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- PDB-5grs: Complex structure of the fission yeast SREBP-SCAP binding domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5grs
タイトルComplex structure of the fission yeast SREBP-SCAP binding domains
要素
  • (Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein) x 2
  • Sterol regulatory element-binding protein 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ergosterol biosynthetic process / positive regulation of ergosterol biosynthetic process / SREBP-SCAP complex / regulation of cholesterol biosynthetic process / sterol binding / SREBP signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / steroid metabolic process / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific ...regulation of ergosterol biosynthetic process / positive regulation of ergosterol biosynthetic process / SREBP-SCAP complex / regulation of cholesterol biosynthetic process / sterol binding / SREBP signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / steroid metabolic process / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Golgi membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum membrane / chromatin / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sterol regulatory element-binding protein 1, C-terminal / Domain of unknown function (DUF2014) / : / Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain ...Sterol regulatory element-binding protein 1, C-terminal / Domain of unknown function (DUF2014) / : / Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / Sterol regulatory element-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å
データ登録者Gong, X. / Qian, H.W. / Wu, J.P. / Yan, N.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology of China2015CB9101012014, ZX09507003006 中国
National Natural Science Foundation of Chinaproject 31321062 and 81590761 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2016
タイトル: Complex structure of the fission yeast SREBP-SCAP binding domains reveals an oligomeric organization.
著者: Xin Gong / Hongwu Qian / Wei Shao / Jingxian Li / Jianping Wu / Jun-Jie Liu / Wenqi Li / Hong-Wei Wang / Peter Espenshade / Nieng Yan /
要旨: Sterol regulatory element-binding protein (SREBP) transcription factors are master regulators of cellular lipid homeostasis in mammals and oxygen-responsive regulators of hypoxic adaptation in fungi. ...Sterol regulatory element-binding protein (SREBP) transcription factors are master regulators of cellular lipid homeostasis in mammals and oxygen-responsive regulators of hypoxic adaptation in fungi. SREBP C-terminus binds to the WD40 domain of SREBP cleavage-activating protein (SCAP), which confers sterol regulation by controlling the ER-to-Golgi transport of the SREBP-SCAP complex and access to the activating proteases in the Golgi. Here, we biochemically and structurally show that the carboxyl terminal domains (CTD) of Sre1 and Scp1, the fission yeast SREBP and SCAP, form a functional 4:4 oligomer and Sre1-CTD forms a dimer of dimers. The crystal structure of Sre1-CTD at 3.5 Å and cryo-EM structure of the complex at 5.4 Å together with in vitro biochemical evidence elucidate three distinct regions in Sre1-CTD required for Scp1 binding, Sre1-CTD dimerization and tetrameric formation. Finally, these structurally identified domains are validated in a cellular context, demonstrating that the proper 4:4 oligomeric complex formation is required for Sre1 activation.
履歴
登録2016年8月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell / em_image_scans
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9537
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
I: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
B: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
J: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
C: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
K: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
D: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
L: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
E: Sterol regulatory element-binding protein 1
F: Sterol regulatory element-binding protein 1
G: Sterol regulatory element-binding protein 1
H: Sterol regulatory element-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)348,57712
ポリマ－348,57712
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area31390 Å2
ΔGint-180 kcal/mol
Surface area122760 Å2

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要素

#1: タンパク質
Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / SREBP cleavage-activating protein


分子量: 44956.750 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 567-961 / 変異: C671S, C873S, C901S, C920S, C941S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: scp1, SPBC3B9.15c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43043
#2: タンパク質
Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / SREBP cleavage-activating protein


分子量: 11868.574 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 986-1085 / 変異: C1010S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: scp1, SPBC3B9.15c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43043
#3: タンパク質
Sterol regulatory element-binding protein 1


分子量: 30318.842 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 628-896 / 変異: C644S, C672S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: sre1, SPBC19C2.09 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UUD1
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex structure of the fission yeast SREBP-SCAP binding domains
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET15b, pETDuet-1
緩衝液pH: 8
試料濃度: 20 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 157243 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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