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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5aey | ||||||
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タイトル | actin-like ParM protein bound to AMPPNP | ||||||
![]() | PLASMID SEGREGATION PROTEIN PARM | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / BACTERIAL CYTOSKELETON / PLASMID SEGREGATION / ACTIN- LIKE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | ||||||
![]() | Bharat, T.A.M. / Murshudov, G.N. / Sachse, C. / Lowe, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of actin-like ParM filaments show architecture of plasmid-segregating spindles. 著者: Tanmay A M Bharat / Garib N Murshudov / Carsten Sachse / Jan Löwe / ![]() ![]() 要旨: Active segregation of Escherichia coli low-copy-number plasmid R1 involves formation of a bipolar spindle made of left-handed double-helical actin-like ParM filaments. ParR links the filaments with ...Active segregation of Escherichia coli low-copy-number plasmid R1 involves formation of a bipolar spindle made of left-handed double-helical actin-like ParM filaments. ParR links the filaments with centromeric parC plasmid DNA, while facilitating the addition of subunits to ParM filaments. Growing ParMRC spindles push sister plasmids to the cell poles. Here, using modern electron cryomicroscopy methods, we investigate the structures and arrangements of ParM filaments in vitro and in cells, revealing at near-atomic resolution how subunits and filaments come together to produce the simplest known mitotic machinery. To understand the mechanism of dynamic instability, we determine structures of ParM filaments in different nucleotide states. The structure of filaments bound to the ATP analogue AMPPNP is determined at 4.3 Å resolution and refined. The ParM filament structure shows strong longitudinal interfaces and weaker lateral interactions. Also using electron cryomicroscopy, we reconstruct ParM doublets forming antiparallel spindles. Finally, with whole-cell electron cryotomography, we show that doublets are abundant in bacterial cells containing low-copy-number plasmids with the ParMRC locus, leading to an asynchronous model of R1 plasmid segregation. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 320.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 261.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35633.223 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PARM WAS INCUBATED WITH AMPPNP / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ANP / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: PARM BOUND TO AMPPNP / タイプ: COMPLEX / 詳細: MICROGRAPHS COLLECTED ON AN FEI KRIOS. |
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緩衝液 | 名称: 50 MM TRIS-HCL, 100 MM KCL, AND 1 MM MGCL2 / pH: 7 / 詳細: 50 MM TRIS-HCL, 100 MM KCL, AND 1 MM MGCL2 |
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年2月2日 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 28 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / Refinement type: HALF-MAPS REFINED INDEPENDENTLY / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 4.3 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 4.3 Å
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