PF/2013 / 参照: UniProt: A0A0U4DG08, UniProt: A0A024B7W1*PLUS
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Zika virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量値: 10 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: H/PF/2013
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻名称: glycoprotein shell / 直径: 480 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTris-HClC4H12ClNO31
2120 mMSodium ChlorideNaCl1
31 mMEDTAC10H16N2O81
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: purified with PEG precipitation, sucrose cushion and potassium tartrate gradient
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: blot for 1s

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 1.8 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: OTHER
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3086
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 2-11

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN1.9粒子像選択
4ctffind417CTF補正
7Coot0.8.3モデルフィッティング
9EMAN1.9初期オイラー角割当MPSA
10EMAN1.9最終オイラー角割当MPSA
12EMAN1.9３次元再構成
13CNS1.3モデル精密化electron scattering factors used
画像処理詳細: images collected in movie mode, 30 frames per 1.8s exposure; frames aligned with MotionCorr, frames 2-11 averaged to produce images for further processing
CTF補正詳細: correction for astigmatism included / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 11600 / 詳細: manually picked
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7180 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 7180 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: residual
詳細: Only icosahedral symmetry imposed. Rwork 0.323 Rtest 0.324
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Accession code: 3J27 / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 3J27

3j27

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-IDPdb chain residue range
1A1-495
2B1-72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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