PDB-5zjc: Crystal structure of NDM-1 in complex with D-captopril derivative CY41

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zjc

タイトル

Crystal structure of NDM-1 in complex with D-captopril derivative CY41

要素

Metallo-beta-lactamase type 2

キーワード

HYDROLASE / NDM-1 / metallo-beta-lactamase / antibiotic resistent / inhibitor / thio compounds / ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.96 Å

データ登録者

Zhang, H. / Hao, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of NDM-1
著者: Zhang, H. / Hao, Q.

履歴

登録	2018年3月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zjc.cif.gz	118.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zjc.ent.gz	88.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zjc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/5zjc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/5zjc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zj1C 5zj7C 5zj8C 3q6x PDB 未公開エントリS 5zio 5zj2 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ypi-4 5ypm-2 6lip-d 6d1k-d 6d1g-d 5zgz-d 4tzb-d 5ypn-1 6d1c-d 4hky-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase type 2

ヘテロ分子

26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.610, 59.980, 42.067
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.880, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta- ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase type II / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / NDM-1 分子量: 25631.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / プラスミド: pRHisMBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-9EX / (2S)-2-methyl-3-sulfanyl-propan-1-ol 分子量: 106.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀OS
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.37 % / Mosaicity: 0.27 ° / Mosaicity esd: 0.004 °
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH5.5, 15% PEG 3350, 20mM L-proline

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月22日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 0.96→50 Å / Num. obs: 119689 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Χ²: 0.947 / Net I/σ(I): 22.1 / Num. measured all: 747117

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
0.96-0.99	3.2	0.334	8316	1.143	1	66.9
0.99-1.03	4.2	0.206	11675	1.026	1	93.8
1.03-1.08	4.6	0.122	12377	0.846	1	100
1.08-1.14	4.7	0.082	12411	1.007	1	100
1.14-1.21	4.8	0.067	12412	0.919	1	100
1.21-1.3	4.8	0.056	12470	0.777	1	100
1.3-1.43	6	0.064	12454	0.693	1	100
1.43-1.64	9.9	0.084	12438	1.031	1	100
1.64-2.07	9.8	0.059	12501	0.911	1	100
2.07-50	9.3	0.062	12635	1.091	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0189	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3Q6X

3q6x
PDB 未公開エントリ

解像度: 0.96→41.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.981 / SU B: 0.6 / SU ML: 0.014 / SU R Cruickshank DPI: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.022
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1455	5330	5 %	RANDOM
R_work	0.1281	-	-	-
obs	0.1289	100828	86.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.09 Å² / B_iso mean: 22.936 Å² / B_iso min: 15.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	-0.41 Å²
2-	-	-0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 0.96→41.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1697	0	16	295	2008
B_iso mean	-	-	26.65	35.2	-
残基数	-	-	-	-	228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.376	1.937	2509
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.984	3.002	3918
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.526	5	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.213	24.615	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.01	15	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.48	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	367
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.064	3	3522
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	17.167	5	195
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.907	5	3575

LS精密化シェル

解像度: 0.964→0.989 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	44	-
R_work	0.22	941	-
all	-	985	-
obs	-	-	10.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1662	0.582	-0.2014	3.6888	0.3611	0.6816	0.0134	-0.0935	0.1103	0.0591	-0.0244	0.1269	-0.0469	-0.0027	0.011	0.0506	-0.0116	0.0261	0.0884	-0.0172	0.0271	-2.5773	-6.6739	-1.7239
2	0.304	0.0817	-0.0914	1.1264	0.0946	0.6755	0.0053	-0.035	-0.0165	-0.0483	-0.0364	-0.0165	0.0072	0.0341	0.031	0.0258	0.0024	0.0187	0.0586	0.0005	0.0161	3.0007	-14.3155	-11.9292
3	1.0371	-0.3526	-0.1785	0.9478	-0.0289	0.7091	-0.0205	0.0236	0.0401	-0.0753	0.0033	0.1635	-0.0007	-0.0857	0.0172	0.0231	-0.0018	-0.0122	0.0635	-0.0103	0.0469	-11.464	-13.8394	-16.9961
4	2.351	0.0225	0.2618	0.905	0.5081	1.5296	-0.0354	0.1418	0.1088	-0.0604	0.065	0.1087	-0.0791	-0.1556	-0.0295	0.0138	-0.0001	0.0103	0.0978	0.0046	0.0701	-18.5873	-8.6176	-13.0791

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	43 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	71 - 169
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	170 - 241
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	242 - 270

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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