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- PDB-5znk: Crystal structure of a bacterial ProRS with ligands -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5znk
タイトルCrystal structure of a bacterial ProRS with ligands
要素Proline--tRNA ligase
キーワードLIGASE / Aminoacyl-tRNA synthetase / Protein biosynthesis / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


YbaK protein / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Anticodon-binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9G3 / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / :
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Cheng, B. / Yu, Y. / Zhou, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81773636 中国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structure-Guided Design of Halofuginone Derivatives as ATP-Aided Inhibitors Against Bacterial Prolyl-tRNA Synthetase.
著者: Cheng, B. / Cai, Z. / Luo, Z. / Luo, S. / Luo, Z. / Cheng, Y. / Yu, Y. / Guo, J. / Ju, Y. / Gu, Q. / Xu, J. / Jiang, X. / Li, G. / Zhou, H.
履歴
登録2018年4月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9236
ポリマ－63,9381
非ポリマー9855
水2,288127
1
A: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,84512
ポリマ－127,8762
非ポリマー1,96910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area7650 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area45730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.575, 77.204, 73.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Proline--tRNA ligase / Prolyl-tRNA synthetase / ProRS


分子量: 63937.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MRSA(R3708) / 遺伝子: proS, CT123_02285 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A227M497, proline-tRNA ligase

-
非ポリマー , 5種, 132分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-9G3 / 7-chloro-6-fluoro-3-{2-oxo-3-[(2S)-piperidin-2-yl]propyl}quinazolin-4(3H)-one


分子量: 337.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C16H17ClFN3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細The authors did not cloned this gene from the standard strain of Staphylococcus aureus, but from a ...The authors did not cloned this gene from the standard strain of Staphylococcus aureus, but from a clinically drug-resistant strain (MRSA R3708). ProRS of MRSA R3708 shows THR 230, ALA 278.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.92 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 32-40% (v/v) Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 0.1-0.2 M KCl, 50 mM HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 42784 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.07→2.13 Å / Rmerge(I) obs: 0.197 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 3334 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2J3L

2j3l


解像度: 2.07→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 10.946 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.182 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25449 2202 5.1 %RANDOM
Rwork0.22829 ---
obs0.22963 40645 97.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.453 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å2-0 Å2-0.16 Å2
2---0.14 Å2-0 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.07→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4377 0 62 127 4566
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194541
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.024260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2591.9636157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90639775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.35563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.1824.558215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.46215763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9051528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021037
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9722.6752255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9722.6752254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7084.0062817
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7084.0062818
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8782.72286
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8782.6992287
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5574.0233341
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.18820.1834900
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.18820.1824901
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.124 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 160 -
Rwork0.296 2994 -
obs--97.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.60221.345-0.36111.3168-0.02510.5417-0.01360.01480.1217-0.0917-0.06660.1685-0.0768-0.09570.08020.07320.0383-0.02990.0708-0.01850.0354-18.2749-1.597420.342
20.391-0.0535-0.06180.16730.04190.21510.0022-0.0001-0.0462-0.008-0.023-0.0043-0.06750.05110.02080.0569-0.0170.00250.05720.01450.03355.06611.529232.7512
30.0691-0.0489-0.01470.176-0.11210.142-0.0067-0.0120.0285-0.0598-0.0692-0.09750.05970.030.07590.0551-0.00040.02260.07280.01880.086311.44139.7278.321
42.38370.6205-0.10891.36050.10330.0363-0.07290.0784-0.2491-0.09840.0555-0.0456-0.0005-0.03580.01740.036-0.0280.00510.0889-0.02890.0335-22.8015-24.720219.0241
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 188
3X-RAY DIFFRACTION3A189 - 481
4X-RAY DIFFRACTION4A482 - 567

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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