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万見
- PDB-5aey: actin-like ParM protein bound to AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aey
タイトルactin-like ParM protein bound to AMPPNP
要素PLASMID SEGREGATION PROTEIN PARM
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / BACTERIAL CYTOSKELETON / PLASMID SEGREGATION / ACTIN- LIKE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid partitioning / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Plasmid segregation protein ParM/StbA / : / Plasmid segregation protein ParM, N-terminal / Plasmid segregation protein ParM, C-terminal / ParM-like / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Plasmid segregation protein ParM
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Bharat, T.A.M. / Murshudov, G.N. / Sachse, C. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structures of actin-like ParM filaments show architecture of plasmid-segregating spindles.
著者: Tanmay A M Bharat / Garib N Murshudov / Carsten Sachse / Jan Löwe /
要旨: Active segregation of Escherichia coli low-copy-number plasmid R1 involves formation of a bipolar spindle made of left-handed double-helical actin-like ParM filaments. ParR links the filaments with ...Active segregation of Escherichia coli low-copy-number plasmid R1 involves formation of a bipolar spindle made of left-handed double-helical actin-like ParM filaments. ParR links the filaments with centromeric parC plasmid DNA, while facilitating the addition of subunits to ParM filaments. Growing ParMRC spindles push sister plasmids to the cell poles. Here, using modern electron cryomicroscopy methods, we investigate the structures and arrangements of ParM filaments in vitro and in cells, revealing at near-atomic resolution how subunits and filaments come together to produce the simplest known mitotic machinery. To understand the mechanism of dynamic instability, we determine structures of ParM filaments in different nucleotide states. The structure of filaments bound to the ATP analogue AMPPNP is determined at 4.3 Å resolution and refined. The ParM filament structure shows strong longitudinal interfaces and weaker lateral interactions. Also using electron cryomicroscopy, we reconstruct ParM doublets forming antiparallel spindles. Finally, with whole-cell electron cryotomography, we show that doublets are abundant in bacterial cells containing low-copy-number plasmids with the ParMRC locus, leading to an asynchronous model of R1 plasmid segregation.
履歴
登録2015年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年7月15日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_image_scans / em_single_particle_entity / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2850
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2850
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLASMID SEGREGATION PROTEIN PARM
B: PLASMID SEGREGATION PROTEIN PARM
C: PLASMID SEGREGATION PROTEIN PARM
D: PLASMID SEGREGATION PROTEIN PARM
E: PLASMID SEGREGATION PROTEIN PARM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,69710
ポリマ－178,1665
非ポリマー2,5315
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.966499, 0.256669, 0.000111), (-0.256669, -0.966499, 0.000469), (0.000228, 0.000425, 1)63.37815, 104.53696, -24.66172
3given(1), (1), (1)
4given(0.868757, -0.495239, 0.000357), (0.495239, 0.868757, -0.000275), (-0.000173, 0.000416, 1)28.85133, -12.73555, -49.35579
5given(1), (1), (1)
6given(-0.712995, 0.701169, -7.0E-6), (-0.701169, -0.712995, -0.000386), (-0.000275, -0.00027, 1)32.2009, 109.51602, -73.99551
7given(1), (1), (1)
8given(0.509133, -0.860688, 0.00034), (0.860688, 0.509132, -0.000544), (0.000295, 0.000569, 1)60.2804, -9.45153, -98.76075
9given(1), (1), (1)
10given(-0.966765, 0.255665, -4.4E-5), (-0.255665, -0.966765, 0.000789), (0.000159, 0.000774, 1)63.46462, 104.47076, -24.75331
11given(1), (1), (1)
12given(0.869075, -0.49468, 0.000337), (0.49468, 0.869075, 0.000803), (-0.00069, -0.000532, 1)28.84354, -12.83636, -49.33437
13given(1), (1), (1)
14given(-0.712983, 0.701181, 4.4E-5), (-0.701181, -0.712983, 0.001046), (0.000765, 0.000715, 0.999999)32.23336, 109.34197, -74.1532
15given(1), (1), (1)
16given(-0.966665, 0.256043, -0.000371), (-0.256043, -0.966665, 8.4E-5), (-0.000337, 0.000176, 1)63.45798, 104.5378, -24.6722
17given(1), (1), (1)
18given(0.868559, -0.495586, -0.000148), (0.495586, 0.868559, -0.000225), (0.00024, 0.000122, 1)28.93916, -12.73243, -49.39465
19given(1), (1), (1)
20given(-0.966497, 0.256678, -0.000136), (-0.256678, -0.966497, 0.000356), (-4.0E-5, 0.000379, 1)63.40269, 104.51842, -24.71951

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要素

#1: タンパク質
PLASMID SEGREGATION PROTEIN PARM / PARA LOCUS 36 KDA PROTEIN / PROTEIN STBA / PARM


分子量: 35633.223 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PARM WAS INCUBATED WITH AMPPNP / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: P11904
#2: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: PARM BOUND TO AMPPNP / タイプ: COMPLEX / 詳細: MICROGRAPHS COLLECTED ON AN FEI KRIOS.
緩衝液名称: 50 MM TRIS-HCL, 100 MM KCL, AND 1 MM MGCL2 / pH: 7 / 詳細: 50 MM TRIS-HCL, 100 MM KCL, AND 1 MM MGCL2
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年2月2日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 28 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
放射波長相対比: 1

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解析

3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / Refinement type: HALF-MAPS REFINED INDEPENDENTLY / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化最高解像度: 4.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 4.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12520 0 155 0 12675

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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