ソフトウェア 名称 バージョン 分類 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング REFMAC5.8.0189精密化 PDB_EXTRACT3.24 データ抽出 PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 3Q6X解像度 : 0.96→41.67 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.983 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.981 / SU B : 0.6 / SU ML : 0.014 / SU R Cruickshank DPI : 0.021 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.021 / ESU R Free : 0.022 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.1455 5330 5 % RANDOM Rwork 0.1281 - - - obs 0.1289 100828 86.22 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å原子変位パラメータ Biso max : 72.09 Å2 / Biso mean : 22.936 Å2 / Biso min : 15.64 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.07 Å2 0 Å2 -0.41 Å2 2- - -0.52 Å2 0 Å2 3- - - 0.54 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 0.96→41.67 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1697 0 16 295 2008 Biso mean - - 26.65 35.2 - 残基数 - - - - 228
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.008 0.019 1837 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.003 0.02 1685 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.376 1.937 2509 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.984 3.002 3918 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.526 5 250 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg31.213 24.615 78 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg12.01 15 288 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg18.48 15 8 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.085 0.2 277 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.007 0.021 2125 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.002 0.02 367 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restr1.064 3 3522 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_free17.167 5 195 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded4.907 5 3575
LS精密化 シェル 解像度 : 0.964→0.989 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.239 44 - Rwork 0.22 941 - all - 985 - obs - - 10.88 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 4) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.1662 0.582 -0.2014 3.6888 0.3611 0.6816 0.0134 -0.0935 0.1103 0.0591 -0.0244 0.1269 -0.0469 -0.0027 0.011 0.0506 -0.0116 0.0261 0.0884 -0.0172 0.0271 -2.5773 -6.6739 -1.7239 2 0.304 0.0817 -0.0914 1.1264 0.0946 0.6755 0.0053 -0.035 -0.0165 -0.0483 -0.0364 -0.0165 0.0072 0.0341 0.031 0.0258 0.0024 0.0187 0.0586 0.0005 0.0161 3.0007 -14.3155 -11.9292 3 1.0371 -0.3526 -0.1785 0.9478 -0.0289 0.7091 -0.0205 0.0236 0.0401 -0.0753 0.0033 0.1635 -0.0007 -0.0857 0.0172 0.0231 -0.0018 -0.0122 0.0635 -0.0103 0.0469 -11.464 -13.8394 -16.9961 4 2.351 0.0225 0.2618 0.905 0.5081 1.5296 -0.0354 0.1418 0.1088 -0.0604 0.065 0.1087 -0.0791 -0.1556 -0.0295 0.0138 -0.0001 0.0103 0.0978 0.0046 0.0701 -18.5873 -8.6176 -13.0791
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A43 - 70 2 X-RAY DIFFRACTION 2 A71 - 169 3 X-RAY DIFFRACTION 3 A170 - 241 4 X-RAY DIFFRACTION 4 A242 - 270